Merge branch 'master' of git@git.tuebingen.mpg.de:libdai
[libdai.git] / Makefile
index 72fc05a..5740a10 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
 #   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
 
 
+# Enable/disable various approximate inference methods
+WITH_BP = true
+WITH_MF = true
+WITH_HAK = true
+WITH_LC = true
+WITH_TREEEP = true
+WITH_JTREE = true
+WITH_MR = true
+# Build with debug info?
+DEBUG = true
+# Build matlab interface?
+WITH_MATLAB =
+# New/old matlab version?
+NEW_MATLAB = true
+# Windows or linux (default)?
+WINDOWS =
+
+# Directories
+INC = include/dai
+SRC = src
+LIB = lib
+
 # We use the BOOST Program Options library
 BOOSTFLAGS = -lboost_program_options
 
@@ -25,24 +47,62 @@ BOOSTFLAGS = -lboost_program_options
 CC = g++
 
 # Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS = -Wall -fpic -g -DDEBUG -I. -I$(HOME)/include -O3 #-static #-pg #-DVERBOSE
+CCFLAGS = -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg #-static #-DVERBOSE
+ifdef DEBUG
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+else
+CCFLAGS := $(CCFLAGS)
+endif
+
+ifdef WITH_BP
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_BP
+OBJECTS := $(OBJECTS) bp.o
+endif
+ifdef WITH_MF
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MF
+OBJECTS := $(OBJECTS) mf.o
+endif
+ifdef WITH_HAK
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_HAK
+OBJECTS := $(OBJECTS) hak.o
+endif
+ifdef WITH_LC
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_LC
+OBJECTS := $(OBJECTS) lc.o
+endif
+ifdef WITH_TREEEP
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_TREEEP
+OBJECTS := $(OBJECTS) treeep.o
+endif
+ifdef WITH_JTREE
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_JTREE
+OBJECTS := $(OBJECTS) jtree.o
+endif
+ifdef WITH_MR
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MR
+OBJECTS := $(OBJECTS) mr.o
+endif
 
-# To enable the Matlab interface, define WITH_MATLAB = yes
-WITH_MATLAB = 
 ifdef WITH_MATLAB
 # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
 MATLABDIR = /opt/matlab/bin
-MEX = $(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS = -g -I. -DDEBUG -largeArrayDims #-g means debugging
-endif
-
 # Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
 MEXEXT = .mexglx
+MEX = $(MATLABDIR)/mex
+MEXFLAGS = -I.
+ifdef DEBUG
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+endif
+ifdef NEW_MATLAB
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -largeArrayDims
+else
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
+endif
+endif
 
-HEADERS = bipgraph.h diffs.h index.h var.h factor.h varset.h prob.h daialg.h properties.h alldai.h enum.h x2x.h
+HEADERS = $(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/x2x.h $(INC)/exceptions.h
 
-# target matlabs is disabled by default since it only compiles with a very recent MatLab version
-TARGETS = tests utils libdai.a example testregression
+TARGETS = tests utils $(LIB)/libdai.a example testregression doc
 ifdef WITH_MATLAB
 TARGETS := $(TARGETS) matlabs
 endif
@@ -51,8 +111,8 @@ all : $(TARGETS)
 
 matlabs : matlab/dai.$(MEXEXT) matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) matlab/dai_removeshortloops.$(MEXEXT) matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT)
 
-libdai.a : daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
-       ar rcs libdai.a daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
+$(LIB)/libdai.a : bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
+       ar rcs $(LIB)/libdai.a bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
 
 tests : tests/test
 
@@ -60,82 +120,87 @@ utils : utils/createfg utils/fg2dot utils/remove_short_loops utils/fginfo
 
 testregression : tests/test
        echo Testing...this can take a while...
-       cd tests; ./testregression; cd ..
+       cd tests; time ./testregression; cd ..
 
-doc : *.h *.cpp doxygen.conf
+doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
        doxygen doxygen.conf
 
 clean :
-       rm *.o *.$(MEXEXT) example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/remove_short_loops utils/fginfo libdai.a; echo
+       rm *.o example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/remove_short_loops utils/fginfo $(LIB)/libdai.a; echo
        rm -R doc; echo
 
+bipgraph.o : $(SRC)/bipgraph.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bipgraph.cpp
+
+daialg.o : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/daialg.cpp
 
-daialg.o : daialg.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c daialg.cpp
+bp.o : $(SRC)/bp.cpp $(INC)/bp.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bp.cpp
 
-bp.o : bp.cpp bp.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c bp.cpp
+lc.o : $(SRC)/lc.cpp $(INC)/lc.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/lc.cpp
 
-lc.o : lc.cpp lc.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c lc.cpp
+mf.o : $(SRC)/mf.cpp $(INC)/mf.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mf.cpp
 
-mf.o : mf.cpp mf.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c mf.cpp
+factorgraph.o : $(SRC)/factorgraph.cpp $(INC)/factorgraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/factorgraph.cpp
 
-factorgraph.o : factorgraph.cpp factorgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c factorgraph.cpp
+util.o : $(SRC)/util.cpp $(INC)/util.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/util.cpp
 
-util.o : util.cpp util.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c util.cpp
+regiongraph.o : $(SRC)/regiongraph.cpp $(INC)/regiongraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/regiongraph.cpp
 
-regiongraph.o : regiongraph.cpp regiongraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c regiongraph.cpp
+hak.o : $(SRC)/hak.cpp $(INC)/hak.h $(HEADERS) $(INC)/regiongraph.h
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/hak.cpp
 
-hak.o : hak.cpp hak.h $(HEADERS) regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c hak.cpp
+clustergraph.o : $(SRC)/clustergraph.cpp $(INC)/clustergraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/clustergraph.cpp
 
-clustergraph.o : clustergraph.cpp clustergraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c clustergraph.cpp
+jtree.o : $(SRC)/jtree.cpp $(INC)/jtree.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/jtree.cpp
 
-jtree.o : jtree.cpp jtree.h $(HEADERS) weightedgraph.h clustergraph.h regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c jtree.cpp
+treeep.o : $(SRC)/treeep.cpp $(INC)/treeep.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h $(INC)/jtree.h
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/treeep.cpp
 
-treeep.o : treeep.cpp treeep.h $(HEADERS) weightedgraph.h clustergraph.h regiongraph.h jtree.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c treeep.cpp
+weightedgraph.o : $(SRC)/weightedgraph.cpp $(INC)/weightedgraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/weightedgraph.cpp
 
-weightedgraph.o : weightedgraph.cpp weightedgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c weightedgraph.cpp
+mr.o : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mr.cpp
 
-mr.o : mr.cpp mr.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c mr.cpp
+properties.o : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/properties.cpp
 
-properties.o : properties.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c properties.cpp
+exceptions.o: $(SRC)/exceptions.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/exceptions.cpp
 
-alldai.o : alldai.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c alldai.cpp
+alldai.o : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/alldai.cpp
 
-x2x.o : x2x.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c x2x.cpp
+x2x.o : $(SRC)/x2x.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/x2x.cpp
 
 # EXAMPLE
 ##########
 
-example : example.cpp $(HEADERS) libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o example example.cpp -L. libdai.a
+example : example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o example example.cpp -ldai
 
 # TESTS
 ########
 
-tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test tests/test.cpp -L. -ldai $(BOOSTFLAGS)
+tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test tests/test.cpp -ldai $(BOOSTFLAGS)
 
 
 # MATLAB INTERFACE
 ###################
 
-matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
+matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
+       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
 
 matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) : matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
        $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_readfg matlab/dai_readfg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
@@ -156,14 +221,14 @@ matlab/matlab.o : matlab/matlab.cpp matlab/matlab.h $(HEADERS)
 # UTILS
 ########
 
-utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o $(BOOSTFLAGS)
+utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o $(BOOSTFLAGS)
 
-utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o
+utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o exceptions.o
 
-utils/remove_short_loops : utils/remove_short_loops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/remove_short_loops utils/remove_short_loops.cpp factorgraph.o
+utils/remove_short_loops : utils/remove_short_loops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/remove_short_loops utils/remove_short_loops.cpp factorgraph.o exceptions.o
 
-utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o
+utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o