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[libdai.git] / Makefile
index 930431f..54ff177 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -41,7 +41,7 @@ INC=include/dai
 SRC=src
 LIB=lib
 
-# Extensions (library, object, executable, MEX file extensions)
+# Extensions (library, object, executable, matlab compiled MEX file)
 LE=.a
 OE=.o
 EE=
@@ -59,13 +59,13 @@ CC=g++
 CCO=-o
 
 # Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS=-Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg
+CCFLAGS=-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic -Iinclude -Llib
 ifdef DEBUG
 CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
 
 ifdef WINDOWS
-CCFLAGS=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
 endif
 
 OBJECTS:=exactinf$(OE)
@@ -100,10 +100,9 @@ endif
 
 ifdef WITH_MATLAB
 # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-MATLABDIR=/opt/matlab/bin
-# Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
-MEX=$(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS=-I.
+MATLABDIR=/agbs/share/sw/matlab
+MEX=$(MATLABDIR)/bin/mex
+MEXFLAGS=-Iinclude CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic'
 ifdef DEBUG
 MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
@@ -116,13 +115,15 @@ endif
 
 HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h
 
-TARGETS=tests utils $(LIB)/libdai$(LE) example$(EE) testregression doc
+TARGETS=tests utils $(LIB)/libdai$(LE) testregression doc examples
 ifdef WITH_MATLAB
 TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
 endif
 all : $(TARGETS)
        echo -e "\a"
 
+examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+
 matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
 $(LIB)/libdai$(LE) : bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
@@ -137,15 +138,17 @@ testregression : tests/testdai
        @echo Starting regression test...this can take a minute or so!
        cd tests; time ./testregression; cd ..
 
-doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
+doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp examples/*.cpp doxygen.conf
        -mkdir -p doc
        doxygen doxygen.conf
 
 .PHONY : clean
 clean :
-       -rm *$(OE) 
-       -rm matlab/*$(ME) matlab/*$(OE) 
-       -rm example$(EE) tests/testdai$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
+       -rm *$(OE)
+       -rm matlab/*$(ME)
+       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+       -rm tests/testdai$(EE)
+       -rm utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
        -rm -R doc
        -rm -R lib