Improved documentation...
[libdai.git] / Makefile
index f469d67..54ff177 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,6 @@
-#   Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [j dot mooij at science dot ru dot nl]
-#   Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+#   Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
+#   Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
+#   Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
 #   
 #   This file is part of libDAI.
 #
 
 
 # Enable/disable various approximate inference methods
-WITH_BP = true
-WITH_MF = true
-WITH_HAK = true
-WITH_LC = true
-WITH_TREEEP = true
-WITH_JTREE = true
-WITH_MR = true
+WITH_BP=true
+WITH_MF=true
+WITH_HAK=true
+WITH_LC=true
+WITH_TREEEP=true
+WITH_JTREE=true
+WITH_MR=true
 # Build with debug info?
-DEBUG = true
+DEBUG=true
 # Build matlab interface?
-WITH_MATLAB =
+WITH_MATLAB=
 # New/old matlab version?
-NEW_MATLAB = true
+NEW_MATLAB=true
 # Windows or linux (default)?
-WINDOWS =
+WINDOWS=
 
 # Directories
-INC = include/dai
-SRC = src
-LIB = lib
+INC=include/dai
+SRC=src
+LIB=lib
+
+# Extensions (library, object, executable, matlab compiled MEX file)
+LE=.a
+OE=.o
+EE=
+ME=.mexglx
+
+# Libraries
+LIBS=-ldai
 
 # We use the BOOST Program Options library
-BOOSTFLAGS = -lboost_program_options
+BOOSTLIBS=-lboost_program_options
 
 # Compile using GNU C++ Compiler
-CC = g++
+CC=g++
+# Output filename option
+CCO=-o
 
 # Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS = -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg #-static #-DVERBOSE
+CCFLAGS=-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic -Iinclude -Llib
 ifdef DEBUG
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
-else
-CCFLAGS := $(CCFLAGS)
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
 
+ifdef WINDOWS
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
+endif
+
+OBJECTS:=exactinf$(OE)
 ifdef WITH_BP
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_BP
-OBJECTS := $(OBJECTS) bp.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_BP
+OBJECTS:=$(OBJECTS) bp$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MF
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MF
-OBJECTS := $(OBJECTS) mf.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MF
+OBJECTS:=$(OBJECTS) mf$(OE)
 endif
 ifdef WITH_HAK
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_HAK
-OBJECTS := $(OBJECTS) hak.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_HAK
+OBJECTS:=$(OBJECTS) hak$(OE)
 endif
 ifdef WITH_LC
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_LC
-OBJECTS := $(OBJECTS) lc.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_LC
+OBJECTS:=$(OBJECTS) lc$(OE)
 endif
 ifdef WITH_TREEEP
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_TREEEP
-OBJECTS := $(OBJECTS) treeep.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_TREEEP
+OBJECTS:=$(OBJECTS) treeep$(OE)
 endif
 ifdef WITH_JTREE
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_JTREE
-OBJECTS := $(OBJECTS) jtree.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_JTREE
+OBJECTS:=$(OBJECTS) jtree$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MR
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MR
-OBJECTS := $(OBJECTS) mr.o
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MR
+OBJECTS:=$(OBJECTS) mr$(OE)
 endif
 
 ifdef WITH_MATLAB
 # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-MATLABDIR = /opt/matlab/bin
-# Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
-MEXEXT = .mexglx
-MEX = $(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS = -I.
+MATLABDIR=/agbs/share/sw/matlab
+MEX=$(MATLABDIR)/bin/mex
+MEXFLAGS=-Iinclude CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic'
 ifdef DEBUG
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
 ifdef NEW_MATLAB
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -largeArrayDims
+MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -largeArrayDims
 else
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
+MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
 endif
 endif
 
-HEADERS = $(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/x2x.h
+HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h
 
-TARGETS = tests utils $(LIB)/libdai.a example testregression doc
+TARGETS=tests utils $(LIB)/libdai$(LE) testregression doc examples
 ifdef WITH_MATLAB
-TARGETS := $(TARGETS) matlabs
+TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
 endif
 all : $(TARGETS)
        echo -e "\a"
 
-matlabs : matlab/dai.$(MEXEXT) matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) matlab/dai_removeshortloops.$(MEXEXT) matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT)
+examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+
+matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
-$(LIB)/libdai.a : daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o $(OBJECTS)
-       ar rcs $(LIB)/libdai.a daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o $(OBJECTS)
+$(LIB)/libdai$(LE) : bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+       -mkdir -p lib
+       ar rcus $(LIB)/libdai$(LE) bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
 
-tests : tests/test
+tests : tests/testdai$(EE)
 
-utils : utils/createfg utils/fg2dot utils/remove_short_loops utils/fginfo
+utils : utils/createfg$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/fginfo$(EE)
 
-testregression : tests/test
-       echo Testing...this can take a while...
+testregression : tests/testdai
+       @echo Starting regression test...this can take a minute or so!
        cd tests; time ./testregression; cd ..
 
-doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
+doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp examples/*.cpp doxygen.conf
+       -mkdir -p doc
        doxygen doxygen.conf
 
+.PHONY : clean
 clean :
-       rm *.o example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/remove_short_loops utils/fginfo $(LIB)/libdai.a; echo
-       rm -R doc; echo
-
-
-daialg.o : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/daialg.cpp
-
-bp.o : $(SRC)/bp.cpp $(INC)/bp.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bp.cpp
-
-lc.o : $(SRC)/lc.cpp $(INC)/lc.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/lc.cpp
-
-mf.o : $(SRC)/mf.cpp $(INC)/mf.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mf.cpp
-
-factorgraph.o : $(SRC)/factorgraph.cpp $(INC)/factorgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/factorgraph.cpp
-
-util.o : $(SRC)/util.cpp $(INC)/util.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/util.cpp
-
-regiongraph.o : $(SRC)/regiongraph.cpp $(INC)/regiongraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/regiongraph.cpp
-
-hak.o : $(SRC)/hak.cpp $(INC)/hak.h $(HEADERS) $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/hak.cpp
-
-clustergraph.o : $(SRC)/clustergraph.cpp $(INC)/clustergraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/clustergraph.cpp
-
-jtree.o : $(SRC)/jtree.cpp $(INC)/jtree.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/jtree.cpp
-
-treeep.o : $(SRC)/treeep.cpp $(INC)/treeep.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h $(INC)/jtree.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/treeep.cpp
-
-weightedgraph.o : $(SRC)/weightedgraph.cpp $(INC)/weightedgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/weightedgraph.cpp
-
-mr.o : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mr.cpp
-
-properties.o : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/properties.cpp
-
-alldai.o : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/alldai.cpp
-
-x2x.o : $(SRC)/x2x.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/x2x.cpp
-
-# EXAMPLE
-##########
-
-example : example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o example example.cpp -ldai
-
-# TESTS
-########
-
-tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test tests/test.cpp -ldai $(BOOSTFLAGS)
-
-
-# MATLAB INTERFACE
-###################
-
-matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
-
-matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) : matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_readfg matlab/dai_readfg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
-
-matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) : matlab/dai_writefg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_writefg matlab/dai_writefg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
-
-matlab/dai_removeshortloops.$(MEXEXT) : matlab/dai_removeshortloops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_removeshortloops matlab/dai_removeshortloops.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
-
-matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT) : matlab/dai_potstrength.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_potstrength matlab/dai_potstrength.cpp matlab/matlab.o
-
-matlab/matlab.o : matlab/matlab.cpp matlab/matlab.h $(HEADERS)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -outdir matlab -c matlab/matlab.cpp
-
-
-# UTILS
-########
-
-utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o $(BOOSTFLAGS)
-
-utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o
-
-utils/remove_short_loops : utils/remove_short_loops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/remove_short_loops utils/remove_short_loops.cpp factorgraph.o
-
-utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o
+       -rm *$(OE)
+       -rm matlab/*$(ME)
+       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+       -rm tests/testdai$(EE)
+       -rm utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
+       -rm -R doc
+       -rm -R lib
+
+include Makefile.shared