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/// \file

/// \file
-/// \brief Defines class JTree
-/// \todo Improve documentation
+/// \brief Defines class JTree, which implements the junction tree algorithm

#ifndef __defined_libdai_jtree_h

#ifndef __defined_libdai_jtree_h
@@ -34,105 +33,183 @@ namespace dai {

/// Exact inference algorithm using junction tree

/// Exact inference algorithm using junction tree
+/** The junction tree algorithm uses message passing on a junction tree to calculate
+ *  exact marginal probability distributions ("beliefs") for specified cliques
+ *  (outer regions) and separators (intersections of pairs of cliques).
+ *
+ *  There are two variants, the sum-product algorithm (corresponding to
+ *  finite temperature) and the max-product algorithm (corresponding to
+ *  zero temperature).
+ */
class JTree : public DAIAlgRG {
private:
class JTree : public DAIAlgRG {
private:
+        /// Stores the messages
std::vector<std::vector<Factor> >  _mes;
std::vector<std::vector<Factor> >  _mes;
-        double               _logZ;
+
+        /// Stores the logarithm of the partition sum
+        Real _logZ;

public:

public:
-        /// Rooted tree
-        DEdgeVec             RTree;
+        /// The junction tree (stored as a rooted tree)
+        RootedTree RTree;

/// Outer region beliefs

/// Outer region beliefs
-        std::vector<Factor>  Qa;
+        std::vector<Factor> Qa;

/// Inner region beliefs

/// Inner region beliefs
-        std::vector<Factor>  Qb;
+        std::vector<Factor> Qb;

-        /// Parameters of this inference algorithm
+        /// Parameters for JTree
struct Properties {
/// Enumeration of possible JTree updates
struct Properties {
/// Enumeration of possible JTree updates
+            /** There are two types of updates:
+             *  - HUGIN similar to those in HUGIN
+             *  - SHSH Shafer-Shenoy type
+             */
DAI_ENUM(UpdateType,HUGIN,SHSH);

/// Enumeration of inference variants
DAI_ENUM(UpdateType,HUGIN,SHSH);

/// Enumeration of inference variants
+            /** There are two inference variants:
+             *  - SUMPROD Sum-Product
+             *  - MAXPROD Max-Product (equivalent to Min-Sum)
+             */
DAI_ENUM(InfType,SUMPROD,MAXPROD);

DAI_ENUM(InfType,SUMPROD,MAXPROD);

-            /// Verbosity
+            /// Enumeration of elimination cost functions used for constructing the junction tree
+            /** The cost of eliminating a variable can be (\see [\ref KoF09], page 314)):
+             *  - MINNEIGHBORS the number of neighbors it has in the current adjacency graph;
+             *  - MINWEIGHT the product of the number of states of all neighbors in the current adjacency graph;
+             *  - MINFILL the number of edges that need to be added to the adjacency graph due to the elimination;
+             *  - WEIGHTEDMINFILL the sum of weights of the edges that need to be added to the adjacency graph
+             *    due to the elimination, where a weight of an edge is the produt of weights of its constituent
+             *    vertices.
+             *  The elimination sequence is chosen greedily in order to minimize the cost.
+             */
+            DAI_ENUM(HeuristicType,MINNEIGHBORS,MINWEIGHT,MINFILL,WEIGHTEDMINFILL);
+
+            /// Verbosity (amount of output sent to stderr)
size_t verbose;

size_t verbose;

-            /// Type of inference: sum-product or max-product?
+            /// Type of inference
InfType inference;
InfType inference;
+
+            /// Heuristic to use for constructing the junction tree
+            HeuristicType heuristic;
+
+            /// Maximum memory to use in bytes (0 means unlimited)
+            size_t maxmem;
} props;

/// Name of this inference algorithm
static const char *Name;

public:
} props;

/// Name of this inference algorithm
static const char *Name;

public:
+    /// \name Constructors/destructors
+    //@{
/// Default constructor
JTree() : DAIAlgRG(), _mes(), _logZ(), RTree(), Qa(), Qb(), props() {}

/// Default constructor
JTree() : DAIAlgRG(), _mes(), _logZ(), RTree(), Qa(), Qb(), props() {}

-        /// Construct from FactorGraph fg and PropertySet opts
+        /// Construct from FactorGraph \a fg and PropertySet \a opts
+        /** \param fg factor graph
+         ** \param opts Parameters @see Properties
+         *  \param automatic if \c true, construct the junction tree automatically, using the heuristic in opts['heuristic'].
+         */
JTree( const FactorGraph &fg, const PropertySet &opts, bool automatic=true );
JTree( const FactorGraph &fg, const PropertySet &opts, bool automatic=true );
+    //@}

-        /// @name General InfAlg interface
-        //@{
+    /// \name General InfAlg interface
+    //@{
virtual JTree* clone() const { return new JTree(*this); }
virtual std::string identify() const;
virtual JTree* clone() const { return new JTree(*this); }
virtual std::string identify() const;
-        virtual Factor belief( const Var &n ) const;
-        virtual Factor belief( const VarSet &ns ) const;
+        virtual Factor belief( const VarSet &vs ) const;
virtual std::vector<Factor> beliefs() const;
virtual Real logZ() const;
virtual void init() {}
virtual void init( const VarSet &/*ns*/ ) {}
virtual std::vector<Factor> beliefs() const;
virtual Real logZ() const;
virtual void init() {}
virtual void init( const VarSet &/*ns*/ ) {}
-        virtual double run();
-        virtual double maxDiff() const { return 0.0; }
+        virtual Real run();
+        virtual Real maxDiff() const { return 0.0; }
virtual size_t Iterations() const { return 1UL; }
virtual size_t Iterations() const { return 1UL; }
-        //@}
-
+        virtual void setProperties( const PropertySet &opts );
+        virtual PropertySet getProperties() const;
+        virtual std::string printProperties() const;
+    //@}
+
+
+    /// \name Additional interface specific for JTree
+    //@{
+        /// Constructs a junction tree based on the cliques \a cl (corresponding to some elimination sequence).
+        /** First, constructs a weighted graph, where the nodes are the elements of \a cl, and
+         *  each edge is weighted with the cardinality of the intersection of the state spaces of the nodes.
+         *  Then, a maximal spanning tree for this weighted graph is calculated.
+         *  Subsequently, a corresponding region graph is built:
+         *    - the outer regions correspond with the cliques and have counting number 1;
+         *    - the inner regions correspond with the seperators, i.e., the intersections of two
+         *      cliques that are neighbors in the spanning tree, and have counting number -1
+         *      (except empty ones, which have counting number 0);
+         *    - inner and outer regions are connected by an edge if the inner region is a
+         *      seperator for the outer region.
+         *  Finally, Beliefs are constructed.
+         *  If \a verify == \c true, checks whether each factor is subsumed by a clique.
+         */
+        void construct( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl, bool verify=false );

-        /// @name Additional interface specific for JTree
-        //@{
-        void GenerateJT( const std::vector<VarSet> &Cliques );
+        /// Constructs a junction tree based on the cliques \a cl (corresponding to some elimination sequence).
+        /** Invokes construct() and then constructs messages.
+         *  \see construct()
+         */
+        void GenerateJT( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl );

-        /// Returns reference the message from outer region alpha to its _beta'th neighboring inner region
-        Factor & message( size_t alpha, size_t _beta ) { return _mes[alpha][_beta]; }
-        /// Returns const reference to the message from outer region alpha to its _beta'th neighboring inner region
+        /// Returns constant reference to the message from outer region \a alpha to its \a _beta 'th neighboring inner region
const Factor & message( size_t alpha, size_t _beta ) const { return _mes[alpha][_beta]; }
const Factor & message( size_t alpha, size_t _beta ) const { return _mes[alpha][_beta]; }
+        /// Returns reference to the message from outer region \a alpha to its \a _beta 'th neighboring inner region
+        Factor & message( size_t alpha, size_t _beta ) { return _mes[alpha][_beta]; }

-        /// Runs junction-tree with HUGIN updates
+        /// Runs junction tree algorithm using HUGIN (message-free) updates
+        /** \note The initial messages may be arbitrary; actually they are not used at all.
+         */
void runHUGIN();

void runHUGIN();

-        /// Runs junction-tree with Shafer-Shenoy updates
+        /// Runs junction tree algorithm using Shafer-Shenoy updates
+        /** \note The initial messages may be arbitrary.
+         */
void runShaferShenoy();

void runShaferShenoy();

-        /// Finds an efficient tree for calculating the marginal of some variables
-        size_t findEfficientTree( const VarSet& ns, DEdgeVec &Tree, size_t PreviousRoot=(size_t)-1 ) const;
+        /// Finds an efficient subtree for calculating the marginal of the variables in \a vs
+        /** First, the current junction tree is reordered such that it gets as root the clique
+         *  that has maximal state space overlap with \a vs. Then, the minimal subtree
+         *  (starting from the root) is identified that contains all the variables in \a vs
+         *  and also the outer region with index \a PreviousRoot (if specified). Finally,
+         *  the current junction tree is reordered such that this minimal subtree comes
+         *  before the other edges, and the size of the minimal subtree is returned.
+         */
+        size_t findEfficientTree( const VarSet& vs, RootedTree &Tree, size_t PreviousRoot=(size_t)-1 ) const;

-        /// Calculates the marginal of a set of variables
-        Factor calcMarginal( const VarSet& ns );
+        /// Calculates the marginal of a set of variables (using cutset conditioning, if necessary)
+        /** \pre assumes that run() has been called already
+         */
+        Factor calcMarginal( const VarSet& vs );

/// Calculates the joint state of all variables that has maximum probability

/// Calculates the joint state of all variables that has maximum probability
-        /** Assumes that run() has been called and that props.inference == MAXPROD
+        /** \pre Assumes that run() has been called and that \a props.inference == \c MAXPROD
*/
std::vector<std::size_t> findMaximum() const;
*/
std::vector<std::size_t> findMaximum() const;
-        //@}
-
-    private:
-        void setProperties( const PropertySet &opts );
-        PropertySet getProperties() const;
-        std::string printProperties() const;
+    //@}
};

};

-/// Calculates upper bound to the treewidth of a FactorGraph
+/// Calculates upper bound to the treewidth of a FactorGraph, using the specified heuristic
/** \relates JTree
/** \relates JTree
+ *  \param fg the factor graph for which the treewidth should be bounded
+ *  \param fn the heuristic cost function used for greedy variable elimination
+ *  \param maxStates maximum total number of states in outer regions of junction tree (0 means no limit)
+ *  \throws OUT_OF_MEMORY if the total number of states becomes larger than maxStates
*  \return a pair (number of variables in largest clique, number of states in largest clique)
*/
*  \return a pair (number of variables in largest clique, number of states in largest clique)
*/
-std::pair<size_t,size_t> treewidth( const FactorGraph & fg );
+std::pair<size_t,long double> boundTreewidth( const FactorGraph &fg, greedyVariableElimination::eliminationCostFunction fn, size_t maxStates=0 );

} // end of namespace dai

} // end of namespace dai