Merge branch 'master' into gibbs
[libdai.git] / doxygen.conf
index c04f07b..83f9a31 100644 (file)
@@ -99,7 +99,7 @@ ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
 # members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment 
 # operators of the base classes will not be shown.
 
-INLINE_INHERITED_MEMB  = NO
+INLINE_INHERITED_MEMB  = YES
 
 # If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full 
 # path before files name in the file list and in the header files. If set 
@@ -123,7 +123,7 @@ STRIP_FROM_PATH        =
 # definition is used. Otherwise one should specify the include paths that 
 # are normally passed to the compiler using the -I flag.
 
-STRIP_FROM_INC_PATH    = 
+STRIP_FROM_INC_PATH    = include/
 
 # If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter 
 # (but less readable) file names. This can be useful is your file systems 
@@ -160,7 +160,7 @@ MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
 # If set to NO, the detailed description appears after the member 
 # documentation.
 
-DETAILS_AT_TOP         = NO
+DETAILS_AT_TOP         = YES
 
 # If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
 # member inherits the documentation from any documented member that it 
@@ -186,7 +186,7 @@ TAB_SIZE               = 8
 # will result in a user-defined paragraph with heading "Side Effects:". 
 # You can put \n's in the value part of an alias to insert newlines.
 
-ALIASES                = 
+ALIASES                = "idea=\xrefitem ideas \"Idea\" \"Ideas worth exploring\""
 
 # Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C 
 # sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C. 
@@ -221,7 +221,7 @@ OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
 # func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration 
 # diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
 
-BUILTIN_STL_SUPPORT    = NO
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = YES
 
 # If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to
 # enable parsing support.
@@ -268,7 +268,7 @@ TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
 # Private class members and static file members will be hidden unless 
 # the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES
 
-EXTRACT_ALL            = YES
+EXTRACT_ALL            = NO
 
 # If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class 
 # will be included in the documentation.
@@ -278,7 +278,7 @@ EXTRACT_PRIVATE        = NO
 # If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file 
 # will be included in the documentation.
 
-EXTRACT_STATIC         = NO
+EXTRACT_STATIC         = YES
 
 # If the EXTRACT_LOCAL_CLASSES tag is set to YES classes (and structs) 
 # defined locally in source files will be included in the documentation. 
@@ -367,7 +367,7 @@ INLINE_INFO            = YES
 # alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
 # declaration order.
 
-SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+SORT_MEMBER_DOCS       = NO
 
 # If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the 
 # brief documentation of file, namespace and class members alphabetically 
@@ -513,8 +513,7 @@ WARN_LOGFILE           =
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
 # with spaces.
 
-INPUT                  = src \
-                         include/dai
+INPUT                  = src include/dai
 
 # This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
 # that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
@@ -537,7 +536,7 @@ FILE_PATTERNS          =
 # should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO. 
 # If left blank NO is used.
 
-RECURSIVE              = NO
+RECURSIVE              = YES
 
 # The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should 
 # excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a 
@@ -571,7 +570,7 @@ EXCLUDE_SYMBOLS        =
 # directories that contain example code fragments that are included (see 
 # the \include command).
 
-EXAMPLE_PATH           = 
+EXAMPLE_PATH           = examples
 
 # If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the 
 # EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
@@ -644,13 +643,13 @@ STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
 # then for each documented function all documented 
 # functions referencing it will be listed.
 
-REFERENCED_BY_RELATION = YES
+REFERENCED_BY_RELATION = NO
 
 # If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES (the default) 
 # then for each documented function all documented entities 
 # called/used by that function will be listed.
 
-REFERENCES_RELATION    = YES
+REFERENCES_RELATION    = NO
 
 # If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES (the default)
 # and SOURCE_BROWSER tag is set to YES, then the hyperlinks from
@@ -896,13 +895,13 @@ LATEX_HEADER           =
 # contain links (just like the HTML output) instead of page references 
 # This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
 
-PDF_HYPERLINKS         = NO
+PDF_HYPERLINKS         = YES
 
 # If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of 
 # plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a 
 # higher quality PDF documentation.
 
-USE_PDFLATEX           = NO
+USE_PDFLATEX           = YES
 
 # If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
 # command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
@@ -1116,7 +1115,7 @@ INCLUDE_FILE_PATTERNS  =
 # undefined via #undef or recursively expanded use the := operator 
 # instead of the = operator.
 
-PREDEFINED             = 
+PREDEFINED             = DAI_WITH_BP DAI_WITH_MF DAI_WITH_HAK DAI_WITH_LC DAI_WITH_TREEEP DAI_WITH_JTREE DAI_WITH_MR
 
 # If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then 
 # this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded.