Improved documentation...
[libdai.git] / Makefile
index f519ffa..54ff177 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,6 @@
-#   Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [j dot mooij at science dot ru dot nl]
-#   Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+#   Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
+#   Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
+#   Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
 #   
 #   This file is part of libDAI.
 #
@@ -40,10 +41,11 @@ INC=include/dai
 SRC=src
 LIB=lib
 
-# Extensions (library, object, executable extensions)
+# Extensions (library, object, executable, matlab compiled MEX file)
 LE=.a
 OE=.o
 EE=
+ME=.mexglx
 
 # Libraries
 LIBS=-ldai
@@ -53,54 +55,54 @@ BOOSTLIBS=-lboost_program_options
 
 # Compile using GNU C++ Compiler
 CC=g++
+# Output filename option
+CCO=-o
 
 # Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS=-Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg #-static #-DVERBOSE
+CCFLAGS=-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic -Iinclude -Llib
 ifdef DEBUG
 CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
 
 ifdef WINDOWS
-CCFLAGS=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
 endif
 
 OBJECTS:=exactinf$(OE)
 ifdef WITH_BP
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_BP
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_BP
 OBJECTS:=$(OBJECTS) bp$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MF
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_MF
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MF
 OBJECTS:=$(OBJECTS) mf$(OE)
 endif
 ifdef WITH_HAK
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_HAK
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_HAK
 OBJECTS:=$(OBJECTS) hak$(OE)
 endif
 ifdef WITH_LC
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_LC
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_LC
 OBJECTS:=$(OBJECTS) lc$(OE)
 endif
 ifdef WITH_TREEEP
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_TREEEP
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_TREEEP
 OBJECTS:=$(OBJECTS) treeep$(OE)
 endif
 ifdef WITH_JTREE
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_JTREE
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_JTREE
 OBJECTS:=$(OBJECTS) jtree$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MR
-CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWITH_MR
+CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MR
 OBJECTS:=$(OBJECTS) mr$(OE)
 endif
 
 ifdef WITH_MATLAB
 # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-MATLABDIR=/opt/matlab/bin
-# Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
-ME=.mexglx
-MEX=$(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS=-I.
+MATLABDIR=/agbs/share/sw/matlab
+MEX=$(MATLABDIR)/bin/mex
+MEXFLAGS=-Iinclude CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic'
 ifdef DEBUG
 MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
 endif
@@ -111,130 +113,43 @@ MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
 endif
 endif
 
-HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h
+HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h
 
-TARGETS=tests utils $(LIB)/libdai$(LE) example$(EE) testregression doc
+TARGETS=tests utils $(LIB)/libdai$(LE) testregression doc examples
 ifdef WITH_MATLAB
 TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
 endif
 all : $(TARGETS)
        echo -e "\a"
 
-matlabs : matlab/dai.$(ME) matlab/dai_readfg.$(ME) matlab/dai_writefg.$(ME) matlab/dai_potstrength.$(ME)
+examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+
+matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
 $(LIB)/libdai$(LE) : bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+       -mkdir -p lib
        ar rcus $(LIB)/libdai$(LE) bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
 
-tests : tests/test$(EE)
+tests : tests/testdai$(EE)
 
 utils : utils/createfg$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/fginfo$(EE)
 
-testregression : tests/test
-       echo Testing...this can take a while...
+testregression : tests/testdai
+       @echo Starting regression test...this can take a minute or so!
        cd tests; time ./testregression; cd ..
 
-doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
+doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp examples/*.cpp doxygen.conf
+       -mkdir -p doc
        doxygen doxygen.conf
 
+.PHONY : clean
 clean :
-       rm *$(OE) example$(EE) matlab/*.$(ME) matlab/*$(OE) tests/test$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE) $(LIB)/libdai$(LE); echo
-       rm -R doc; echo
-
-bipgraph$(OE) : $(SRC)/bipgraph.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bipgraph.cpp
-
-daialg$(OE) : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/daialg.cpp
-
-exactinf$(OE) : $(SRC)/exactinf.cpp $(INC)/exactinf.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/exactinf.cpp
-
-bp$(OE) : $(SRC)/bp.cpp $(INC)/bp.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bp.cpp
-
-lc$(OE) : $(SRC)/lc.cpp $(INC)/lc.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/lc.cpp
-
-mf$(OE) : $(SRC)/mf.cpp $(INC)/mf.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mf.cpp
-
-factorgraph$(OE) : $(SRC)/factorgraph.cpp $(INC)/factorgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/factorgraph.cpp
-
-util$(OE) : $(SRC)/util.cpp $(INC)/util.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/util.cpp
-
-regiongraph$(OE) : $(SRC)/regiongraph.cpp $(INC)/regiongraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/regiongraph.cpp
-
-hak$(OE) : $(SRC)/hak.cpp $(INC)/hak.h $(HEADERS) $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/hak.cpp
-
-clustergraph$(OE) : $(SRC)/clustergraph.cpp $(INC)/clustergraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/clustergraph.cpp
-
-jtree$(OE) : $(SRC)/jtree.cpp $(INC)/jtree.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/jtree.cpp
-
-treeep$(OE) : $(SRC)/treeep.cpp $(INC)/treeep.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h $(INC)/jtree.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/treeep.cpp
-
-weightedgraph$(OE) : $(SRC)/weightedgraph.cpp $(INC)/weightedgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/weightedgraph.cpp
-
-mr$(OE) : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mr.cpp
-
-properties$(OE) : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/properties.cpp
-
-exceptions$(OE) : $(SRC)/exceptions.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/exceptions.cpp
-
-alldai$(OE) : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/alldai.cpp
-
-
-# EXAMPLE
-##########
-
-example$(EE) : example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o example$(EE) example.cpp $(LIBS)
-
-# TESTS
-########
-
-tests/test$(EE) : tests/test.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test$(EE) tests/test.cpp $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
-
-
-# MATLAB INTERFACE
-###################
-
-matlab/dai.$(ME) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab$(OE) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab$(OE) $(LIB)/libdai$(LE)
-
-matlab/dai_readfg.$(ME) : matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph$(OE) matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_readfg matlab/dai_readfg.cpp factorgraph$(OE) matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-
-matlab/dai_writefg.$(ME) : matlab/dai_writefg.cpp $(HEADERS) factorgraph$(OE) matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_writefg matlab/dai_writefg.cpp factorgraph$(OE) matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-
-matlab/dai_potstrength.$(ME) : matlab/dai_potstrength.cpp $(HEADERS) matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_potstrength matlab/dai_potstrength.cpp matlab/matlab$(OE) exceptions$(OE)
-
-matlab/matlab$(OE) : matlab/matlab.cpp matlab/matlab.h $(HEADERS)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -outdir matlab -c matlab/matlab.cpp
-
-
-# UTILS
-########
-
-utils/createfg$(EE) : utils/createfg.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
-
-utils/fg2dot$(EE) : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp $(LIBS)
-
-utils/fginfo$(EE) : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp $(LIBS)
+       -rm *$(OE)
+       -rm matlab/*$(ME)
+       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE)
+       -rm tests/testdai$(EE)
+       -rm utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
+       -rm -R doc
+       -rm -R lib
+
+include Makefile.shared