Improved documentation of include/dai/jtree.h and did some cleanups
[libdai.git] / Makefile
index 086c4e5..7ff3579 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -19,6 +19,13 @@ SRC=src
 # Destination directory of libDAI library
 LIB=lib
 
+# Set final compiler flags
+ifdef DEBUG
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCDEBUGFLAGS)
+else
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCNODEBUGFLAGS)
+endif
+
 # Define build targets
 TARGETS=tests utils lib examples testregression testem
 ifdef WITH_DOC
@@ -26,6 +33,12 @@ ifdef WITH_DOC
 endif
 ifdef WITH_MATLAB
   TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
+  # Specify the same C++ compiler and flags to mex
+  ifneq ($(OS),WINDOWS)
+    MEXFLAGS=CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'$(CCFLAGS)'
+  else
+    MEXFLAGS=CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#"$(CCFLAGS)"
+  endif
   ifdef NEW_MATLAB
     MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -largeArrayDims
   else
@@ -72,14 +85,10 @@ ifdef WITH_CBP
   OBJECTS:=$(OBJECTS) bbp$(OE) cbp$(OE) bp_dual$(OE)
 endif
 
-
 # Define standard libDAI header dependencies
 HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h $(INC)/util.h
 
 # Setup final command for C++ compiler and MEX
-ifdef DEBUG
-  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCDEBUGFLAGS)
-endif
 ifneq ($(OS),WINDOWS)
   CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCFLAGS) $(CCLIB)
 else
@@ -94,7 +103,7 @@ MEX:=$(MEX) $(CCLIB) $(CCINC) $(MEXFLAGS)
 
 all : $(TARGETS)
 
-examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
+examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_permute$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
 
 matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
@@ -193,6 +202,9 @@ examples/example_bipgraph$(EE) : examples/example_bipgraph.cpp $(HEADERS) $(LIB)
 examples/example_varset$(EE) : examples/example_varset.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
        $(CC) $(CCO)examples/example_varset$(EE) examples/example_varset.cpp $(LIBS)
 
+examples/example_permute$(EE) : examples/example_permute.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example_permute$(EE) examples/example_permute.cpp $(LIBS)
+
 examples/example_sprinkler$(EE) : examples/example_sprinkler.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
        $(CC) $(CCO)examples/example_sprinkler$(EE) examples/example_sprinkler.cpp $(LIBS)
 
@@ -294,7 +306,7 @@ ifneq ($(OS),WINDOWS)
 clean :
        -rm *$(OE)
        -rm matlab/*$(ME)
-       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
+       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_permute$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
        -rm tests/testdai$(EE) tests/testem/testem$(EE) tests/testbbp$(EE)
        -rm utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
        -rm -R doc