Improved documentation of include/dai/jtree.h and did some cleanups
[libdai.git] / Makefile
index bde5a6f..7ff3579 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
-#   Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [j dot mooij at science dot ru dot nl]
-#   Radboud University Nijmegen, The Netherlands
-#   
-#   This file is part of libDAI.
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-#   libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
-#   it under the terms of the GNU General Public License as published by
-#   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-#   (at your option) any later version.
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
 #
-#   libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
-#   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-#   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-#   GNU General Public License for more details.
-#
-#   You should have received a copy of the GNU General Public License
-#   along with libDAI; if not, write to the Free Software
-#   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
-
-
-# Enable/disable various approximate inference methods
-WITH_BP = true
-WITH_MF = true
-WITH_HAK = true
-WITH_LC = true
-WITH_TREEEP = true
-WITH_JTREE = true
-WITH_MR = true
-# Build with debug info?
-DEBUG = true
-# Build matlab interface?
-WITH_MATLAB =
-# New/old matlab version?
-NEW_MATLAB = true
-# Windows or linux (default)?
-WINDOWS =
-
-# Directories
-INC = include/dai
-SRC = src
-LIB = lib
-
-# We use the BOOST Program Options library
-BOOSTFLAGS = -lboost_program_options
-
-# Compile using GNU C++ Compiler
-CC = g++
-
-# Flags for the C++ compiler
-CCFLAGS = -Wall -W -Wextra -fpic -I./include -Llib -O3 #-pg #-static #-DVERBOSE
+# Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+
+
+# Load the local configuration from Makefile.conf
+include Makefile.conf
+
+# Directories of libDAI sources
+# Location libDAI headers
+INC=include/dai
+# Location of libDAI source files
+SRC=src
+# Destination directory of libDAI library
+LIB=lib
+
+# Set final compiler flags
 ifdef DEBUG
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCDEBUGFLAGS)
 else
-CCFLAGS := $(CCFLAGS)
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) $(CCNODEBUGFLAGS)
+endif
+
+# Define build targets
+TARGETS=tests utils lib examples testregression testem
+ifdef WITH_DOC
+  TARGETS:=$(TARGETS) doc
+endif
+ifdef WITH_MATLAB
+  TARGETS:=$(TARGETS) matlabs
+  # Specify the same C++ compiler and flags to mex
+  ifneq ($(OS),WINDOWS)
+    MEXFLAGS=CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#'$(CCFLAGS)'
+  else
+    MEXFLAGS=CXX\#$(CC) CXXFLAGS\#"$(CCFLAGS)"
+  endif
+  ifdef NEW_MATLAB
+    MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -largeArrayDims
+  else
+    MEXFLAGS:=$(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
+  endif
 endif
 
+# Define conditional build targets
+OBJECTS:=exactinf$(OE) evidence$(OE) emalg$(OE)
 ifdef WITH_BP
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_BP
-OBJECTS := $(OBJECTS) bp.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_BP
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) bp$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MF
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MF
-OBJECTS := $(OBJECTS) mf.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MF
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) mf$(OE)
 endif
 ifdef WITH_HAK
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_HAK
-OBJECTS := $(OBJECTS) hak.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_HAK
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) hak$(OE)
 endif
 ifdef WITH_LC
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_LC
-OBJECTS := $(OBJECTS) lc.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_LC
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) lc$(OE)
 endif
 ifdef WITH_TREEEP
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_TREEEP
-OBJECTS := $(OBJECTS) treeep.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_TREEEP
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) treeep$(OE)
 endif
 ifdef WITH_JTREE
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_JTREE
-OBJECTS := $(OBJECTS) jtree.o
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_JTREE
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) jtree$(OE)
 endif
 ifdef WITH_MR
-CCFLAGS := $(CCFLAGS) -DWITH_MR
-OBJECTS := $(OBJECTS) mr.o
-endif
-
-ifdef WITH_MATLAB
-# Replace the following by the directory where Matlab has been installed
-MATLABDIR = /opt/matlab/bin
-# Replace the following with the extension of compiled MEX files on this platform, e.g. .mexglx for x86
-MEXEXT = .mexglx
-MEX = $(MATLABDIR)/mex
-MEXFLAGS = -I.
-ifdef DEBUG
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -g -DDAI_DEBUG
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_MR
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) mr$(OE)
 endif
-ifdef NEW_MATLAB
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -largeArrayDims
-else
-MEXFLAGS := $(MEXFLAGS) -DSMALLMEM
+ifdef WITH_GIBBS
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_GIBBS
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) gibbs$(OE)
 endif
+ifdef WITH_CBP
+  CCFLAGS:=$(CCFLAGS) -DDAI_WITH_CBP
+  OBJECTS:=$(OBJECTS) bbp$(OE) cbp$(OE) bp_dual$(OE)
 endif
 
-HEADERS = $(INC)/bipgraph.h $(INC)/diffs.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/x2x.h $(INC)/exceptions.h
+# Define standard libDAI header dependencies
+HEADERS=$(INC)/bipgraph.h $(INC)/index.h $(INC)/var.h $(INC)/factor.h $(INC)/varset.h $(INC)/smallset.h $(INC)/prob.h $(INC)/daialg.h $(INC)/properties.h $(INC)/alldai.h $(INC)/enum.h $(INC)/exceptions.h $(INC)/util.h
 
-TARGETS = tests utils $(LIB)/libdai.a example testregression doc
-ifdef WITH_MATLAB
-TARGETS := $(TARGETS) matlabs
+# Setup final command for C++ compiler and MEX
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+  CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCFLAGS) $(CCLIB)
+else
+  CC:=$(CC) $(CCINC) $(CCFLAGS)
+  LIBS:=$(LIBS) $(CCLIB)
 endif
+MEX:=$(MEX) $(CCLIB) $(CCINC) $(MEXFLAGS)
+
+
+# META TARGETS
+###############
+
 all : $(TARGETS)
-       echo -e "\a"
 
-matlabs : matlab/dai.$(MEXEXT) matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT)
+examples : examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_permute$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
 
-$(LIB)/libdai.a : bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
-       ar rcs $(LIB)/libdai.a bipgraph.o daialg.o alldai.o clustergraph.o factorgraph.o properties.o regiongraph.o util.o weightedgraph.o x2x.o exceptions.o $(OBJECTS)
+matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
-tests : tests/test
+tests : tests/testdai$(EE) tests/testem/testem$(EE) tests/testbbp$(EE)
 
-utils : utils/createfg utils/fg2dot utils/fginfo
+utils : utils/createfg$(EE) utils/fg2dot$(EE) utils/fginfo$(EE)
 
-testregression : tests/test
-       echo Testing...this can take a while...
-       cd tests; time ./testregression; cd ..
+lib: $(LIB)/libdai$(LE)
 
-doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp doxygen.conf
-       doxygen doxygen.conf
 
-clean :
-       rm *.o example matlab/*.$(MEXEXT) matlab/*.o tests/test utils/fg2dot utils/createfg utils/fginfo $(LIB)/libdai.a; echo
-       rm -R doc; echo
+# OBJECTS
+##########
 
-bipgraph.o : $(SRC)/bipgraph.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bipgraph.cpp
+bipgraph$(OE) : $(SRC)/bipgraph.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/bipgraph.cpp
 
-daialg.o : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/daialg.cpp
+daialg$(OE) : $(SRC)/daialg.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/daialg.cpp
 
-bp.o : $(SRC)/bp.cpp $(INC)/bp.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/bp.cpp
+exactinf$(OE) : $(SRC)/exactinf.cpp $(INC)/exactinf.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/exactinf.cpp
 
-lc.o : $(SRC)/lc.cpp $(INC)/lc.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/lc.cpp
+bp$(OE) : $(SRC)/bp.cpp $(INC)/bp.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/bp.cpp
 
-mf.o : $(SRC)/mf.cpp $(INC)/mf.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mf.cpp
+bp_dual$(OE) : $(SRC)/bp_dual.cpp $(INC)/bp_dual.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/bp_dual.cpp
 
-factorgraph.o : $(SRC)/factorgraph.cpp $(INC)/factorgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/factorgraph.cpp
+bbp$(OE) : $(SRC)/bbp.cpp $(INC)/bbp.h $(INC)/bp_dual.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/bbp.cpp
 
-util.o : $(SRC)/util.cpp $(INC)/util.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/util.cpp
+cbp$(OE) : $(SRC)/cbp.cpp $(INC)/cbp.h $(INC)/bbp.h $(INC)/bp_dual.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/cbp.cpp
 
-regiongraph.o : $(SRC)/regiongraph.cpp $(INC)/regiongraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/regiongraph.cpp
+lc$(OE) : $(SRC)/lc.cpp $(INC)/lc.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/lc.cpp
 
-hak.o : $(SRC)/hak.cpp $(INC)/hak.h $(HEADERS) $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/hak.cpp
+mf$(OE) : $(SRC)/mf.cpp $(INC)/mf.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/mf.cpp
 
-clustergraph.o : $(SRC)/clustergraph.cpp $(INC)/clustergraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/clustergraph.cpp
+factorgraph$(OE) : $(SRC)/factorgraph.cpp $(INC)/factorgraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/factorgraph.cpp
 
-jtree.o : $(SRC)/jtree.cpp $(INC)/jtree.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/jtree.cpp
+util$(OE) : $(SRC)/util.cpp $(INC)/util.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/util.cpp
 
-treeep.o : $(SRC)/treeep.cpp $(INC)/treeep.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h $(INC)/jtree.h
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/treeep.cpp
+regiongraph$(OE) : $(SRC)/regiongraph.cpp $(INC)/regiongraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/regiongraph.cpp
 
-weightedgraph.o : $(SRC)/weightedgraph.cpp $(INC)/weightedgraph.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/weightedgraph.cpp
+hak$(OE) : $(SRC)/hak.cpp $(INC)/hak.h $(HEADERS) $(INC)/regiongraph.h
+       $(CC) -c $(SRC)/hak.cpp
 
-mr.o : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/mr.cpp
+clustergraph$(OE) : $(SRC)/clustergraph.cpp $(INC)/clustergraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/clustergraph.cpp
 
-properties.o : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/properties.cpp
+jtree$(OE) : $(SRC)/jtree.cpp $(INC)/jtree.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h
+       $(CC) -c $(SRC)/jtree.cpp
 
-exceptions.o: $(SRC)/exceptions.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/exceptions.cpp
+treeep$(OE) : $(SRC)/treeep.cpp $(INC)/treeep.h $(HEADERS) $(INC)/weightedgraph.h $(INC)/clustergraph.h $(INC)/regiongraph.h $(INC)/jtree.h
+       $(CC) -c $(SRC)/treeep.cpp
 
-alldai.o : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/alldai.cpp
+weightedgraph$(OE) : $(SRC)/weightedgraph.cpp $(INC)/weightedgraph.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/weightedgraph.cpp
 
-x2x.o : $(SRC)/x2x.cpp $(HEADERS)
-       $(CC) $(CCFLAGS) -c $(SRC)/x2x.cpp
+mr$(OE) : $(SRC)/mr.cpp $(INC)/mr.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/mr.cpp
 
-# EXAMPLE
-##########
+gibbs$(OE) : $(SRC)/gibbs.cpp $(INC)/gibbs.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/gibbs.cpp
+
+evidence$(OE) : $(SRC)/evidence.cpp $(INC)/evidence.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/evidence.cpp
+
+emalg$(OE) : $(SRC)/emalg.cpp $(INC)/emalg.h $(INC)/evidence.h $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/emalg.cpp
+
+properties$(OE) : $(SRC)/properties.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/properties.cpp
+
+exceptions$(OE) : $(SRC)/exceptions.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/exceptions.cpp
+
+alldai$(OE) : $(SRC)/alldai.cpp $(HEADERS)
+       $(CC) -c $(SRC)/alldai.cpp
+
+
+# EXAMPLES
+###########
+
+examples/example$(EE) : examples/example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example$(EE) examples/example.cpp $(LIBS)
+
+examples/example_bipgraph$(EE) : examples/example_bipgraph.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_bipgraph.cpp $(LIBS)
+
+examples/example_varset$(EE) : examples/example_varset.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example_varset$(EE) examples/example_varset.cpp $(LIBS)
+
+examples/example_permute$(EE) : examples/example_permute.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example_permute$(EE) examples/example_permute.cpp $(LIBS)
+
+examples/example_sprinkler$(EE) : examples/example_sprinkler.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)examples/example_sprinkler$(EE) examples/example_sprinkler.cpp $(LIBS)
 
-example : example.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o example example.cpp -ldai
 
 # TESTS
 ########
 
-tests/test : tests/test.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai.a
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o tests/test tests/test.cpp -ldai $(BOOSTFLAGS)
+tests/testdai$(EE) : tests/testdai.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)tests/testdai$(EE) tests/testdai.cpp $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
+tests/testem/testem$(EE) : tests/testem/testem.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)$@ $< $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
+
+tests/testbbp$(EE) : tests/testbbp.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)tests/testbbp$(EE) tests/testbbp.cpp $(LIBS)
 
 
 # MATLAB INTERFACE
 ###################
 
-matlab/dai.$(MEXEXT) : matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai matlab/dai.cpp matlab/matlab.o $(LIB)/libdai.a
+matlab/dai$(ME) : $(SRC)/matlab/dai.cpp $(HEADERS) matlab$(OE) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(MEX) -o matlab/dai $(SRC)/matlab/dai.cpp matlab$(OE) $(LIB)/libdai$(LE)
 
-matlab/dai_readfg.$(MEXEXT) : matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_readfg matlab/dai_readfg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
+matlab/dai_readfg$(ME) : $(SRC)/matlab/dai_readfg.cpp $(HEADERS) factorgraph$(OE) matlab$(OE) exceptions$(OE)
+       $(MEX) -o matlab/dai_readfg $(SRC)/matlab/dai_readfg.cpp factorgraph$(OE) matlab$(OE) exceptions$(OE)
 
-matlab/dai_writefg.$(MEXEXT) : matlab/dai_writefg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_writefg matlab/dai_writefg.cpp factorgraph.o matlab/matlab.o
+matlab/dai_writefg$(ME) : $(SRC)/matlab/dai_writefg.cpp $(HEADERS) factorgraph$(OE) matlab$(OE) exceptions$(OE)
+       $(MEX) -o matlab/dai_writefg $(SRC)/matlab/dai_writefg.cpp factorgraph$(OE) matlab$(OE) exceptions$(OE)
 
-matlab/dai_potstrength.$(MEXEXT) : matlab/dai_potstrength.cpp $(HEADERS) matlab/matlab.o
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -o matlab/dai_potstrength matlab/dai_potstrength.cpp matlab/matlab.o
+matlab/dai_potstrength$(ME) : $(SRC)/matlab/dai_potstrength.cpp $(HEADERS) matlab$(OE) exceptions$(OE)
+       $(MEX) -o matlab/dai_potstrength $(SRC)/matlab/dai_potstrength.cpp matlab$(OE) exceptions$(OE)
 
-matlab/matlab.o : matlab/matlab.cpp matlab/matlab.h $(HEADERS)
-       $(MEX) $(MEXFLAGS) -outdir matlab -c matlab/matlab.cpp
+matlab$(OE) : $(SRC)/matlab/matlab.cpp $(INC)/matlab/matlab.h $(HEADERS)
+       $(MEX) -c $(SRC)/matlab/matlab.cpp
 
 
 # UTILS
 ########
 
-utils/createfg : utils/createfg.cpp $(HEADERS) factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/createfg utils/createfg.cpp factorgraph.o weightedgraph.o util.o bipgraph.o exceptions.o $(BOOSTFLAGS)
+utils/createfg$(EE) : utils/createfg.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)utils/createfg$(EE) utils/createfg.cpp $(LIBS) $(BOOSTLIBS)
+
+utils/fg2dot$(EE) : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)utils/fg2dot$(EE) utils/fg2dot.cpp $(LIBS)
+
+utils/fginfo$(EE) : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) $(LIB)/libdai$(LE)
+       $(CC) $(CCO)utils/fginfo$(EE) utils/fginfo.cpp $(LIBS)
+
+
+# LIBRARY
+##########
+
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+$(LIB)/libdai$(LE) : bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+       -mkdir -p lib
+       ar rcus $(LIB)/libdai$(LE) bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+else
+$(LIB)/libdai$(LE) : bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+       -mkdir lib
+       lib /out:$(LIB)/libdai$(LE) bipgraph$(OE) daialg$(OE) alldai$(OE) clustergraph$(OE) factorgraph$(OE) properties$(OE) regiongraph$(OE) util$(OE) weightedgraph$(OE) exceptions$(OE) $(OBJECTS)
+endif
+
+
+# REGRESSION TESTS
+###################
+
+testregression : tests/testdai$(EE)
+       @echo Starting regression test...this can take a minute or so!
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+       cd tests && ./testregression && cd ..
+else
+       cd tests && testregression.bat && cd ..
+endif
+
+testem : tests/testem/testem$(EE)
+       @echo Starting EM tests
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+       cd tests/testem && ./runtests && cd ../..
+else
+       cd tests\testem && runtests && cd ..\..
+endif
+
+
+# DOCUMENTATION
+################
+
+doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp examples/*.cpp doxygen.conf
+       doxygen doxygen.conf
+
+TAGS:
+       etags src/*.cpp include/dai/*.h tests/*.cpp utils/*.cpp
+       ctags src/*.cpp include/dai/*.h tests/*.cpp utils/*.cpp
 
-utils/fg2dot : utils/fg2dot.cpp $(HEADERS) factorgraph.o exceptions.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fg2dot utils/fg2dot.cpp factorgraph.o exceptions.o
 
-utils/fginfo : utils/fginfo.cpp $(HEADERS) factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o
-       $(CC) $(CCFLAGS) -o utils/fginfo utils/fginfo.cpp factorgraph.o bipgraph.o exceptions.o
+# CLEAN
+########
+
+ifneq ($(OS),WINDOWS)
+.PHONY : clean
+clean :
+       -rm *$(OE)
+       -rm matlab/*$(ME)
+       -rm examples/example$(EE) examples/example_bipgraph$(EE) examples/example_varset$(EE) examples/example_permute$(EE) examples/example_sprinkler$(EE)
+       -rm tests/testdai$(EE) tests/testem/testem$(EE) tests/testbbp$(EE)
+       -rm utils/fg2dot$(EE) utils/createfg$(EE) utils/fginfo$(EE)
+       -rm -R doc
+       -rm -R lib
+else
+.PHONY : clean
+clean :
+       -del *$(OE) *.ilk *.pdb *$(EE) matlab\*$(ME) examples\*$(EE) examples\*.ilk examples\*.pdb tests\testdai$(EE) tests\testem\testem$(EE) tests\*.pdb tests\*.ilk utils\*$(EE) utils\*.pdb utils\*.ilk $(LIB)\libdai$(LE)
+endif