Merge branch 'master' of git@git.tuebingen.mpg.de:libdai
[libdai.git] / Makefile
index f845617..5740a10 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
 #   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
 
 
+# Enable/disable various approximate inference methods
+WITH_BP = true
+WITH_MF = true
+WITH_HAK = true
+WITH_LC = true
+WITH_TREEEP = true
+WITH_JTREE = true
+WITH_MR = true
+# Build with debug info?
+DEBUG = true
+# Build matlab interface?
+WITH_MATLAB =
+# New/old matlab version?
+NEW_MATLAB = true
+# Windows or linux (default)?
+WINDOWS =
+
 # Directories
 INC = include/dai
 SRC = src
@@ -30,24 +47,62 @@ BOOSTFLAGS = -lboost_program_options
 CC = g++
 
 # Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS = -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 -g -DDAI_DEBUG #-static #-pg #-DVERBOSE
+CCFLAGS = -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg #-static #-DVERBOSE
+ifdef DEBUG
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+else
+CCFLAGS := $(CCFLAGS)
+endif
+
+ifdef WITH_BP
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_BP
+OBJECTS := $(OBJECTS) bp.o
+endif
+ifdef WITH_MF
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MF
+OBJECTS := $(OBJECTS) mf.o
+endif
+ifdef WITH_HAK
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_HAK
+OBJECTS := $(OBJECTS) hak.o
+endif
+ifdef WITH_LC
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_LC
+OBJECTS := $(OBJECTS) lc.o
+endif
+ifdef WITH_TREEEP
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_TREEEP
+OBJECTS := $(OBJECTS) treeep.o
+endif
+ifdef WITH_JTREE
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_JTREE
+OBJECTS := $(OBJECTS) jtree.o
+endif
+ifdef WITH_MR
+CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MR
+OBJECTS := $(OBJECTS) mr.o
+endif
 
-# To enable the Matlab interface, define WITH_MATLAB = yes
-WITH_MATLAB = 
 ifdef WITH_MATLAB
 # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
 MATLABDIR = /opt/matlab/bin
-MEX = $(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS = -g -I. -DDAI_DEBUG -largeArrayDims #-g means debugging
-endif
-
 # Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
 MEXEXT = .mexglx
+MEX = $(MATLABDIR)/mex
+MEXFLAGS = -I.
+ifdef DEBUG
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+endif
+ifdef NEW_MATLAB
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -largeArrayDims
+else
+MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
+endif
+endif
 
-HEADERS = $(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/x2x.h
+HEADERS = $(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/x2x.h $(INC)/exceptions.h
 
-# target matlabs is disabled by default since it only compiles with a very recent MatLab version
-TARGETS = tests utils $(LIB)/libdai.a example testregression
+TARGETS = tests utils $(LIB)/libdai.a example testregression doc
 ifdef WITH_MATLAB
 TARGETS := $(TARGETS) matlabs
 endif
@@ -56,8 +111,8 @@ all : $(TARGETS)
 
 matlabs : matlab/dai.$(MEXEXT) matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) matlab/dai_removeshortloops.$(MEXEXT) matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT)
 
-$(LIB)/libdai.a : daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
-       ar rcs $(LIB)/libdai.a daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
+$(LIB)/libdai.a : bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
+       ar rcs $(LIB)/libdai.a bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
 
 tests : tests/test
 
@@ -65,15 +120,17 @@ utils : utils/createfg utils/fg2dot utils/remove_short_loops utils/fginfo
 
 testregression : tests/test
        echo Testing...this can take a while...
-       cd tests; ./testregression; cd ..
+       cd tests; time ./testregression; cd ..
 
 doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
        doxygen doxygen.conf
 
 clean :
-       rm *.o *.$(MEXEXT) example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/remove_short_loops utils/fginfo $(LIB)/libdai.a; echo
+       rm *.o example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/remove_short_loops utils/fginfo $(LIB)/libdai.a; echo
        rm -R doc; echo
 
+bipgraph.o : $(SRC)/bipgraph.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bipgraph.cpp
 
 daialg.o : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
        $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/daialg.cpp
@@ -117,6 +174,9 @@ mr.o : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
 properties.o : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
        $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/properties.cpp
 
+exceptions.o: $(SRC)/exceptions.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/exceptions.cpp
+
 alldai.o : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
        $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/alldai.cpp
 
@@ -126,21 +186,21 @@ x2x.o : $(SRC)/x2x.cpp $(HEADERS)
 # EXAMPLE
 ##########
 
-example : $(SRC)/example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o example $(SRC)/example.cpp -ldai
+example : example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o example example.cpp -ldai
 
 # TESTS
 ########
 
-tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) lib/libdai.a
+tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
        $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test tests/test.cpp -ldai $(BOOSTFLAGS)
 
 
 # MATLAB INTERFACE
 ###################
 
-matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o daialg.o alldai.o bp.o clustergraph.o factorgraph.o hak.o jtree.o lc.o mf.o mr.o properties.o regiongraph.o util.o treeep.o weightedgraph.o x2x.o
+matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
+       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
 
 matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) : matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
        $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_readfg matlab/dai_readfg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
@@ -161,14 +221,14 @@ matlab/matlab.o : matlab/matlab.cpp matlab/matlab.h $(HEADERS)
 # UTILS
 ########
 
-utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o $(BOOSTFLAGS)
+utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o $(BOOSTFLAGS)
 
-utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o
+utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o exceptions.o
 
-utils/remove_short_loops : utils/remove_short_loops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/remove_short_loops utils/remove_short_loops.cpp factorgraph.o
+utils/remove_short_loops : utils/remove_short_loops.cpp $(HEADERS) factorgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/remove_short_loops utils/remove_short_loops.cpp factorgraph.o exceptions.o
 
-utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o
+utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o
+       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o