Updated copyrights
[libdai.git] / doxygen.conf
index 9cef1fb..febd3e1 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Doxyfile 1.4.2
+# Doxyfile 1.5.5
 
 # This file describes the settings to be used by the documentation system
 # doxygen (www.doxygen.org) for a project
 # Project related configuration options
 #---------------------------------------------------------------------------
 
+# This tag specifies the encoding used for all characters in the config file 
+# that follow. The default is UTF-8 which is also the encoding used for all 
+# text before the first occurrence of this tag. Doxygen uses libiconv (or the 
+# iconv built into libc) for the transcoding. See 
+# http://www.gnu.org/software/libiconv for the list of possible encodings.
+
+DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
+
 # The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
 # by quotes) that should identify the project.
 
@@ -45,24 +53,15 @@ CREATE_SUBDIRS         = NO
 # documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
 # information to generate all constant output in the proper language. 
 # The default language is English, other supported languages are: 
-# Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, Croatian, Czech, Danish, 
-# Dutch, Finnish, French, German, Greek, Hungarian, Italian, Japanese, 
-# Japanese-en (Japanese with English messages), Korean, Korean-en, Norwegian, 
-# Polish, Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Slovak, Slovene, Spanish, 
-# Swedish, and Ukrainian.
+# Afrikaans, Arabic, Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, 
+# Croatian, Czech, Danish, Dutch, Farsi, Finnish, French, German, Greek, 
+# Hungarian, Italian, Japanese, Japanese-en (Japanese with English messages), 
+# Korean, Korean-en, Lithuanian, Norwegian, Macedonian, Persian, Polish, 
+# Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Slovak, Slovene, Spanish, Swedish, 
+# and Ukrainian.
 
 OUTPUT_LANGUAGE        = English
 
-# This tag can be used to specify the encoding used in the generated output. 
-# The encoding is not always determined by the language that is chosen, 
-# but also whether or not the output is meant for Windows or non-Windows users. 
-# In case there is a difference, setting the USE_WINDOWS_ENCODING tag to YES 
-# forces the Windows encoding (this is the default for the Windows binary), 
-# whereas setting the tag to NO uses a Unix-style encoding (the default for 
-# all platforms other than Windows).
-
-USE_WINDOWS_ENCODING   = NO
-
 # If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
 # include brief member descriptions after the members that are listed in 
 # the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
@@ -124,7 +123,7 @@ STRIP_FROM_PATH        =
 # definition is used. Otherwise one should specify the include paths that 
 # are normally passed to the compiler using the -I flag.
 
-STRIP_FROM_INC_PATH    = 
+STRIP_FROM_INC_PATH    = include/
 
 # If the SHORT_NAMES tag is set to YES, doxygen will generate much shorter 
 # (but less readable) file names. This can be useful is your file systems 
@@ -135,11 +134,19 @@ SHORT_NAMES            = NO
 # If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen 
 # will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
 # comment as the brief description. If set to NO, the JavaDoc 
-# comments will behave just like the Qt-style comments (thus requiring an 
-# explicit @brief command for a brief description.
+# comments will behave just like regular Qt-style comments 
+# (thus requiring an explicit @brief command for a brief description.)
 
 JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
 
+# If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen will 
+# interpret the first line (until the first dot) of a Qt-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the comments 
+# will behave just like regular Qt-style comments (thus requiring 
+# an explicit \brief command for a brief description.)
+
+QT_AUTOBRIEF           = NO
+
 # The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make Doxygen 
 # treat a multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// 
 # comments) as a brief description. This used to be the default behaviour. 
@@ -153,7 +160,7 @@ MULTILINE_CPP_IS_BRIEF = NO
 # If set to NO, the detailed description appears after the member 
 # documentation.
 
-DETAILS_AT_TOP         = NO
+DETAILS_AT_TOP         = YES
 
 # If the INHERIT_DOCS tag is set to YES (the default) then an undocumented 
 # member inherits the documentation from any documented member that it 
@@ -161,13 +168,6 @@ DETAILS_AT_TOP         = NO
 
 INHERIT_DOCS           = YES
 
-# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
-# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
-# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
-# all members of a group must be documented explicitly.
-
-DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
-
 # If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce 
 # a new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will 
 # be part of the file/class/namespace that contains it.
@@ -195,13 +195,52 @@ ALIASES                =
 
 OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = NO
 
-# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java sources 
-# only. Doxygen will then generate output that is more tailored for Java. 
-# For instance, namespaces will be presented as packages, qualified scopes 
-# will look different, etc.
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Java. For instance, namespaces will be presented as packages, qualified 
+# scopes will look different, etc.
 
 OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
 
+# Set the OPTIMIZE_FOR_FORTRAN tag to YES if your project consists of Fortran 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Fortran.
+
+OPTIMIZE_FOR_FORTRAN   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL tag to YES if your project consists of VHDL 
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for 
+# VHDL.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
+
+# If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want 
+# to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should 
+# set this tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and 
+# definitions whose arguments contain STL classes (e.g. func(std::string); v.s. 
+# func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration 
+# diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
+
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = YES
+
+# If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to
+# enable parsing support.
+
+CPP_CLI_SUPPORT        = NO
+
+# Set the SIP_SUPPORT tag to YES if your project consists of sip sources only. 
+# Doxygen will parse them like normal C++ but will assume all classes use public 
+# instead of private inheritance when no explicit protection keyword is present.
+
+SIP_SUPPORT            = NO
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
+# all members of a group must be documented explicitly.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
+
 # Set the SUBGROUPING tag to YES (the default) to allow class member groups of 
 # the same type (for instance a group of public functions) to be put as a 
 # subgroup of that type (e.g. under the Public Functions section). Set it to 
@@ -210,6 +249,16 @@ OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
 
 SUBGROUPING            = YES
 
+# When TYPEDEF_HIDES_STRUCT is enabled, a typedef of a struct, union, or enum 
+# is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So 
+# typedef struct TypeS {} TypeT, will appear in the documentation as a struct 
+# with name TypeT. When disabled the typedef will appear as a member of a file, 
+# namespace, or class. And the struct will be named TypeS. This can typically 
+# be useful for C code in case the coding convention dictates that all compound 
+# types are typedef'ed and only the typedef is referenced, never the tag name.
+
+TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
+
 #---------------------------------------------------------------------------
 # Build related configuration options
 #---------------------------------------------------------------------------
@@ -244,6 +293,14 @@ EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
 
 EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
 
+# If this flag is set to YES, the members of anonymous namespaces will be 
+# extracted and appear in the documentation as a namespace called 
+# 'anonymous_namespace{file}', where file will be replaced with the base 
+# name of the file that contains the anonymous namespace. By default 
+# anonymous namespace are hidden.
+
+EXTRACT_ANON_NSPACES   = NO
+
 # If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
 # undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
 # If set to NO (the default) these members will be included in the 
@@ -310,7 +367,7 @@ INLINE_INFO            = YES
 # alphabetically by member name. If set to NO the members will appear in 
 # declaration order.
 
-SORT_MEMBER_DOCS       = YES
+SORT_MEMBER_DOCS       = NO
 
 # If the SORT_BRIEF_DOCS tag is set to YES then doxygen will sort the 
 # brief documentation of file, namespace and class members alphabetically 
@@ -319,6 +376,12 @@ SORT_MEMBER_DOCS       = YES
 
 SORT_BRIEF_DOCS        = NO
 
+# If the SORT_GROUP_NAMES tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# hierarchy of group names into alphabetical order. If set to NO (the default) 
+# the group names will appear in their defined order.
+
+SORT_GROUP_NAMES       = NO
+
 # If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be 
 # sorted by fully-qualified names, including namespaces. If set to 
 # NO (the default), the class list will be sorted only by class name, 
@@ -376,16 +439,16 @@ SHOW_USED_FILES        = YES
 
 # If the sources in your project are distributed over multiple directories 
 # then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy 
-# in the documentation.
+# in the documentation. The default is NO.
 
 SHOW_DIRECTORIES       = YES
 
 # The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that 
-# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from the 
-# version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from 
+# the version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
 # popen()) the command <command> <input-file>, where <command> is the value of 
 # the FILE_VERSION_FILTER tag, and <input-file> is the name of an input file 
-# provided by doxygen. Whatever the progam writes to standard output 
+# provided by doxygen. Whatever the program writes to standard output 
 # is used as the file version. See the manual for examples.
 
 FILE_VERSION_FILTER    = 
@@ -450,14 +513,23 @@ WARN_LOGFILE           =
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
 # with spaces.
 
-INPUT                  = src include/dai 
+INPUT                  = src \
+                         include/dai
+
+# This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
+# that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
+# also the default input encoding. Doxygen uses libiconv (or the iconv built 
+# into libc) for the transcoding. See http://www.gnu.org/software/libiconv for 
+# the list of possible encodings.
+
+INPUT_ENCODING         = UTF-8
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
 # FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
 # and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
 # blank the following patterns are tested: 
 # *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx 
-# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm
+# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm *.py *.f90
 
 FILE_PATTERNS          = 
 
@@ -481,10 +553,20 @@ EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
 # EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
-# certain files from those directories.
+# certain files from those directories. Note that the wildcards are matched 
+# against the file with absolute path, so to exclude all test directories 
+# for example use the pattern */test/*
 
 EXCLUDE_PATTERNS       = 
 
+# The EXCLUDE_SYMBOLS tag can be used to specify one or more symbol names 
+# (namespaces, classes, functions, etc.) that should be excluded from the 
+# output. The symbol name can be a fully qualified name, a word, or if the 
+# wildcard * is used, a substring. Examples: ANamespace, AClass, 
+# AClass::ANamespace, ANamespace::*Test
+
+EXCLUDE_SYMBOLS        = 
+
 # The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
 # directories that contain example code fragments that are included (see 
 # the \include command).
@@ -562,13 +644,28 @@ STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
 # then for each documented function all documented 
 # functions referencing it will be listed.
 
-REFERENCED_BY_RELATION = YES
+REFERENCED_BY_RELATION = NO
 
 # If the REFERENCES_RELATION tag is set to YES (the default) 
 # then for each documented function all documented entities 
 # called/used by that function will be listed.
 
-REFERENCES_RELATION    = YES
+REFERENCES_RELATION    = NO
+
+# If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES (the default)
+# and SOURCE_BROWSER tag is set to YES, then the hyperlinks from
+# functions in REFERENCES_RELATION and REFERENCED_BY_RELATION lists will
+# link to the source code.  Otherwise they will link to the documentstion.
+
+REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code 
+# will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen 
+# built-in source browser. The htags tool is part of GNU's global source 
+# tagging system (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You 
+# will need version 4.8.6 or higher.
+
+USE_HTAGS              = NO
 
 # If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
 # will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
@@ -649,11 +746,44 @@ HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
 
 # If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
 # will be generated that can be used as input for tools like the 
-# Microsoft HTML help workshop to generate a compressed HTML help file (.chm) 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compiled HTML help file (.chm) 
 # of the generated HTML documentation.
 
 GENERATE_HTMLHELP      = NO
 
+# If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3 
+# integrated development environment, introduced with OSX 10.5 (Leopard). 
+# To create a documentation set, doxygen will generate a Makefile in the 
+# HTML output directory. Running make will produce the docset in that 
+# directory and running "make install" will install the docset in 
+# ~/Library/Developer/Shared/Documentation/DocSets so that Xcode will find 
+# it at startup.
+
+GENERATE_DOCSET        = NO
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag determines the name of the 
+# feed. A documentation feed provides an umbrella under which multiple 
+# documentation sets from a single provider (such as a company or product suite) 
+# can be grouped.
+
+DOCSET_FEEDNAME        = "Doxygen generated docs"
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag specifies a string that 
+# should uniquely identify the documentation set bundle. This should be a 
+# reverse domain-name style string, e.g. com.mycompany.MyDocSet. Doxygen 
+# will append .docset to the name.
+
+DOCSET_BUNDLE_ID       = org.doxygen.Project
+
+# If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML 
+# documentation will contain sections that can be hidden and shown after the 
+# page has loaded. For this to work a browser that supports 
+# JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
+
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+
 # If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_FILE tag can 
 # be used to specify the file name of the resulting .chm file. You 
 # can add a path in front of the file if the result should not be 
@@ -766,13 +896,13 @@ LATEX_HEADER           =
 # contain links (just like the HTML output) instead of page references 
 # This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
 
-PDF_HYPERLINKS         = NO
+PDF_HYPERLINKS         = YES
 
 # If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of 
 # plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a 
 # higher quality PDF documentation.
 
-USE_PDFLATEX           = NO
+USE_PDFLATEX           = YES
 
 # If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode. 
 # command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep 
@@ -956,7 +1086,7 @@ MACRO_EXPANSION        = NO
 
 # If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
 # then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
-# PREDEFINED and EXPAND_AS_PREDEFINED tags.
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_DEFINED tags.
 
 EXPAND_ONLY_PREDEF     = NO
 
@@ -1059,6 +1189,15 @@ PERL_PATH              = /usr/bin/perl
 
 CLASS_DIAGRAMS         = YES
 
+# You can define message sequence charts within doxygen comments using the \msc 
+# command. Doxygen will then run the mscgen tool (see 
+# http://www.mcternan.me.uk/mscgen/) to produce the chart and insert it in the 
+# documentation. The MSCGEN_PATH tag allows you to specify the directory where 
+# the mscgen tool resides. If left empty the tool is assumed to be found in the 
+# default search path.
+
+MSCGEN_PATH            = 
+
 # If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide 
 # inheritance and usage relations if the target is undocumented 
 # or is not a class.
@@ -1116,14 +1255,22 @@ INCLUDE_GRAPH          = YES
 
 INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
 
-# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will 
-# generate a call dependency graph for every global function or class method. 
-# Note that enabling this option will significantly increase the time of a run. 
-# So in most cases it will be better to enable call graphs for selected 
-# functions only using the \callgraph command.
+# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT options are set to YES then 
+# doxygen will generate a call dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable call graphs 
+# for selected functions only using the \callgraph command.
 
 CALL_GRAPH             = NO
 
+# If the CALLER_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then 
+# doxygen will generate a caller dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable caller 
+# graphs for selected functions only using the \callergraph command.
+
+CALLER_GRAPH           = NO
+
 # If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
 # will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
 
@@ -1153,39 +1300,31 @@ DOT_PATH               =
 
 DOTFILE_DIRS           = 
 
-# The MAX_DOT_GRAPH_WIDTH tag can be used to set the maximum allowed width 
-# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
-# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
-# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
-# large images.
-
-MAX_DOT_GRAPH_WIDTH    = 1024
-
-# The MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT tag can be used to set the maximum allows height 
-# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
-# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
-# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
-# large images.
+# The MAX_DOT_GRAPH_MAX_NODES tag can be used to set the maximum number of 
+# nodes that will be shown in the graph. If the number of nodes in a graph 
+# becomes larger than this value, doxygen will truncate the graph, which is 
+# visualized by representing a node as a red box. Note that doxygen if the 
+# number of direct children of the root node in a graph is already larger than 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES then the graph will not be shown at all. Also note 
+# that the size of a graph can be further restricted by MAX_DOT_GRAPH_DEPTH.
 
-MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT   = 1024
+DOT_GRAPH_MAX_NODES    = 50
 
 # The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the 
 # graphs generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable 
 # from the root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes 
 # that lay further from the root node will be omitted. Note that setting this 
 # option to 1 or 2 may greatly reduce the computation time needed for large 
-# code bases. Also note that a graph may be further truncated if the graph's 
-# image dimensions are not sufficient to fit the graph (see MAX_DOT_GRAPH_WIDTH 
-# and MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT). If 0 is used for the depth value (the default), 
-# the graph is not depth-constrained.
+# code bases. Also note that the size of a graph can be further restricted by 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES. Using a depth of 0 means no depth restriction.
 
 MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
 
 # Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent 
-# background. This is disabled by default, which results in a white background. 
-# Warning: Depending on the platform used, enabling this option may lead to 
-# badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they become hard to 
-# read).
+# background. This is enabled by default, which results in a transparent 
+# background. Warning: Depending on the platform used, enabling this option 
+# may lead to badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they 
+# become hard to read).
 
 DOT_TRANSPARENT        = NO