index d65937a..b441116 100644 (file)
namespace dai {

namespace dai {

-// predefine TFactor<T> class
-template<typename T> class      TFactor;
-
-
-/// Represents a factor with probability entries represented as Real
-typedef TFactor<Real>           Factor;
-
-
-/// Represents a probability factor.
-/** A \e factor is a function of the Cartesian product of the state
- *  spaces of some set of variables to the nonnegative real numbers.
- *  More formally, if \f$x_i \in X_i\f$ for all \f$i\f$, then a factor
- *  depending on the variables \f$\{x_i\}\f$ is a function defined
- *  on \f$\prod_i X_i\f$ with values in \f$[0,\infty)\f$.
+/// Represents a (probability) factor.
+/** Mathematically, a \e factor is a function mapping joint states of some
+ *  variables to the nonnegative real numbers.
+ *  More formally, denoting a discrete variable with label \f$l\f$ by
+ *  \f$x_l\f$ and its state space by \f$X_l = \{0,1,\dots,S_l-1\}\f$,
+ *  then a factor depending on the variables \f$\{x_l\}_{l\in L}\f$ is
+ *  a function \f$f_L : \prod_{l\in L} X_l \to [0,\infty)\f$.
*
*
- *  A Factor has two components: a VarSet, defining the set of variables
- *  that the factor depends on, and a TProb<T>, containing the values of
- *  the factor for all possible joint states of the variables.
+ *  In libDAI, a factor is represented by a TFactor<\a T> object, which has two
+ *  components:
+ *  \arg a VarSet, corresponding with the set of variables \f$\{x_l\}_{l\in L}\f$
+ *  that the factor depends on;
+ *  \arg a TProb<\a T>, a vector containing the value of the factor for each possible
+ *  joint state of the variables.
+ *
+ *  The factor values are stored in the entries of the TProb<\a T> in a particular
+ *  ordering, which is defined by the one-to-one correspondence of a joint state
+ *  in \f$\prod_{l\in L} X_l\f$ with a linear index in
+ *  \f$\{0,1,\dots,\prod_{l\in L} S_l-1\}\f$ according to the mapping \f$\sigma\f$
+ *  induced by VarSet::calcState(const std::map<Var,size_t> &).
*
*
- *  \tparam T Should be castable from and to double.
+ *  \tparam T Should be a scalar that is castable from and to double and should support elementary arithmetic operations.
+ *  \todo Define a better fileformat for .fg files (maybe using XML)?
+ *  \todo Add support for sparse factors.
*/
template <typename T> class TFactor {
private:
*/
template <typename T> class TFactor {
private:
@@ -68,211 +72,240 @@ template <typename T> class TFactor {
TProb<T>    _p;

public:
TProb<T>    _p;

public:
-        /// Construct Factor with empty VarSet
+        /// Iterator over factor entries
+               typedef typename TProb<T>::iterator iterator;
+
+        /// Const iterator over factor entries
+               typedef typename TProb<T>::const_iterator const_iterator;
+
+        /// Constructs TFactor depending on no variables, with value p
TFactor ( Real p = 1.0 ) : _vs(), _p(1,p) {}

TFactor ( Real p = 1.0 ) : _vs(), _p(1,p) {}

-        /// Construct Factor from VarSet
+        /// Constructs TFactor depending on variables in ns, with uniform distribution
TFactor( const VarSet& ns ) : _vs(ns), _p(_vs.nrStates()) {}

TFactor( const VarSet& ns ) : _vs(ns), _p(_vs.nrStates()) {}

-        /// Construct Factor from VarSet and initial value
+        /// Constructs TFactor depending on variables in ns, with all values set to p
TFactor( const VarSet& ns, Real p ) : _vs(ns), _p(_vs.nrStates(),p) {}

TFactor( const VarSet& ns, Real p ) : _vs(ns), _p(_vs.nrStates(),p) {}

-        /// Construct Factor from VarSet and initial array
-        TFactor( const VarSet& ns, const Real *p ) : _vs(ns), _p(_vs.nrStates(),p) {}
-
-        /// Construct Factor from VarSet and TProb<T>
+        /// Constructs TFactor depending on variables in ns, copying the values from the range starting at begin
+        /** \param ns contains the variables that the new TFactor should depend on.
+         *  \tparam Iterator Iterates over instances of type T; should support addition of size_t.
+         *  \param begin Points to first element to be added.
+         */
+        template<typename TIterator>
+        TFactor( const VarSet& ns, TIterator begin ) : _vs(ns), _p(begin, begin + _vs.nrStates(), _vs.nrStates()) {}
+
+        /// Constructs TFactor depending on variables in ns, with values set to the TProb p
TFactor( const VarSet& ns, const TProb<T>& p ) : _vs(ns), _p(p) {
#ifdef DAI_DEBUG
assert( _vs.nrStates() == _p.size() );
#endif
}

TFactor( const VarSet& ns, const TProb<T>& p ) : _vs(ns), _p(p) {
#ifdef DAI_DEBUG
assert( _vs.nrStates() == _p.size() );
#endif
}

-        /// Construct Factor from Var
+        /// Constructs TFactor depending on the variable n, with uniform distribution
TFactor( const Var& n ) : _vs(n), _p(n.states()) {}

TFactor( const Var& n ) : _vs(n), _p(n.states()) {}

-        /// Copy constructor
-        TFactor( const TFactor<T> &x ) : _vs(x._vs), _p(x._p) {}
-
-        /// Assignment operator
-        TFactor<T> & operator= (const TFactor<T> &x) {
-            if( this != &x ) {
-                _vs = x._vs;
-                _p  = x._p;
-            }
-            return *this;
-        }
-
-        /// Returns const reference to probability entries
+        /// Returns const reference to value vector
const TProb<T> & p() const { return _p; }
const TProb<T> & p() const { return _p; }
-        /// Returns reference to probability entries
+        /// Returns reference to value vector
TProb<T> & p() { return _p; }

TProb<T> & p() { return _p; }

-        /// Returns const reference to variables
+        /// Returns const reference to variable set
const VarSet & vars() const { return _vs; }

/// Returns the number of possible joint states of the variables
const VarSet & vars() const { return _vs; }

/// Returns the number of possible joint states of the variables
+        /** \note This is equal to the length of the value vector.
+         */
size_t states() const { return _p.size(); }

size_t states() const { return _p.size(); }

-        /// Returns a copy of the i'th probability value
+        /// Returns a copy of the i'th entry of the value vector
T operator[] (size_t i) const { return _p[i]; }

T operator[] (size_t i) const { return _p[i]; }

-        /// Returns a reference to the i'th probability value
+        /// Returns a reference to the i'th entry of the value vector
T& operator[] (size_t i) { return _p[i]; }
T& operator[] (size_t i) { return _p[i]; }
-
-        /// Sets all probability entries to p
+
+        /// Returns iterator pointing to first entry
+        iterator begin() { return _p.begin(); }
+        /// Returns const iterator pointing to first entry
+               const_iterator begin() const { return _p.begin(); }
+               /// Returns iterator pointing beyond last entry
+               iterator end() { return _p.end(); }
+               /// Returns const iterator pointing beyond last entry
+               const_iterator end() const { return _p.end(); }
+
+        /// Sets all values to p
TFactor<T> & fill (T p) { _p.fill( p ); return(*this); }

TFactor<T> & fill (T p) { _p.fill( p ); return(*this); }

-        /// Fills all probability entries with random values
+        /// Draws all values i.i.d. from a uniform distribution on [0,1)
TFactor<T> & randomize () { _p.randomize(); return(*this); }

TFactor<T> & randomize () { _p.randomize(); return(*this); }

-        /// Returns product of *this with x
-        TFactor<T> operator* (T x) const {
-            Factor result = *this;
-            result.p() *= x;
-            return result;
+
+        /// Multiplies *this with scalar t
+        TFactor<T>& operator*= (T t) {
+            _p *= t;
+            return *this;
}

}

-        /// Multiplies each probability entry with x
-        TFactor<T>& operator*= (T x) {
-            _p *= x;
+        /// Divides *this by scalar t
+        TFactor<T>& operator/= (T t) {
+            _p /= t;
return *this;
}

return *this;
}

-        /// Returns quotient of *this with x
-        TFactor<T> operator/ (T x) const {
-            Factor result = *this;
-            result.p() /= x;
-            return result;
+        /// Adds scalar t to *this
+        TFactor<T>& operator+= (T t) {
+            _p += t;
+            return *this;
}

}

-        /// Divides each probability entry by x
-        TFactor<T>& operator/= (T x) {
-            _p /= x;
+        /// Subtracts scalar t from *this
+        TFactor<T>& operator-= (T t) {
+            _p -= t;
return *this;
}

return *this;
}

-        /// Returns product of *this with another Factor
-        TFactor<T> operator* (const TFactor<T>& Q) const;
+        /// Raises *this to the power a
+        TFactor<T>& operator^= (Real a) { _p ^= a; return *this; }

-        /// Returns quotient of *this with another Factor
-        TFactor<T> operator/ (const TFactor<T>& Q) const;

-        /// Multiplies *this with another Factor
-        TFactor<T>& operator*= (const TFactor<T>& Q) { return( *this = (*this * Q) ); }
+        /// Returns product of *this with scalar t
+        TFactor<T> operator* (T t) const {
+            TFactor<T> result = *this;
+            result.p() *= t;
+            return result;
+        }

-        /// Divides *this by another Factor
-        TFactor<T>& operator/= (const TFactor<T>& Q) { return( *this = (*this / Q) ); }
+        /// Returns quotient of *this with scalar t
+        TFactor<T> operator/ (T t) const {
+            TFactor<T> result = *this;
+            result.p() /= t;
+            return result;
+        }

-        /// Returns sum of *this and another Factor (their vars() should be identical)
-        TFactor<T> operator+ (const TFactor<T>& Q) const {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( Q._vs == _vs );
-#endif
-            TFactor<T> sum(*this);
-            sum._p += Q._p;
-            return sum;
+        /// Returns sum of *this and scalar t
+        TFactor<T> operator+ (T t) const {
+            TFactor<T> result(*this);
+            result._p += t;
+            return result;
}

}

-        /// Returns difference of *this and another Factor (their vars() should be identical)
-        TFactor<T> operator- (const TFactor<T>& Q) const {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( Q._vs == _vs );
-#endif
-            TFactor<T> sum(*this);
-            sum._p -= Q._p;
-            return sum;
+        /// Returns *this minus scalar t
+        TFactor<T> operator- (T t) const {
+            TFactor<T> result(*this);
+            result._p -= t;
+            return result;
}

}

-        /// Adds another Factor to *this (their vars() should be identical)
-        TFactor<T>& operator+= (const TFactor<T>& Q) {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( Q._vs == _vs );
-#endif
-            _p += Q._p;
-            return *this;
+        /// Returns *this raised to the power a
+        TFactor<T> operator^ (Real a) const {
+            TFactor<T> x;
+            x._vs = _vs;
+            x._p = _p^a;
+            return x;
}

}

-        /// Subtracts another Factor from *this (their vars() should be identical)
-        TFactor<T>& operator-= (const TFactor<T>& Q) {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( Q._vs == _vs );
-#endif
-            _p -= Q._p;
+        /// Multiplies *this with the TFactor f
+        TFactor<T>& operator*= (const TFactor<T>& f) {
+            if( f._vs == _vs ) // optimize special case
+                _p *= f._p;
+            else
+                *this = (*this * f);
return *this;
}

return *this;
}

-        /// Adds scalar to *this
-        TFactor<T>& operator+= (T q) {
-            _p += q;
+        /// Divides *this by the TFactor f
+        TFactor<T>& operator/= (const TFactor<T>& f) {
+            if( f._vs == _vs ) // optimize special case
+                _p /= f._p;
+            else
+                *this = (*this / f);
return *this;
}

return *this;
}

-        /// Subtracts scalar from *this
-        TFactor<T>& operator-= (T q) {
-            _p -= q;
+        /// Returns product of *this with the TFactor f
+        /** The product of two factors is defined as follows: if
+         *  \f$f : \prod_{l\in L} X_l \to [0,\infty)\f$ and \f$g : \prod_{m\in M} X_m \to [0,\infty)\f$, then
+         *  \f[fg : \prod_{l\in L\cup M} X_l \to [0,\infty) : x \mapsto f(x_L) g(x_M).\f]
+         */
+        TFactor<T> operator* (const TFactor<T>& f) const;
+
+        /// Returns quotient of *this by the TFactor f
+        /** The quotient of two factors is defined as follows: if
+         *  \f$f : \prod_{l\in L} X_l \to [0,\infty)\f$ and \f$g : \prod_{m\in M} X_m \to [0,\infty)\f$, then
+         *  \f[\frac{f}{g} : \prod_{l\in L\cup M} X_l \to [0,\infty) : x \mapsto \frac{f(x_L)}{g(x_M)}.\f]
+         */
+        TFactor<T> operator/ (const TFactor<T>& f) const;
+
+        /// Adds the TFactor f to *this
+        /** \pre this->vars() == f.vars()
+         */
+        TFactor<T>& operator+= (const TFactor<T>& f) {
+#ifdef DAI_DEBUG
+            assert( f._vs == _vs );
+#endif
+            _p += f._p;
return *this;
}

return *this;
}

-        /// Returns sum of *this and a scalar
-        TFactor<T> operator+ (T q) const {
-            TFactor<T> result(*this);
-            result._p += q;
-            return result;
+        /// Subtracts the TFactor f from *this
+        /** \pre this->vars() == f.vars()
+         */
+        TFactor<T>& operator-= (const TFactor<T>& f) {
+#ifdef DAI_DEBUG
+            assert( f._vs == _vs );
+#endif
+            _p -= f._p;
+            return *this;
}

}

-        /// Returns difference of *this with a scalar
-        TFactor<T> operator- (T q) const {
-            TFactor<T> result(*this);
-            result._p -= q;
-            return result;
+        /// Returns sum of *this and the TFactor f
+        /** \pre this->vars() == f.vars()
+         */
+        TFactor<T> operator+ (const TFactor<T>& f) const {
+#ifdef DAI_DEBUG
+            assert( f._vs == _vs );
+#endif
+            TFactor<T> sum(*this);
+            sum._p += f._p;
+            return sum;
}

}

-        /// Returns *this raised to some power
-        TFactor<T> operator^ (Real a) const { TFactor<T> x; x._vs = _vs; x._p = _p^a; return x; }
+        /// Returns *this minus the TFactor f
+        /** \pre this->vars() == f.vars()
+         */
+        TFactor<T> operator- (const TFactor<T>& f) const {
+#ifdef DAI_DEBUG
+            assert( f._vs == _vs );
+#endif
+            TFactor<T> sum(*this);
+            sum._p -= f._p;
+            return sum;
+        }

-        /// Raises *this to some power
-        TFactor<T>& operator^= (Real a) { _p ^= a; return *this; }

-        /// Sets all entries that are smaller than epsilon to zero
-        TFactor<T>& makeZero( Real epsilon ) {
+        /// Sets all values that are smaller than epsilon to 0
+        TFactor<T>& makeZero( T epsilon ) {
_p.makeZero( epsilon );
return *this;
}

_p.makeZero( epsilon );
return *this;
}

-        /// Sets all entries that are smaller than epsilon to epsilon
-        TFactor<T>& makePositive( Real epsilon ) {
+        /// Sets all values that are smaller than epsilon to epsilon
+        TFactor<T>& makePositive( T epsilon ) {
_p.makePositive( epsilon );
return *this;
}

_p.makePositive( epsilon );
return *this;
}

-        /// Returns inverse of *this
-        TFactor<T> inverse() const {
+        /// Returns pointwise inverse of *this.
+        /** If zero == true, uses 1 / 0 == 0; otherwise 1 / 0 == Inf.
+         */
+        TFactor<T> inverse(bool zero=true) const {
TFactor<T> inv;
inv._vs = _vs;
TFactor<T> inv;
inv._vs = _vs;
-            inv._p = _p.inverse(true);  // FIXME
+            inv._p = _p.inverse(zero);
return inv;
}

return inv;
}

-        /// Returns *this divided by another Factor
-        TFactor<T> divided_by( const TFactor<T>& denom ) const {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( denom._vs == _vs );
-#endif
-            TFactor<T> quot(*this);
-            quot._p /= denom._p;
-            return quot;
-        }
-
-        /// Divides *this by another Factor
-        TFactor<T>& divide( const TFactor<T>& denom ) {
-#ifdef DAI_DEBUG
-            assert( denom._vs == _vs );
-#endif
-            _p /= denom._p;
-            return *this;
-        }
-
-        /// Returns exp of *this
+        /// Returns pointwise exp of *this
TFactor<T> exp() const {
TFactor<T> e;
e._vs = _vs;
TFactor<T> exp() const {
TFactor<T> e;
e._vs = _vs;
@@ -280,140 +313,156 @@ template <typename T> class TFactor {
return e;
}

return e;
}

-        /// Returns absolute value of *this
-        TFactor<T> abs() const {
-            TFactor<T> e;
-            e._vs = _vs;
-            e._p = _p.abs();
-            return e;
-        }
-
-        /// Returns logarithm of *this
-        TFactor<T> log() const {
+        /// Returns pointwise logarithm of *this
+        /** If zero==true, uses log(0)==0; otherwise, log(0)=-Inf.
+         */
+        TFactor<T> log(bool zero=false) const {
TFactor<T> l;
l._vs = _vs;
TFactor<T> l;
l._vs = _vs;
-            l._p = _p.log();
+            l._p = _p.log(zero);
return l;
}

return l;
}

-        /// Returns logarithm of *this (defining log(0)=0)
-        TFactor<T> log0() const {
-            TFactor<T> l0
-            l0._vs = _vs;
-            l0._p = _p.log0();
-            return l0
+        /// Returns pointwise absolute value of *this
+        TFactor<T> abs() const {
+            TFactor<T> e
+            e._vs = _vs;
+            e._p = _p.abs();
+            return e
}

}

-        /// Normalizes *this Factor
-        T normalize( typename Prob::NormType norm = Prob::NORMPROB ) { return _p.normalize( norm ); }
+        /// Normalizes *this TFactor according to the specified norm
+        T normalize( typename Prob::NormType norm=Prob::NORMPROB ) { return _p.normalize( norm ); }

-        /// Returns a normalized copy of *this
-        TFactor<T> normalized( typename Prob::NormType norm = Prob::NORMPROB ) const {
+        /// Returns a normalized copy of *this, according to the specified norm
+        TFactor<T> normalized( typename Prob::NormType norm=Prob::NORMPROB ) const {
TFactor<T> result;
result._vs = _vs;
result._p = _p.normalized( norm );
return result;
}

TFactor<T> result;
result._vs = _vs;
result._p = _p.normalized( norm );
return result;
}

-        /// Returns a slice of this factor, where the subset ns is in state ns_state
-        Factor slice( const VarSet & ns, size_t ns_state ) const {
+        /// Returns a slice of this TFactor, where the subset ns is in state nsState
+        /** \pre \a ns sould be a subset of vars()
+         *  \pre \a nsState < ns.states()
+         *
+         *  The result is a TFactor that depends on the variables in this->vars() except those in \a ns,
+         *  obtained by setting the variables in \a ns to the joint state specified by the linear index
+         *  \a nsState. Formally, if *this corresponds with the factor \f$f : \prod_{l\in L} X_l \to [0,\infty)\f$,
+         *  \f$M \subset L\f$ corresponds with \a ns and \a nsState corresponds with a mapping \f$s\f$ that
+         *  maps a variable \f$x_m\f$ with \f$m\in M\f$ to its state \f$s(x_m) \in X_m\f$, then the slice
+         *  returned corresponds with the factor \f$g : \prod_{l \in L \setminus M} X_l \to [0,\infty)\f$
+         *  defined by \f$g(\{x_l\}_{l\in L \setminus M}) = f(\{x_l\}_{l\in L \setminus M}, \{s(x_m)\}_{m\in M})\f$.
+         */
+        TFactor<T> slice( const VarSet& ns, size_t nsState ) const {
assert( ns << _vs );
VarSet nsrem = _vs / ns;
assert( ns << _vs );
VarSet nsrem = _vs / ns;
-            Factor result( nsrem, 0.0 );
+            TFactor<T> result( nsrem, T(0) );

// OPTIMIZE ME
IndexFor i_ns (ns, _vs);
IndexFor i_nsrem (nsrem, _vs);
for( size_t i = 0; i < states(); i++, ++i_ns, ++i_nsrem )

// OPTIMIZE ME
IndexFor i_ns (ns, _vs);
IndexFor i_nsrem (nsrem, _vs);
for( size_t i = 0; i < states(); i++, ++i_ns, ++i_nsrem )
-                if( (size_t)i_ns == ns_state )
+                if( (size_t)i_ns == nsState )
result._p[i_nsrem] = _p[i];

return result;
}

result._p[i_nsrem] = _p[i];

return result;
}

-        /// Returns unnormalized marginal; ns should be a subset of vars()
-        TFactor<T> partSum(const VarSet & ns) const;
-
-        /// Returns (normalized by default) marginal; ns should be a subset of vars()
-        TFactor<T> marginal(const VarSet & ns, bool normed = true) const { if(normed) return partSum(ns).normalized(); else return partSum(ns); }
-
-        /// Sums out all variables except those in ns
-        TFactor<T> notSum(const VarSet & ns) const { return partSum(vars() ^ ns); }
+        /// Returns marginal on ns, obtained by summing out all variables except those in ns, and normalizing the result if normed==true
+        TFactor<T> marginal(const VarSet & ns, bool normed=true) const;

/// Embeds this factor in a larger VarSet

/// Embeds this factor in a larger VarSet
+        /** \pre vars() should be a subset of ns
+         *
+         *  If *this corresponds with \f$f : \prod_{l\in L} X_l \to [0,\infty)\f$ and \f$L \subset M\f$, then
+         *  the embedded factor corresponds with \f$g : \prod_{m\in M} X_m \to [0,\infty) : x \mapsto f(x_L)\f$.
+         */
TFactor<T> embed(const VarSet & ns) const {
TFactor<T> embed(const VarSet & ns) const {
-            VarSet vs = vars();
-            assert( ns >> vs );
-            if( vs == ns )
+            assert( ns >> _vs );
+            if( _vs == ns )
return *this;
else
return *this;
else
-                return (*this) * Factor(ns / vs, 1.0);
+                return (*this) * TFactor<T>(ns / _vs, 1);
}

}

-        /// Returns true if *this has NANs
+        /// Returns true if *this has NaN values
bool hasNaNs() const { return _p.hasNaNs(); }

bool hasNaNs() const { return _p.hasNaNs(); }

-        /// Returns true if *this has negative entries
+        /// Returns true if *this has negative values
bool hasNegatives() const { return _p.hasNegatives(); }

bool hasNegatives() const { return _p.hasNegatives(); }

-        /// Returns total sum of probability entries
-        T totalSum() const { return _p.totalSum(); }
+        /// Returns total sum of values
+        T sum() const { return _p.sum(); }

-        /// Returns maximum absolute value of probability entries
+        /// Returns maximum absolute value
T maxAbs() const { return _p.maxAbs(); }

T maxAbs() const { return _p.maxAbs(); }

-        /// Returns maximum value of probability entries
-        T maxVal() const { return _p.maxVal(); }
+        /// Returns maximum value
+        T max() const { return _p.max(); }

-        /// Returns minimum value of probability entries
-        T minVal() const { return _p.minVal(); }
+        /// Returns minimum value
+        T min() const { return _p.min(); }

-        /// Returns entropy of *this
+        /// Returns entropy of *this TFactor
Real entropy() const { return _p.entropy(); }

Real entropy() const { return _p.entropy(); }

-        /// Returns strength of *this, between variables i and j, using (52) of [\ref MoK07b]
+        /// Returns strength of *this TFactor (between variables i and j), as defined in eq. (52) of [\ref MoK07b]
T strength( const Var &i, const Var &j ) const;
};

T strength( const Var &i, const Var &j ) const;
};

-template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::partSum(const VarSet & ns) const {
-#ifdef DAI_DEBUG
-    assert( ns << _vs );
-#endif
+template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::marginal(const VarSet & ns, bool normed) const {
+    VarSet res_ns = ns & _vs;

-    TFactor<T> res( ns, 0.0 );
+    TFactor<T> res( res_ns, 0.0 );

-    IndexFor i_res( ns, _vs );
+    IndexFor i_res( res_ns, _vs );
for( size_t i = 0; i < _p.size(); i++, ++i_res )
res._p[i_res] += _p[i];

for( size_t i = 0; i < _p.size(); i++, ++i_res )
res._p[i_res] += _p[i];

+    if( normed )
+        res.normalize( Prob::NORMPROB );
+
return res;
}

return res;
}

-template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::operator* (const TFactor<T>& Q) const {
-    TFactor<T> prod( _vs | Q._vs, 0.0 );
+template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::operator* (const TFactor<T>& f) const {
+    if( f._vs == _vs ) { // optimizate special case
+        TFactor<T> prod(*this);
+        prod._p *= f._p;
+        return prod;
+    } else {
+        TFactor<T> prod( _vs | f._vs, 0.0 );

-    IndexFor i1(_vs, prod._vs);
-    IndexFor i2(Q._vs, prod._vs);
+        IndexFor i1(_vs, prod._vs);
+        IndexFor i2(f._vs, prod._vs);

-    for( size_t i = 0; i < prod._p.size(); i++, ++i1, ++i2 )
-        prod._p[i] += _p[i1] * Q._p[i2];
+        for( size_t i = 0; i < prod._p.size(); i++, ++i1, ++i2 )
+            prod._p[i] += _p[i1] * f._p[i2];

-    return prod;
+        return prod;
+    }
}

}

-template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::operator/ (const TFactor<T>& Q) const {
-    TFactor<T> quot( _vs + Q._vs, 0.0 );
+template<typename T> TFactor<T> TFactor<T>::operator/ (const TFactor<T>& f) const {
+    if( f._vs == _vs ) { // optimizate special case
+        TFactor<T> quot(*this);
+        quot._p /= f._p;
+        return quot;
+    } else {
+        TFactor<T> quot( _vs | f._vs, 0.0 );

-    IndexFor i1(_vs, quot._vs);
-    IndexFor i2(Q._vs, quot._vs);
+        IndexFor i1(_vs, quot._vs);
+        IndexFor i2(f._vs, quot._vs);

-    for( size_t i = 0; i < quot._p.size(); i++, ++i1, ++i2 )
-        quot._p[i] += _p[i1] / Q._p[i2];
+        for( size_t i = 0; i < quot._p.size(); i++, ++i1, ++i2 )
+            quot._p[i] += _p[i1] / f._p[i2];

-    return quot;
+        return quot;
+    }
}

}

@@ -437,8 +486,8 @@ template<typename T> T TFactor<T>::strength( const Var &i, const Var &j ) const
bs = i.states();
else
as = j.states();
bs = i.states();
else
as = j.states();
-                            T f1 = slice( ij, alpha1 * as + beta1 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha2 * as + beta1 * bs ).p() ).maxVal();
-                            T f2 = slice( ij, alpha2 * as + beta2 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha1 * as + beta2 * bs ).p() ).maxVal();
+                            T f1 = slice( ij, alpha1 * as + beta1 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha2 * as + beta1 * bs ).p() ).max();
+                            T f2 = slice( ij, alpha2 * as + beta2 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha1 * as + beta2 * bs ).p() ).max();
T f = f1 * f2;
if( f > max )
max = f;
T f = f1 * f2;
if( f > max )
max = f;
@@ -448,53 +497,71 @@ template<typename T> T TFactor<T>::strength( const Var &i, const Var &j ) const
}

}

-/// Writes a Factor to an output stream
+/// Writes a TFactor to an output stream
+/** \relates TFactor
+ */
template<typename T> std::ostream& operator<< (std::ostream& os, const TFactor<T>& P) {
template<typename T> std::ostream& operator<< (std::ostream& os, const TFactor<T>& P) {
-    os << "(" << P.vars() << " <";
+    os << "(" << P.vars() << ", (";
for( size_t i = 0; i < P.states(); i++ )
for( size_t i = 0; i < P.states(); i++ )
-        os << P[i] << " ";
-    os << ">)";
+        os << (i == 0 ? "" : ", ") << P[i];
+    os << "))";
return os;
}

return os;
}

-/// Returns distance between two Factors (with identical vars())
-template<typename T> Real dist( const TFactor<T> & x, const TFactor<T> & y, Prob::DistType dt ) {
-    if( x.vars().empty() || y.vars().empty() )
+/// Returns distance between two TFactors f and g, according to the distance measure dt
+/** \relates TFactor
+ *  \pre f.vars() == g.vars()
+ */
+template<typename T> Real dist( const TFactor<T> &f, const TFactor<T> &g, Prob::DistType dt ) {
+    if( f.vars().empty() || g.vars().empty() )
return -1;
else {
#ifdef DAI_DEBUG
return -1;
else {
#ifdef DAI_DEBUG
-        assert( x.vars() == y.vars() );
+        assert( f.vars() == g.vars() );
#endif
#endif
-        return dist( x.p(), y.p(), dt );
+        return dist( f.p(), g.p(), dt );
}
}

}
}

-/// Returns the pointwise maximum of two Factors
-template<typename T> TFactor<T> max( const TFactor<T> & P, const TFactor<T> & Q ) {
-    assert( P._vs == Q._vs );
-    return TFactor<T>( P._vs, min( P.p(), Q.p() ) );
+/// Returns the pointwise maximum of two TFactors
+/** \relates TFactor
+ *  \pre f.vars() == g.vars()
+ */
+template<typename T> TFactor<T> max( const TFactor<T> &f, const TFactor<T> &g ) {
+    assert( f._vs == g._vs );
+    return TFactor<T>( f._vs, min( f.p(), g.p() ) );
}

}

-/// Returns the pointwise minimum of two Factors
-template<typename T> TFactor<T> min( const TFactor<T> & P, const TFactor<T> & Q ) {
-    assert( P._vs == Q._vs );
-    return TFactor<T>( P._vs, max( P.p(), Q.p() ) );
+/// Returns the pointwise minimum of two TFactors
+/** \relates TFactor
+ *  \pre f.vars() == g.vars()
+ */
+template<typename T> TFactor<T> min( const TFactor<T> &f, const TFactor<T> &g ) {
+    assert( f._vs == g._vs );
+    return TFactor<T>( f._vs, max( f.p(), g.p() ) );
}

}

-/// Calculates the mutual information between the two variables in P
-template<typename T> Real MutualInfo(const TFactor<T> & P) {
-    assert( P.vars().size() == 2 );
-    VarSet::const_iterator it = P.vars().begin();
+/// Calculates the mutual information between the two variables that f depends on, under the distribution given by f
+/** \relates TFactor
+ *  \pre f.vars().size() == 2
+ */
+template<typename T> Real MutualInfo(const TFactor<T> &f) {
+    assert( f.vars().size() == 2 );
+    VarSet::const_iterator it = f.vars().begin();
Var i = *it; it++; Var j = *it;
Var i = *it; it++; Var j = *it;
-    TFactor<T> projection = P.marginal(i) * P.marginal(j);
-    return real( dist( P.normalized(), projection, Prob::DISTKL ) );
+    TFactor<T> projection = f.marginal(i) * f.marginal(j);
+    return real( dist( f.normalized(), projection, Prob::DISTKL ) );
}

}

+/// Represents a factor with values of type Real.
+typedef TFactor<Real> Factor;
+
+
} // end of namespace dai

} // end of namespace dai