Cleaned up example_imagesegmentation
[libdai.git] / ChangeLog
index 45e54c5..1d475a5 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
-* Added work-around for bug in Boost Graph Library
-* Improvements of TFactor<T>:
+git master HEAD
+---------------
+
+* Added examples/example_imagesegmentation
+* [Ofer Meshi] Added a script for converting from FastInf to libDAI format
+* Made all "verbose" properties optional
+* Unit tests should now also work on WINDOWS
+* [Stefano Pellegrini] Fixed bug in JTree::findMaximum()
+* Fixed some bugs in the MatLab interface build system
+* Fixed a bug in utils/fginfo.cpp
+* Added utils/uai2fg, a utility to convert the UAI inference competition file
+  formats to the libDAI factor graph file format
+* utils/createfg now has a new factor type ('ISINGUNIFORM') and the old
+  'ISING' factor type has been renamed to 'ISINGGAUSS'
+* tests/testdai option "marginals" now has five possible values: NONE
+  outputs no marginals, VAR only variable marginals, FAC only factor
+  marginals, VARFAC both types of marginals, and ALL outputs all
+  marginals calculated by the algorithm.
+* Improved mf.h/cpp:
+  - Added an "init" option that allows to initialize randomly
+  - Added an "updates" option that allows to choose between standard
+    mean field and "hard-spin" mean field
+* Improved exactinf.h/cpp:
+  - Added ExactInf::findMaximum()
+* Improved treeep.h/cpp:
+  - changed TreeEP::construct( const RootedTree& ) into
+    TreeEP::construct( const FactorGraph&, const RootedTree& )
+  - Now also supports disconnected factor graphs
+* Improved jtree.h/cpp:
+  - changed JTree::construct( const std::vector<VarSet>&, bool ) into
+    JTree::construct( const FactorGraph&, const std::vector<VarSet>&, bool )
+  - changed JTree::GenerateJT( const std::vector<VarSet> & )
+    into JTree::GenerateJT( const FactorGraph &, const std::vector<VarSet> & )
+  - Now also supports disconnected factor graphs
+  - Fixed a bug in JTree::findMaximum() and simplified the code
+* Improved regiongraph.h/cpp:
+  - Made (previously public) members RegionGraph::G, RegionGraph::ORs,
+    RegionGraph::IRs and RegionGraph::fac2OR protected.
+  - Removed partial constructor RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph& fg )
+  - Added some error checking code
+  - Renamed RegionGraph::calcCountingNumbers() into
+    RegionGraph::calcCVMCountingNumbers() and made it protected, because
+    exposing it to the world serves no purpose.
+  - Added RegionGraph::DAG() accessor which returns a reference to the 
+    region graph DAG structure (currently implemented as a BipartiteGraph)
+  - Made RegionGraph::RecomputeORs(), RegionGraph::RecomputeORs( const VarSet& )
+    and RegionGraph::RecomputeOR( size_t ) protected and renamed them by changing
+    the "Recompute" into "recompute", because exposing them to the world serves no 
+    purpose.
+  - RegionGraph::WriteToFile( const char* ), RegionGraph::ReadFromFile( const char * )
+    and RegionGraph::printDot( std::ostream& ) incorrectly called their respective
+    FactorGraph ancestor methods; this has been corrected by letting them throw a
+    NOT_IMPLEMENTED exception.
+  - Changed the way a RegionGraph is streamed to an std::ostream.
+* Improved clustergraph.h/cpp:
+  - Made (previously public) members ClusterGraph::G, ClusterGraph::vars and 
+    ClusterGraph::clusters private and added ClusterGraph::bipGraph(), 
+    ClusterGraph::vars() and ClusterGraph::clusters() methods which offer 
+    read-only access to these members.
+  - Deprecated ClusterGraph::toVector()
+  - Added ClusterGraph::nrVars() method
+  - Renamed ClusterGraph::size() method into ClusterGraph::nrClusters()
+  - Added ClusterGraph::var( size_t ) method
+  - Added ClusterGraph::cluster( size_t ) method
+* Improved factorgraph.h/cpp:
+  - FactorGraph::clamped() now contains a delta factor for the clamped variable
+  - Renamed FactorGraph::Cliques() into FactorGraph::maximalFactorDomains()
+    and made it faster
+  - Added FactorGraph::MarkovGraph()
+  - Fixed bug in FactorGraph::clone()
+  - FactorGraph::findVars( const VarSet& ) now returns a SmallSet<size_t>
+    and its argument now has a const-qualifier (which fixes a small bug).
+  - Made (previously public) member FactorGraph::G private and added the 
+    FactorGraph::bipGraph() method, which offers read-only access to it.
+  - Deprecated the iterator interface:
+    o FactorGraph::iterator typedef
+    o FactorGraph::const_iterator typedef
+    o FactorGraph::begin() members
+    o FactorGraph::end() members
+  - Deprecated FactorGraph::factor(size_t) which offered write access to a factor
+    because using this functionality in the descendant RegionGraph is dangerous,
+    as the outer regions are not automatically recomputed.
+* Improved factor.h/cpp:
+  - Fixed bug in min( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
+  - Fixed bug in max( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
+  - Added TFactor<T>::takeAbs()
+  - Added TFactor<T>::takeExp()
+  - Added TFactor<T>::takeLog( bool )
+  - Added TFactor<T>::operator-() const
+  - Added TFactor<T>::sumAbs() const
+  - Added TFactor<T>::operator==( const TFactor<T> &y )
+  - Renamed TFactor<T>::states() into TFactor<T>::nrStates()
+  - Added TFactor<T>::get(size_t) and TFactor<T>::set(size_t,T) operators; 
+    get() is equivalent to "operator[](size_t) const" and set() should
+    be used instead of the non-const operator[], which has been deprecated
+* Improved prob.h/cpp:
+  - Deprecated TProb::TProb( TIterator begin, TIterator end, size_t sizeHint=0 )
+    constructor: the sizeHint argument no longer defaults to 0
+  - Deprecated TProb::accumulate( T init, binOp op1, unOp op2 );
+    instead, TProb::accumulateSum( T init, unOp op ) and
+    TProb::accumulateMax( T init, unOp op, bool minimize ) should be used.
+  - Deprecated TProb::NormType and TProb::DistType;
+    ProbNormType and ProbDistType should be used instead.
+  - Added TProb<T>::operator==( const TProb<T> &q )
+  - TProb<T>::accumulate() now also applies op2 to init
+  - Fixed bug by renaming TProb<T>::operator<=() to TProb<T>::operator<()
+  - TProb<T>& operator/= (T x) now yields 0 when dividing by 0
+  - Changed format of TProb<T> when streamed to an ostream
+  - Added TProb<T>::get(size_t) and TProb<T>::set(size_t,T) operators; 
+    get() is equivalent to "operator[](size_t) const" and set() should
+    be used instead of the non-const operator[], which has been deprecated
+  - Added TProb<T>::resize(size_t)
+* Improved index.h/cpp:
+  - Added multifor::reset()
+* Improved properties.h/cpp:
+  - Renamed PropertySet::Set() -> PropertySet::set()
+  - Renamed PropertySet::Get() -> PropertySet::get()
+  - Renamed PropertySet::GetAs<T>() -> PropertySet::getAs<T>()
+  - Renamed PropertySet::ConvertTo<T>() -> PropertySet::convertTo<T>()
+  - Added PropertySet::size()
+  - Added PropertySet::clear()
+  - Added PropertySet::erase()
+  - Fixed bug in PropertySet::setAsString<T>()
+* Improved util.h/cpp:
+  - Added std::string toString( const T& x )
+  - Fixed a bug in rnd_seed()
+  - Removed max( const std::vector<Real> &v )
+* Improved weightedgraph.h/cpp:
+  - Renamed MaxSpanningTreePrims into MaxSpanningTree
+  - Renamed MinSpanningTreePrims into MinSpanningTree
+  - Added option to MaxSpanningTree and MinSpanningTree for
+    choosing between Prim's algorithm and Kruskal's algorithm
+  - Better error checking in RootedTree constructor
+  - The vertices in DEdge and UEdge are now named "first" and "second"
+    for compatibility with a std::pair<size_t,size_t>
+  - Added GraphEL::GraphEL( const GraphAL& G ) constructor
+* Improved bipgraph.h/cpp:
+  - Fixed bug in BipartiteGraph::eraseNode1()
+  - Fixed bug in BipartiteGraph::eraseNode2()
+  - Fixed bug in BipartiteGraph::isTree()
+  - Added BipartiteGraph::hasEdge()
+  - Added BipartiteGraph::findNb1()
+  - Added BipartiteGraph::findNb2()
+  - Added BipartiteGraph::nb1Set()
+  - Added BipartiteGraph::nb2Set()
+  - BipartiteGraph::delta1() and BipartiteGraph::delta2() now 
+    return a SmallSet<size_t> instead of a vector<size_t>
+  - Added BipartiteGraph::operator==( const BipartiteGraph& )
+  - Added BipartiteGraph( size_t nr1, size_t nr2 ) constructor
+  - Added operator<<( std::ostream&, const BipartiteGraph& )
+* Improved graph.h/cpp:
+  - Fixed bug in GraphAL::nrEdges()
+  - Fixed bug in GraphAL::addEdge()
+  - Fixed bug in GraphAL::isTree()
+  - Fixed bug in GraphAL::eraseNode()
+  - Fixed bug in GraphAL::printDot()
+  - Fixed bug in createGraphGrid3D()
+  - Fixed bug in createGraphRegular()
+  - Added GraphAL::hasEdge(size_t,size_t)
+  - Added GraphAL::operator==( const GraphAL& )
+  - Added operator<<( std::ostream&, const GraphAL& )
+* Improved smallset.h/cpp:
+  - The sizeHint argument of the iterator constructor
+     SmallSet::SmallSet( TIterator begin, TIterator end, size_t sizeHint=0 )
+    no longer has a default value in order to avoid confusion with the
+     SmallSet::SmallSet( const T &t1, const T &t2 )
+    constructor.
+  - Added SmallSet::insert( const T& t ) method
+* Removed RandomDRegularGraph(), please use createGraphRegular() instead
+* Compressed Makefile
+* Added unit tests for var, smallset, varset, graph, bipgraph,
+  weightedgraph, enum, util, exceptions, properties, index, prob, 
+  factor, factorgraph, clustergraph, regiongraph, daialg, alldai
+* Added unit testing framework
+* Added initialization of TRWBP weights by sampling spanning trees
+* Cleaned up MR code:
+  - rewrote response propagation implementation with help of BBP
+  - now uses GraphAL to represent the Markov graph
+  - miscellaneous smaller cleanups
+* Fixed bug in BBPCostFunction::operator=() which prevented the desired 
+  assignment from happening
+* [Stefano Pellegrini] Fixed bug in BP[logdomain=1,inference=MAXPROD]
+* Removed deprecated functionality
+* Updated ChangeLog for libDAI-0.2.4 (forgot a few entries)
+
+
+libDAI-0.2.4 (2010-02-11)
+-------------------------
+
+New features:
+* Implemented Tree-Reweighted BP
+* [Frederik Eaton] Implemented Fractional Belief Propagation
+
+Miscellaneous improvements:
+* Improved documentation
+* [Frederik Eaton] Added constructors for BBPCostFunction
+* [Frederik Eaton] Added accessor/mutator for the elements of a SmallSet<>
+* [Frederik Eaton] Added unary minus to TProb<>
+* [Frederik Eaton] Added Hellinger distance to TProb<>::DistType
+* [Frederik Eaton] Two small patches for src/jtree.cpp and utils/createfg.cpp
+* tests/testdai option "marginals" now has three possible values: NONE
+  outputs no marginals, VAR only variable marginals, and ALL outputs all
+  marginals calculated by the algorithm.
+* Strengthened convergence criteria of various algorithms
+* Added GraphAL, an adjacency list implementation for graphs,
+  similar to (but simpler than) BipartiteGraph
+* Added some functionality to create various standard factors
+  (the functions whose names start with "createFactor")
+* Added examples example_sprinkler_gibbs and example_sprinkler_em
+* Implemented various heuristics for choosing a variable elimination sequence 
+  in JTree
+* Added BETHE method for GBP/HAK cluster choice
+* Made alias support official part of the library
+
+Build system:
+* Moved platform independent build options into Makefile.ALL
+* Windows platform now needs Boost 1.37 or higher
+
+Code cleanup:
+* Cleaned up utils/createfg and tests/testdai
+* Cleanup of some duplicate code in BP, FBP, TRWBP
+
+Interface changes (the old interface is marked obsolete and will be removed in the next release):
+* Removed obsolete/deprecated stuff
+* Renamed Graph into GraphEL (for Graph, implemented as Edge List)
+* Renamed some functions of BipartiteGraph:
+    add1() -> addNode1()
+    erase1() -> eraseNode1()
+    nr1() -> nrNodes1()
+    add2() -> addNode2()
+    erase2() -> eraseNode2()
+    nr2() -> nrNodes2()
+* Renamed some functions in ClusterGraph:
+    ClusterGraph::eliminationCost() -> ::eliminationCost_MinFill() 
+    ClusterGraph::VarElim() -> ClusterGraph::VarElim( sequentialVariableElimination( ElimSeq ) ) 
+    ClusterGraph::VarElim_MinFill() -> ClusterGraph::VarElim( greedyVariableElimination( eliminationCost_MinFill ) )
+* Changed interface of one RegionGraph constructor
+* Renamed "Clamped BP" into "Conditioned BP"
+
+Bug fixes:
+* Fixed regression in scripts/regenerate-properties (now all errors are 
+  gathered before throwing the exception, as used to be the case)
+* Fixed FTBFS errors on MACOSX (thanks to Sebastian Riedel for reporting this bug)
+* [Alexander Schwing] Fixed error in BP that occured with damping
+  and using log-domain updates
+* Fixed bug in HAK for trivial region graphs (with only one outer region
+  and no inner regions), reported by Alejandro Lage.
+* Fixed long-standing bug in TreeEP (now, within-loop propagation optimization works)
+
+
+libDAI-0.2.3 (2009-11-16)
+-------------------------
+
+New features:
+* Complete doxygen documentation (although more detailed documentation still
+  has to be written)
+* [Charles Vaske] Added parameter learning for conditional probabilities by 
+  Expectation Maximization
+* [Patrick Pletscher] Added SWIG wrapper code for experimental python and 
+  octave interfaces
+* Added Max-Product functionality to JTree
+* [Frederik Eaton] Added Back-Belief-Propagation
+* [Frederik Eaton] Added approximate inference method "Clamped Belief Propagation"
+* [Frederik Eaton] Added approximate inference method "Gibbs sampling"
+
+Code cleanup:
+* Updated copyright headers
+* Cleaned up error handling by introducing the DAI_THROWE macro
+* Introduced DAI_DEBASSERT macro to abbreviate a common pattern
+* Replaced the standard assert() macro by DAI_ASSERT, which throws a
+  dai::Exception and is even active if NDEBUG is defined
+* Removed all the virtual default constructors *::create(), as they are not used
+* [Frederik Eaton] Removed unnecessary copy constructors and assignment operators
+* [Frederik Eaton] Change cout to cerr in warnings and error messages
+
+Miscellaneous improvements:
+* BipartiteGraph:
+  - Added eraseEdge( size_t n1, size_t n2 )
+  - [Frederik Eaton] Improved documentation of Neighbor
+* TProb<T>:
+  - Added divided_by(const TProb<T>&) const
+  - Added constructor TProb<T>( const std::vector<S> &v )
+  - Added size_t draw(), which draws a random index
+  - [Frederik Eaton] Added setUniform()
+  - [Frederik Eaton] Added sumAbs()
+  - [Frederik Eaton] Added argmax()
+  - [Giuseppe Passino] Added begin(), end()
+* TFactor<T>:
+  - [Giuseppe Passino] Added begin(), end()
+  - [Charles Vaske] Added TFactor( const std::vector<Var> &vars, const std::vector<T> &p ),
+    which reorders variables to canonical ordering before storing the table
+  - Added constructor TFactor<T>( const VarSet &vars, const std::vector<S> &v )
   - Extended functionality of TFactor<T>::operators +,-,+=,-= to handle different VarSets
   - Added TFactor<T>::maxMarginal (similar to marginal but with max instead of sum)
-* Added BipartiteGraph::eraseEdge
-* Removed all the virtual default constructors *::create(), as they are not used.
-* Fixed bug in MaxSpanningTree (it wrongly assumed that the tree was not empty).
-* [Charlie Vaske] Added Expectation Maximization code.
-* Added MatLab QuickStart to README.
-* MEX file dai now also returns variable and factor beliefs.
-* Cleanups and extra documentation of the code contributed by Frederik Eaton
-* Removed erroneous 'inline' directives in gibbs.cpp
+* State:
+  - [Giuseppe Passino] Added prefix ++ operator
+* Permute:
+  - [Charles Vaske] Added constructor in Permute for canonical variable ordering
+* FactorGraph:
+  - [Frederik Eaton] Added clampVar()
+  - [Frederik Eaton] Added clampFactor()
+  - [Giuseppe Passino] Added begin(), end()
+* PropertySet:
+  - Added keys(), for getting all keys
+  - [Frederik Eaton] Added default constructor
+  - [Frederik Eaton] Added constructor from string
+* InfAlg:
+  - Added setProperties(), getProperties() and printProperties()
+  - [Frederik Eaton] Added beliefV(), beliefF()
+* ExactInf:
+  - Added calcMarginal(const VarSet &)
+* HAK:
+  - Added "init" parameter to allow for random initialization
+* BP:
+  - [Giuseppe Passino] Added findMaximum(), which can be used after running
+    max-product BP to construct a global state with maximum probability
+* JTree:
+  - Added findMaximum(), which can be used after running
+    max-product JTree to construct a global state with maximum probability
+* MatLab interface:
+  - MEX file dai now also returns variable and factor beliefs
+  - [Sebastian Nowozin] MEX file dai now also optionally returns the MAP state
+    (only for BP and JTree)
+* README is now created automatically from doxygen documentation
 * [Frederik Eaton] Added script for automatically generating properties code (used by CBP and BBP)
-* [Frederik Eaton] Updated doxygen.conf to version 1.5.9
 * [Frederik Eaton] Added newInfAlgFromString to alldai.h/cpp
-* [Frederik Eaton] Added FactorGraph::clampVar and FactorGraph::clampFactor
-* [Frederik Eaton] Changed BP to be able to record order in which messages are sent (for use by BBP)
-* [Frederik Eaton] Improved documentation of BipartiteGraph::Neighbor
-* [Frederik Eaton]: Extended InfAlg interface with beliefV() and beliefF() methods;
-* [Frederik Eaton]: Improved PropertySet class:
-  - Added default constructor
-  - Allow construction from string
-  - Added method allKeys() to produce list of keys
-  - In getStringAs(), check for typeid(ValueType) before typeid(std::string)
-    (this fixes a strange bug for empty string property)
-* [Frederik Eaton]: Added some utility macros (DAI_PV, DAI_DMSG, DAI_ACCMUT, DAI_IFVERB)
-  and functions (concat(),rnd()) to include/dai/util.h
-* [Frederik Eaton] Added backwards compatibility layer for edge interface to
-  BipartiteGraph and FactorGraph (which will be obsoleted soon)
-* [Frederik Eaton] Added BP_dual, BBP and CBP algorithms
-* [Frederik Eaton] Added Gibbs::state() accessors/mutators
-* [Frederik Eaton] Fixed Gibbs::getVarDist(size_t) to return uniform 
-  distribution if no state is allowed
+* [Frederik Eaton] Added some utility macros (DAI_PV, DAI_DMSG, DAI_IFVERB)
+  and functions (concat(),rnd()) to util.h
+* Changed output stream operator<< for Var and VarSet
 * [Frederik Eaton] Improved parsing code in tests/testdai to allow recursive
   alias substitutions
-* Interface changes:
-    TProb<T>::minVal()     -> TProb<T>::min()
-    TFactor<T>::minVal()   -> TFactor<T>::min()
-    TProb<T>::maxVal()     -> TProb<T>::max()
-    TFactor<T>::maxVal()   -> TFactor<T>::max()
-    TProb<T>::totalSum()   -> TProb<T>sum()
-    TFactor<T>::totalSum() -> TFactor<T>::sum()
-* [Frederik Eaton] Added methods setUniform (), sumAbs(), argmax() to TProb<T>
-* [Frederik Eaton] Added TAGS, lib targets to Makefile
-* [Frederik Eaton] Add useful aliases to aliases.conf
-* [Frederik Eaton] Removed unnecessary copy constructors and assignment
-  operators
-* [Frederik Eaton] Change cout to cerr in warnings and error messages
+* [Frederik Eaton] Added useful aliases to aliases.conf
 * [Giuseppe Passino] Optimised maximum-residual BP by using a reversed ordered
-  set instead of the linear search (which can yield enormous speedups - a 
+  set instead of the linear search (which can yield enormous speedups - a
   factor 500 has been measured on a binary Ising grid with 128x128 variables!)
-* Added debug assertions to Var which check for inconsistent dimensions of 
+* Added debug assertions to Var which check for inconsistent dimensions of
   variables with the same labels
-* [Giuseppe Passino] Added prefix ++ operator to State (State::operator++())
-* [Giuseppe Passino] Added iterators to FactorGraph (FactorGraph::begin, 
-  FactorGraph::end)
-* [Giuseppe Passino] Added iterators to TFactor (TFactor::begin, TFactor::end)
-* [Giuseppe Passino] Added iterators to TProb (TProb::begin, TProb::end)
-* [Giuseppe Passino] Added BP::findMaximum(), which can be used after running
-  max-product BP to construct a global state with maximum probability
-* Improved Makefile (libDAI now also builds out-of-the-box on MacOSX, 
-  thanks to Dan Preston; merged Makefile.win and Makefile.shared into Makefile)
-* Fixed bug in calcMarginal, calcPairBeliefs, calcPairBeliefsNew where
-  states with zero probability mass were clamped, leading to NaNs or assertion
-  errors (thanks to Dan Preston for reporting this)
 * toc() now returns POSIX system time with maximum accuracy of microseconds
 * Exception objects now remember their error code
-* Added examples/example_sprinkler.cpp
-
-
-git 065eae35cbfcc36f1a945ae3053c80c23f366306
---------------------------------------------
-* [Peter Gober] Made libDAI build out-of-the-box on Cygwin.
-* [Frederik Eaton] Added Gibbs sampler to algorithms
-* Improved documentation of include/dai/{bipgraph.h, prob.h, smallset.h,
-  var.h, varset.h, factor.h, enum.h} and of examples/example.cpp
-  Merged TODO and FILEFORMAT into doxygen documentation
-* examples/
-  - Moved example.cpp to examples/ 
+* Examples:
+  - Moved example.cpp to examples/
   - Added examples/example_bipgraph.cpp
   - Added examples/example_varset.cpp
-* Interface changes:
-  - Replaced TProb<T>::log0() by TProb<T>::log(true)
-  - Replaced TProb<T>::takeLog0() by TProb<T>::takeLog(true)
-  - Replaced TFactor<T>::log0() by TFactor<T>::log(true)
-  - Removed TProb<T>::hasNonPositives()
-  - Renamed smallSet<T> to SmallSet<T>
-  - Removed TFactor<T>::divided_by, use operator/ instead
-  - Removed TFactor<T>::divide, use operator/= instead
-  - Removed TFactor<T>::partSum(const VarSet&), use marginal(const VarSet&,true) instead
-  - Improved constructors of TProb and TFactor to use iterators instead of pointers
-* Miscellaneous small changes and cleanups:
-  - Changed regression test so that it also works under Windows
-  - Changed output stream operator<< for Var and VarSet
-  - Added TProb::draw() function, which draws a random index
-  - Cleanup of matlab interface code
-  - Small improvement of utils/fginfo
-  - Small cleanup of BP code
+  - Added examples/example_sprinkler.cpp
+  - Added examples/example_permute.cpp
+  - Added python and octave ports for examples/example_sprinkler.cpp
+
+Build system:
+* Improved Makefile:
+  - Merged Makefile.win and Makefile.shared into Makefile
+  - Macros DAI_VERSION and DAI_DATE have been introduced,
+    in order to store this information in a central place
+  - Introduced CCNODEBUGFLAGS in Makefile
   - Switched Makefile.win to GNU Make syntax
+  - [Frederik Eaton] Added TAGS, lib targets to Makefile
+* Compatibility:
+  - [Peter Gober] libDAI can now be built on Cygwin
+  - [Dan Preston] libDAI can now be built on Mac OS X
+  - Changed regression test so that it also works under Windows
+
+Interface changes (the old interface is marked obsolete and will be removed in the next release):
+* Var:
+  - Variable labels are now nonnegative (of type size_t)
+* VarSet:
+  - Replaced calcState() by non-member calcLinearState()
+  - Replaced calcStates() by non-member calcState()
+* Permute:
+  - Renamed convert_linear_index into convertLinearIndex
+* TProb<>:
+  - Replaced log0() by log(true)
+  - Replaced takeLog0() by takeLog(true)
+  - Removed hasNonPositives()
+  - Renamed minVal() to min()
+  - Renamed maxVal() to max()
+  - Renamed totalSum() to sum()
+* TFactor<>:
+  - Replaced log0() by TFactor<T>::log(true)
+  - Removed divided_by, use operator/ instead
+  - Removed divide, use operator/= instead
+  - Removed partSum(const VarSet&), use marginal(const VarSet&,false) instead
+  - Renamed minVal() to min()
+  - Renamed maxVal() to max()
+  - Renamed totalSum() to sum()
+* FactorGraph:
+  - Changed clamp and clamp interfaces (the variable to be
+    clamped is now indicated by its index, not as a Var)
+* RegionGraph:
+  - Renamed Check_Counting_Numbers into checkCountingNumbers
+  - Renamed Calc_Counting_Numbers into calcCountingNumbers
+* Miscellaneous:
+  - Renamed Treewidth(const FactorGraph &) into boundTreewidth(const FactorGraph &)
+  - Replaced UEdgeVec by Graph
+  - Replaced DEdgeVec by new RootedTree class
+  - Moved functionality of GrowRootedTree() into constructor of RootedTree
+  - Merged calcPairBeliefsNew() into calcPairBeliefs()
+  - Removed calcMarginal2ndO()
+  - Renamed smallSet<T> to SmallSet<T>
+  - Removed class Diffs
+  - [Frederik Eaton] Added backwards compatibility layer for edge interface to
+    BipartiteGraph and FactorGraph (which will be obsoleted soon)
+
+Bug fixes:
+* Fixed reversal of min and max in 
+  TFactor<T> min( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
+  TFactor<T> max( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
+* [Sebastian Nowozin] Fixed memory leak in MEX file dai
+* [Frederik Eaton] In PropertySet::getStringAs(), check for typeid(ValueType) 
+  before typeid(std::string) (this fixes a strange bug for empty string property)
+* Added work-around for bug in Boost Graph Library
+* Fixed bug in MaxSpanningTree (it wrongly assumed that the tree was not empty).
+* Fixed bug in calcMarginal and calcPairBeliefs where states with zero probability 
+  mass were clamped, leading to NaNs or assertion errors (thanks to Dan Preston 
+  for reporting this)
 
 
 libDAI-0.2.2 (2008-09-30)
@@ -107,7 +421,7 @@ New features:
 * Added damping to various algorithms to improve convergence properties.
 * Added more features to utils/createfg for creating factor graphs.
 * Added ExactInf class for brute force exact inference.
-* [Giuseppe Pasino] Added "logdomain" property to BP, a boolean that controls 
+* [Giuseppe Pasino] Added "logdomain" property to BP, a boolean that controls
   whether calculations are done in the log-domain or in the linear domain;
   doing calculations in the log-domain may help if the numerical range
   of a double is too small.
@@ -117,10 +431,10 @@ New features:
 Improved architecture:
 * Added Exceptions framework.
 * Pervasive change of BipartiteGraph implementation (based on an idea by
-  Giuseppe Passino). BipartiteGraph no longer stores the node properties 
-  (former _V1 and _V2), nor does it store a dense adjacency matrix anymore, 
-  nor an edge list. Instead, it stores the graph structure as lists of 
-  neighboring nodes. This yields a significant memory/speed improvement for 
+  Giuseppe Passino). BipartiteGraph no longer stores the node properties
+  (former _V1 and _V2), nor does it store a dense adjacency matrix anymore,
+  nor an edge list. Instead, it stores the graph structure as lists of
+  neighboring nodes. This yields a significant memory/speed improvement for
   large factor graphs, and is more elegant as well. Iterating over neighbors is
   made easy by using boost::foreach.
 * Added conditional compilation of inference methods.
@@ -140,24 +454,24 @@ Code cleanup:
 * Replaced sub_nb class in mr.h by boost::dynamic_bitset.
 * Improved index.h:
   - Renamed Index -> IndexFor
-  - Added some .reserve()'s to IndexFor methods which yields a 
+  - Added some .reserve()'s to IndexFor methods which yields a
     25% speedup of testregression
   - Replaced multind by Permute
   - Added MultiFor
   - Added State
 * New funcstionality of factor.h.
 * Moved Properties and MaxDiff frameworks from InfAlg to each individual
-  inference algorithm, because the Properties framework was not as 
+  inference algorithm, because the Properties framework was not as
   convenient as I hoped, and not every inference algorithm needs a maxdiff
   variable. Also, replaced some FactorGraph functionality in InfAlg by a
-  function that returns the FactorGraph. The result is cleaner (less 
+  function that returns the FactorGraph. The result is cleaner (less
   entangled) code.
 * Removed x2x.
 * Replaced Complex with real numbers (negative potentials are just too rare
   to warrant the additional "complexity" :)).
 
 Miscellaneous improvements:
-* Now compiles also with MS Visual C++ (thanks to Jiuxiang Hu) and with 
+* Now compiles also with MS Visual C++ (thanks to Jiuxiang Hu) and with
   GCC under cygwin.
 * Contributions by Peter Gober:
   - Renamed variable _N in mr.* for compatibility with g++ under cygwin.
@@ -166,7 +480,7 @@ Miscellaneous improvements:
   - moved header files in include/dai and sources in src;
   - changed #ifndefs to GNU style;
   - added extra warning checks (-W -Wextra) and fixed resulting warnings;
-  - dai::TProb: 
+  - dai::TProb:
     o removed copy constructor and assignment operators (redundant);
     o implementation of some methods via STL algorithms;
     o added methods takeExp, takeLog, takeLog0 for transformation in-place;
@@ -177,7 +491,7 @@ Miscellaneous improvements:
     and variables;
   - Optimization of FactorGraph constructors using tr1::unordered_map.
 * FactorGraph constructors no longer check for short loops (huge speed
-  increase for large factor graphs), nor for negative entries. Also, the 
+  increase for large factor graphs), nor for negative entries. Also, the
   normtype is now Prob::NORMPROB by default.
 * Improved MaxSpanningTreePrims algorithm (uses boost::graph).
 
@@ -256,7 +570,7 @@ Regressions
 
 General framework
 
-- DAIAlg is now a template class; typedefs for DAIAlg<FactorGraph> and for 
+- DAIAlg is now a template class; typedefs for DAIAlg<FactorGraph> and for
   DAIAlg<RegionGraph> are provided. In this way, we do not have to write "wrapper"
   functions to forward functionality from either FactorGraph or RegionGraph
   to DAIAlg. Functionality like clamping can be implemented in FactorGraph
@@ -275,12 +589,12 @@ General framework
   different ways and an approximation method is run for each clamping; using the
   saveProbs/undoProbs can give a significant speed increase.
 - Switched to a general Properties framework that handles the parameters of
-  all inference methods in a uniform manner. The Properties class is a map of 
-  several properties in boost::any objects, indexed by their names (strings). 
+  all inference methods in a uniform manner. The Properties class is a map of
+  several properties in boost::any objects, indexed by their names (strings).
   It can read from a stream and write to a stream. It is recursive, in the sense
   that a Properties object can hold a variable of type Properties as well.
 - Added a generic way of constructing inference algorithms from a factor graph,
-  name and properties object. Added the newInfAlg function which constructs 
+  name and properties object. Added the newInfAlg function which constructs
   the requested object. This is used by LCBP, the Matlab interface and the
   command line (test) interface.
 - Added a generic enum framework for enum parameters. Although implemented as a
@@ -296,10 +610,10 @@ Bugfixes
 - Corrected two bugs in operator&& and operator|| in VarSet (they returned
   the logical NOT of what they should return).
 - Fixed bug in RegionGraph::RecomputeOR(s).
-- Fixed bug in utils/create_dreg_fg: 
+- Fixed bug in utils/create_dreg_fg:
   graph structure was not random for given parameters (forgot to call srand()).
 - TreeEP bug workaround: use the complete junction tree instead of a subtree.
-- Fixed bug in JTree::HUGIN() and JTree:ShaferShenoy() in case of junction tree 
+- Fixed bug in JTree::HUGIN() and JTree:ShaferShenoy() in case of junction tree
   that consists of one outer region only.
 - Fixed INIT bug in LCBP2::UpdatePancake().
 - Fixed MaxDiffs flow (except for MR).
@@ -320,13 +634,13 @@ New functionality
   weighted graph where the weight between neighbours i and j is given by
   N(psi,i,j), where psi is the product of all the factors involving both i and j
   (which is an upper bound on the effective interaction between i and j).
-- Implemented MR (MontanariRizzo) based on Bastian's code, but extended it 
+- Implemented MR (MontanariRizzo) based on Bastian's code, but extended it
   to be able to handle connectivities larger than 3 (in principle, up to 32).
   It supports different initialization methods (the original RESPPROP,
   the CLAMPING method and EXACT which uses JTree) and different update methods
   (FULL and LINEAR).
-- Implemented LCBP2, an analogon of LCBP which represents pancakes as little 
-  networks and uses some approximate inference method on them for calculating 
+- Implemented LCBP2, an analogon of LCBP which represents pancakes as little
+  networks and uses some approximate inference method on them for calculating
   marginals.
 - Now there are several LCBP variants (LCBP, LCBPI, LCBPJ, LCBPK, LCBPL);
   LCBPJ works only for pairwise, LCBPK is LCBP improved for higher order
@@ -336,7 +650,7 @@ New functionality
 - Wrote utility to visualize factor graphs using graphviz.
   (it uses the BOOST Program Options library)
 - Added fginfo utility that displays some info about a .fg file.
-- Implemented Factor::strength function that calculates the potential strength 
+- Implemented Factor::strength function that calculates the potential strength
   N(psi,i,j) between variables i and j as described in cs.IT:0504030
 - Wrote a general MatLab interface matlab/dai (similar to tests/test);
   this unified the matlab functions dai, dai_bp, dai_mf, dai_jt, dai_tep, dai_cvm.
@@ -346,10 +660,10 @@ New functionality
 
 Improvements of existing code
 
-- Reimplemented RegionGraph and descendants: a RegionGraph ISA FactorGraph 
-  and also a BipartiteGraph<FRegion,Region>. It now also keeps a map that 
-  associates outer region indices to factor indices (no powers yet, this 
-  is deemed superfluous) and provides functions to recompute (some of) the 
+- Reimplemented RegionGraph and descendants: a RegionGraph ISA FactorGraph
+  and also a BipartiteGraph<FRegion,Region>. It now also keeps a map that
+  associates outer region indices to factor indices (no powers yet, this
+  is deemed superfluous) and provides functions to recompute (some of) the
   outer regions from the factors.
 - InfAlg descendants run() methods now stop immediately and return NAN in case
   they detect NANs. Only BP does not do NAN checking for performance reasons.
@@ -357,14 +671,14 @@ Improvements of existing code
 - HAK, GBP and DoubleLoop now conform to the standards for verbose reporting,
   timing and convergence criteria.
 - Implemented logZ() for JTree. It does the calculation during message-passing.
-- Marginal2ndO now optionally divides by the single node beliefs (to the power n-2); 
+- Marginal2ndO now optionally divides by the single node beliefs (to the power n-2);
   hopefully this will give more accurate approximations.
-- Marginal and Marginal2ndO (optionally) use the new saveProbs/undoProbs functionality 
-  for a faster way of calculating marginals, which does not require a call to init() 
+- Marginal and Marginal2ndO (optionally) use the new saveProbs/undoProbs functionality
+  for a faster way of calculating marginals, which does not require a call to init()
   nor cloning the whole object for each clamping. This leads to a significant speedup.
 - LCBP (and LCBP2) now have complete flexibility in the specification of the
-  inner method, i.e. the method used to generate the initial cavity approximations. 
-  One can pass two strings, a name and a properties string, and LCBP simply invokes 
+  inner method, i.e. the method used to generate the initial cavity approximations.
+  One can pass two strings, a name and a properties string, and LCBP simply invokes
   newInfAlg to construct the corresponding inference algorithm and uses the generic
   marginal functions to approximate cavity marginals.
 - Replaced the global "method" variable by local properties and removed ai.h
@@ -382,7 +696,7 @@ Improvements of existing code
   makeFacCavity -> makeFactorCavity
 - LCBP_SEQMAXRES has been removed because it did strange things.
 - Implemented RandomDRegularGraph
-- Implemented JTree::calcMarginal for marginals that are not confined 
+- Implemented JTree::calcMarginal for marginals that are not confined
   within one cluster (using cut-set conditioning).
 - Added isConnected() method to FactorGraph (some methods do not work with
   disconnected factor graphs).
@@ -399,17 +713,17 @@ Testing framework
 - Made a new and significantly improved testing framework that provides most
   functionality from the command line.
 - The basis is provided by tests/test, which uses the newInfAlg functionality
-  and enables the user to easily compare from the command line different 
-  inference methods on a given factorgraph. All parameters can be specified. 
-  Output consists of CPU time, average and maximum single variable marginal 
-  errors, relative logZ error and MaxDiff(). 
+  and enables the user to easily compare from the command line different
+  inference methods on a given factorgraph. All parameters can be specified.
+  Output consists of CPU time, average and maximum single variable marginal
+  errors, relative logZ error and MaxDiff().
 - tests/aliases.conf contains aliases for standard combinations of methods
   and their options (which can be used in tests/test).
-- tests/large contains several bash/python scripts that create random factor 
+- tests/large contains several bash/python scripts that create random factor
   graphs, compare several approximate inference algorithms (using tests/test) and
   allow for easy visualization of the results using PyX.
 - Added several .fg files for test purposes to /tests (e.g. two ALARM versions
-  alarm.fg and alarm_bnt.fg; testfast.fg, a 4x4 periodic Ising grid for 
+  alarm.fg and alarm_bnt.fg; testfast.fg, a 4x4 periodic Ising grid for
   regression testing).
 - Added a regression test to the Makefile which is included in the standard
   target.  It compares all inference methods on tests/testfast.fg with the
@@ -430,11 +744,11 @@ revision 252
 
 Functionality
 - Added RegionGraph, GBP, CVM and HAK (double-loop).
-- Added JunctionTree (with two update algorithms, HUGIN and Shafer-Shenoy), which is a 
+- Added JunctionTree (with two update algorithms, HUGIN and Shafer-Shenoy), which is a
   RegionGraph.
 - NormType is now chosen automatically (in case of negative factors, Prob::NORMLINF is used,
-  otherwise the default Prob::NORMPROB is used). Also, in case of negative factors, the 
-  RegionGraph constructors assign each Factor to a unique outer region instead of dividing 
+  otherwise the default Prob::NORMPROB is used). Also, in case of negative factors, the
+  RegionGraph constructors assign each Factor to a unique outer region instead of dividing
   it over all subsuming outer regions. See README for when negative factors are known to work
   and when not.
 - FactorGraph::FactorGraph(const vector<Factor>) only gives a warning in case of short loops,
@@ -452,7 +766,7 @@ Implementation / code
 - Made a seperate class ClusterGraph, which is only used by the junction tree
   code. It's main purpose is a graph-theoretical variable elimination algorithm.
 - Implemented the heuristic "minimum-new-edges-in-clique-graph" for variable elimination.
-- Massive code cleanup, moving towards "generic" programming style, using 
+- Massive code cleanup, moving towards "generic" programming style, using
   multiple inheritance and polymorphism.
   o BP, LCBP, MF, HAK and JunctionTree now inherit from a common DAIAlg class
   o Made generic functions Marginal, Marginal2ndO, calcCavityDist, calcCavityDist2ndO, clamp
@@ -535,8 +849,8 @@ the output arguments Q, Q0 of ai).
 0.1.1   (2006-02-28)
 --------------------
 - The constructors of (Log)FactorGraph and LogFactorGraph from a
-vector<(Log)Potential> now merge potentials to prevent short loops (of length 
-4) in the factor graph. These are used in ai to construct the factor graphs 
+vector<(Log)Potential> now merge potentials to prevent short loops (of length
+4) in the factor graph. These are used in ai to construct the factor graphs
 from the psi argument. If compiled with DEBUG defined, the method calc_nb()
 of BipGraph checks for the existence of short loops.
 - Changed calling syntax of ai (now the actual syntax *does* correspond to its
@@ -548,4 +862,4 @@ description in the help).
 
 0.1.0   (2006-02-28)
 --------------------
-First version worthy a version number.
+First version worthy of a version number.