First working version of EM
[libdai.git] / Makefile
index 2d63911..7334c15 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
 # Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
 
 
-# Choose OS from {LINUX, WINDOWS, CYGWIN, MACOSX}
-# LINUX:   GNU/Linux and other UNIX variants
-# WINDOWS: Visual C++ with GNU Make
-# CYGWIN:  CygWin
-# MACOSX:  MacOSX
-OS=LINUX
-
-# Enable/disable various approximate inference methods
-WITH_BP=true
-WITH_MF=true
-WITH_HAK=true
-WITH_LC=true
-WITH_TREEEP=true
-WITH_JTREE=true
-WITH_MR=true
-WITH_GIBBS=true
-
-# Build with debug info?
-DEBUG=true
-
-# Build matlab interface?
-WITH_MATLAB=
-# New/old matlab version?
-NEW_MATLAB=true
-
-# Directories
-#   Location libDAI headers
+# Load the local configuration from Makefile.conf
+include Makefile.conf
+
+# Directories of libDAI sources
+# Location libDAI headers
 INC=include/dai
-#   Location of libDAI source files
+# Location of libDAI source files
 SRC=src
-#   Destination directory of libDAI library
+# Destination directory of libDAI library
 LIB=lib
-#   Additional iclude paths for C compiler
-CCINC=-Iinclude
-
-# Extensions (library, object, executable, matlab compiled MEX file)
-ifneq ($(OS),WINDOWS)
-  LE=.a
-  OE=.o
-  EE=
-  ME=.mexglx
-else
-  LE=.lib
-  OE=.obj
-  EE=.exe
-  ME=.mexglx
-endif
-
-# Libraries
-ifneq ($(OS),WINDOWS)
-  LIBS=-ldai
-  # Additional library paths for linker
-  CCLIB=-Llib
-else
-  # For some reason, we have to add the VC library path, although it is in the environment
-  LIBS=/link $(LIB)/libdai$(LE) /LIBPATH:"C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\ATLMFC\LIB" /LIBPATH:"C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\LIB" /LIBPATH:"C:\Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v6.0A\lib"
-endif
-
-# Tell the linker to link with the BOOST Program Options library
-ifeq ($(OS),CYGWIN)
-  BOOSTLIBS=-lboost_program_options-gcc34-mt
-endif
-ifeq ($(OS),MACOSX)
-  BOOSTLIBS=-lboost_program_options-mt
-endif
-ifeq ($(OS),LINUX)
-  BOOSTLIBS=-lboost_program_options-mt
-endif
-ifeq ($(OS),WINDOWS)
-  BOOSTLIBS=/LIBPATH:C:\boost_1_36_0\stage\lib
-endif
-
-# Compiler specific options
-ifneq ($(OS),WINDOWS)
-  # Compile using GNU C++ Compiler
-  CC=g++
-  # Output filename option of the compiler
-  CCO=-o 
-else
-  # Compile using Visual C++ Compiler
-  CC=cl
-  # Output filename option
-  CCO=/Fe
-endif
-
-# Flags for the C++ compiler
-ifneq ($(OS),WINDOWS)
-  CCFLAGS=-O3 -Wno-deprecated -Wall -W -Wextra -fpic
-  CCDEBUGFLAGS=-g -DDAI_DEBUG
-else
-  CCFLAGS=/Iinclude /IC:\boost_1_36_0 /EHsc /Ox
-  CCDEBUGFLAGS=/Zi -DDAI_DEBUG
-endif
-
-ifeq ($(OS),CYGWIN)
-  CCINC:=$(CCINC) -I/usr/local/include/boost-1_37
-  # dynamic linking of Boost libraries seems not to work on Cygwin
-  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DCYGWIN -static
-endif
-ifeq ($(OS),MACOSX)
-  # indicate where your boost headers and libraries are (likely where macports installs libraries)
-  CCINC:=$(CCINC) -I/opt/local/include
-  CCLIB:=$(CCLIB) -L/opt/local/lib
-endif
 
-# Build targets
+# Define build targets
 TARGETS=tests utils lib examples testregression
-ifneq ($(OS),WINDOWS)
+ifdef WITH_DOC
   TARGETS:=$(TARGETS) doc 
 endif
-
-ifdef WITH_MATLAB
-  ifneq ($(OS),WINDOWS)
-    # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-    MATLABDIR=/agbs/share/sw/matlab
-    MEX=$(MATLABDIR)/bin/mex
-    MEXFLAGS=CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'$(CCFLAGS)'
-  else
-    # Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-    MATLABDIR=c:\matlab
-    MEX=$(MATLABDIR)\bin\mex
-    MEXFLAGS=-Iinclude CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#"/EHsc /Ox"
-  endif
-endif
-
-
-ifdef DEBUG
-  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCDEBUGFLAGS)
-endif
-ifeq ($(OS),WINDOWS)
-  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DWINDOWS
-endif
 ifdef WITH_MATLAB
   TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
   ifdef NEW_MATLAB
@@ -160,8 +44,8 @@ ifdef WITH_MATLAB
   endif
 endif
 
-
-OBJECTS:=exactinf$(OE)
+# Define conditional build targets
+OBJECTS:=exactinf$(OE) evidence$(OE) emalg$(OE)
 ifdef WITH_BP
   CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_BP
   OBJECTS:=$(OBJECTS) bp$(OE)
@@ -195,11 +79,19 @@ ifdef WITH_GIBBS
   OBJECTS:=$(OBJECTS) gibbs$(OE)
 endif
 
-
+# Define standard libDAI header dependencies
 HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h
 
-
-CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCLIB) $(CCFLAGS)
+# Setup final command for C++ compiler and MEX
+ifdef DEBUG
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCDEBUGFLAGS)
+endif
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+  CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCFLAGS) $(CCLIB)
+else
+  CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCFLAGS)
+  LIBS:=$(LIBS) $(CCLIB)
+endif
 MEX:=$(MEX) $(CCLIB) $(CCINC) $(MEXFLAGS)
 
 
@@ -212,7 +104,7 @@ examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example
 
 matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
-tests : tests/testdai$(EE)
+tests : tests/testdai$(EE) tests/testem/testem$(EE)
 
 utils : utils/createfg$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/fginfo$(EE)
 
@@ -270,6 +162,12 @@ mr$(OE) : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
 gibbs$(OE) : $(SRC)/gibbs.cpp $(INC)/gibbs.h $(HEADERS)
        $(CC) -c $(SRC)/gibbs.cpp
 
+evidence$(OE) : $(SRC)/evidence.cpp $(INC)/evidence.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/evidence.cpp
+
+emalg$(OE) : $(SRC)/emalg.cpp $(INC)/emalg.h $(INC)/evidence.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/emalg.cpp
+
 properties$(OE) : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
        $(CC) -c $(SRC)/properties.cpp
 
@@ -301,7 +199,8 @@ examples/example_sprinkler$(EE) : examples/example_sprinkler.cpp $(HEADERS) $(LI
 
 tests/testdai$(EE) : tests/testdai.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
        $(CC) $(CCO)tests/testdai$(EE) tests/testdai.cpp $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
-
+tests/testem/testem$(EE): tests/testem/testem.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)$@ $< $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
 
 # MATLAB INTERFACE
 ###################