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[libdai.git] / include / dai / weightedgraph.h
index 40ef21d..edb1422 100644 (file)
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-/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
-
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-*/
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+ *
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
+ *
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
+ */
 
 
 /** \file
- *  \brief Defines some utility functions for weighted graphs
- *  \todo Improve documentation
- *  \todo Improve general support for graphs and trees.
+ *  \brief Defines some utility functions for (weighted) undirected graphs, trees and rooted trees.
+ *  \todo Improve general support for graphs and trees (in particular, a good tree implementation is needed).
  */
 
 
 #include <map>
 #include <iostream>
 #include <set>
-#include <cassert>
 #include <limits>
+#include <climits>   // Work-around for bug in boost graph library
+#include <dai/util.h>
+#include <dai/exceptions.h>
+#include <dai/graph.h>
 
 #include <boost/graph/adjacency_list.hpp>
 #include <boost/graph/prim_minimum_spanning_tree.hpp>
+#include <boost/graph/kruskal_min_spanning_tree.hpp>
 
 
 namespace dai {
 
 
-/// Represents a directed edge pointing from n1 to n2
+/// Represents a directed edge
 class DEdge {
     public:
-        size_t n1;  ///< First node index
-        size_t n2;  ///< Second node index
-    
+        /// First node index (source of edge)
+        size_t first;
+
+        /// Second node index (target of edge)
+        size_t second;
+
         /// Default constructor
-        DEdge() {}
+        DEdge() : first(0), second(0) {}
 
-        /// Constructor
-        DEdge( size_t m1, size_t m2 ) : n1(m1), n2(m2) {}
+        /// Constructs a directed edge pointing from \a m1 to \a m2
+        DEdge( size_t m1, size_t m2 ) : first(m1), second(m2) {}
 
         /// Tests for equality
-        bool operator==( const DEdge &x ) const { return ((n1 == x.n1) && (n2 == x.n2)); }
-
-        /// Tests for inequality
-        bool operator!=( const DEdge &x ) const { return !(*this == x); }
+        bool operator==( const DEdge &x ) const { return ((first == x.first) && (second == x.second)); }
 
         /// Smaller-than operator (performs lexicographical comparison)
         bool operator<( const DEdge &x ) const {
-            return( (n1 < x.n1) || ((n1 == x.n1) && (n2 < x.n2)) );
+            return( (first < x.first) || ((first == x.first) && (second < x.second)) );
         }
 
-        /// Writes a DEdge to an output stream
+        /// Writes a directed edge to an output stream
         friend std::ostream & operator << (std::ostream & os, const DEdge & e) {
-            os << "(" << e.n1 << "," << e.n2 << ")";
+            os << "(" << e.first << "->" << e.second << ")";
             return os;
         }
 };
 
 
-/// Undirected edge between nodes n1 and n2
+/// Represents an undirected edge
 class UEdge {
     public:
-        size_t  n1;  ///< First node index
-        size_t  n2;  ///< Second node index
-    
+        /// First node index
+        size_t first;
+
+        /// Second node index
+        size_t second;
+
         /// Default constructor
-        UEdge() {}
+        UEdge() : first(0), second(0) {}
 
-        /// Constructor
-        UEdge( size_t m1, size_t m2 ) : n1(m1), n2(m2) {}
+        /// Constructs an undirected edge between \a m1 and \a m2
+        UEdge( size_t m1, size_t m2 ) : first(m1), second(m2) {}
 
         /// Construct from DEdge
-        UEdge( const DEdge & e ) : n1(e.n1), n2(e.n2) {}
+        UEdge( const DEdge &e ) : first(e.first), second(e.second) {}
 
-        /// Tests for inequality (disregarding the ordering of n1 and n2)
+        /// Tests for inequality (disregarding the ordering of the nodes)
         bool operator==( const UEdge &x ) {
-            return ((n1 == x.n1) && (n2 == x.n2)) || ((n1 == x.n2) && (n2 == x.n1));
+            return ((first == x.first) && (second == x.second)) || ((first == x.second) && (second == x.first));
         }
 
         /// Smaller-than operator
         bool operator<( const UEdge &x ) const {
-            size_t s = n1, l = n2;
-            if( s > l )
-                std::swap( s, l );
-            size_t xs = x.n1, xl = x.n2;
-            if( xs > xl )
-                std::swap( xs, xl );
+            size_t s = std::min( first, second );
+            size_t l = std::max( first, second );
+            size_t xs = std::min( x.first, x.second );
+            size_t xl = std::max( x.first, x.second );
             return( (s < xs) || ((s == xs) && (l < xl)) );
         }
 
-        /// Writes a UEdge to an output stream
+        /// Writes an undirected edge to an output stream
         friend std::ostream & operator << (std::ostream & os, const UEdge & e) {
-            if( e.n1 < e.n2 )
-                os << "{" << e.n1 << "," << e.n2 << "}";
+            if( e.first < e.second )
+                os << "{" << e.first << "--" << e.second << "}";
             else
-                os << "{" << e.n2 << "," << e.n1 << "}";
+                os << "{" << e.second << "--" << e.first << "}";
             return os;
         }
 };
 
 
-/// Vector of UEdge
-typedef std::vector<UEdge>  UEdgeVec;
+/// Represents an undirected graph, implemented as a std::set of undirected edges
+class GraphEL : public std::set<UEdge> {
+    public:
+        /// Default constructor
+        GraphEL() {}
+
+        /// Construct from range of objects that can be cast to UEdge
+        template <class InputIterator>
+        GraphEL( InputIterator begin, InputIterator end ) {
+            insert( begin, end );
+        }
+
+        /// Construct from GraphAL
+        GraphEL( const GraphAL& G ) {
+            for( size_t n1 = 0; n1 < G.nrNodes(); n1++ )
+                foreach( const Neighbor n2, G.nb(n1) )
+                    if( n1 < n2 )
+                        insert( UEdge( n1, n2 ) );
+        }
+};
 
-/// Vector of DEdge
-typedef std::vector<DEdge>  DEdgeVec;
 
-/// Represents an undirected weighted graph, with weights of type T
+/// Represents an undirected weighted graph, with weights of type \a T, implemented as a std::map mapping undirected edges to weights
 template<class T> class WeightedGraph : public std::map<UEdge, T> {};
 
-/// Represents an undirected graph
-typedef std::set<UEdge>     Graph;
+
+/// Represents a rooted tree, implemented as a vector of directed edges
+/** By convention, the edges are stored such that they point away from 
+ *  the root and such that edges nearer to the root come before edges
+ *  farther away from the root.
+ */
+class RootedTree : public std::vector<DEdge> {
+    public:
+        /// Default constructor
+        RootedTree() {}
+
+        /// Constructs a rooted tree from a tree and a root
+        /** \pre T has no cycles and contains node \a Root
+         */
+        RootedTree( const GraphEL &T, size_t Root );
+};
 
 
-/// Uses Prim's algorithm to construct a minimal spanning tree from the (positively) weighted graph G.
-/** Uses implementation in Boost Graph Library.
+/// Constructs a minimum spanning tree from the (non-negatively) weighted graph \a G.
+/** \param G Weighted graph that should have non-negative weights.
+ *  \param usePrim If true, use Prim's algorithm (complexity O(E log(V))), otherwise, use Kruskal's algorithm (complexity O(E log(E))).
+ *  \note Uses implementation from Boost Graph Library.
+ *  \note The vertices of \a G must be in the range [0,N) where N is the number of vertices of \a G.
  */
-template<typename T> DEdgeVec MinSpanningTreePrims( const WeightedGraph<T> &G ) {
-    DEdgeVec result;
+template<typename T> RootedTree MinSpanningTree( const WeightedGraph<T> &G, bool usePrim ) {
+    RootedTree result;
     if( G.size() > 0 ) {
         using namespace boost;
         using namespace std;
-        typedef adjacency_list< vecS, vecS, undirectedS, property<vertex_distance_t, int>, property<edge_weight_t, double> > boostGraph;
-        typedef pair<size_t, size_t> E;
+        typedef adjacency_list< vecS, vecS, undirectedS, no_property, property<edge_weight_t, double> > boostGraph;
 
         set<size_t> nodes;
-        vector<E> edges;
+        vector<UEdge> edges;
         vector<double> weights;
         edges.reserve( G.size() );
         weights.reserve( G.size() );
         for( typename WeightedGraph<T>::const_iterator e = G.begin(); e != G.end(); e++ ) {
             weights.push_back( e->second );
-            edges.push_back( E( e->first.n1, e->first.n2 ) );
-            nodes.insert( e->first.n1 );
-            nodes.insert( e->first.n2 );
+            edges.push_back( e->first );
+            nodes.insert( e->first.first );
+            nodes.insert( e->first.second );
         }
 
+        size_t N = nodes.size();
+        for( set<size_t>::const_iterator it = nodes.begin(); it != nodes.end(); it++ )
+            if( *it >= N )
+                DAI_THROWE(RUNTIME_ERROR,"Vertices must be in range [0..N) where N is the number of vertices.");
+
         boostGraph g( edges.begin(), edges.end(), weights.begin(), nodes.size() );
-        vector< graph_traits< boostGraph >::vertex_descriptor > p( num_vertices(g) );
-        prim_minimum_spanning_tree( g, &(p[0]) );
-
-        // Store tree edges in result
-        result.reserve( nodes.size() - 1 );
-        size_t root = 0;
-        for( size_t i = 0; i != p.size(); i++ )
-            if( p[i] != i )
-                result.push_back( DEdge( p[i], i ) );
-            else
-                root = i;
-
-        // We have to store the minimum spanning tree in the right
-        // order, such that for all (i1, j1), (i2, j2) in result,
-        // if j1 == i2 then (i1, j1) comes before (i2, j2) in result.
-        // We do this by reordering the contents of result, effectively
-        // growing the tree starting at the root. At each step, 
-        // result[0..N-1] are the edges already added to the tree,
-        // whereas the other elements of result still have to be added.
-        // The elements of nodes are the vertices that still have to
-        // be added to the tree.
-
-        // Start with the root
-        nodes.erase( root );
-        size_t N = 0;
-
-        // Iteratively add edges and nodes to the growing tree
-        while( N != result.size() ) {
-            for( size_t e = N; e != result.size(); e++ ) {
-                bool e1_in_tree = !nodes.count( result[e].n1 );
-                if( e1_in_tree ) {
-                    nodes.erase( result[e].n2 );
-                    swap( result[N], result[e] );
-                    N++;
-                    break;
-                }
+        size_t root = *(nodes.begin());
+        GraphEL tree;
+        if( usePrim ) {
+            // Prim's algorithm
+            vector< graph_traits< boostGraph >::vertex_descriptor > p(N);
+            prim_minimum_spanning_tree( g, &(p[0]) );
+
+            // Store tree edges in result
+            for( size_t i = 0; i != p.size(); i++ ) {
+                if( p[i] != i )
+                    tree.insert( UEdge( p[i], i ) );
+            }
+        } else {
+            // Kruskal's algorithm
+            vector< graph_traits< boostGraph >::edge_descriptor > t;
+            t.reserve(  N - 1 );
+            kruskal_minimum_spanning_tree( g, std::back_inserter(t) );
+
+            // Store tree edges in result
+            for( size_t i = 0; i != t.size(); i++ ) {
+                size_t v1 = source( t[i], g );
+                size_t v2 = target( t[i], g );
+                if( v1 != v2 )
+                    tree.insert( UEdge( v1, v2 ) );
             }
         }
-    }
 
+        // Direct edges in order to obtain a rooted tree
+        result = RootedTree( tree, root );
+    }
     return result;
 }
 
 
-/// Use Prim's algorithm to construct a minimal spanning tree from the (positively) weighted graph G.
-/** Uses implementation in Boost Graph Library.
+/// Constructs a minimum spanning tree from the (non-negatively) weighted graph \a G.
+/** \param G Weighted graph that should have non-negative weights.
+ *  \param usePrim If true, use Prim's algorithm (complexity O(E log(V))), otherwise, use Kruskal's algorithm (complexity O(E log(E))).
+ *  \note Uses implementation from Boost Graph Library.
+ *  \note The vertices of \a G must be in the range [0,N) where N is the number of vertices of \a G.
  */
-template<typename T> DEdgeVec MaxSpanningTreePrims( const WeightedGraph<T> & Graph ) {
-    T maxweight = Graph.begin()->second;
-    for( typename WeightedGraph<T>::const_iterator it = Graph.begin(); it != Graph.end(); it++ )
-        if( it->second > maxweight )
-            maxweight = it->second;
-    // make a copy of the graph
-    WeightedGraph<T> gr( Graph );
-    // invoke MinSpanningTreePrims with negative weights
-    // (which have to be shifted to satisfy positivity criterion)
-    for( typename WeightedGraph<T>::iterator it = gr.begin(); it != gr.end(); it++ )
-        it->second = maxweight - it->second;
-    return MinSpanningTreePrims( gr );
+template<typename T> RootedTree MaxSpanningTree( const WeightedGraph<T> &G, bool usePrim ) {
+    if( G.size() == 0 )
+        return RootedTree();
+    else {
+        T maxweight = G.begin()->second;
+        for( typename WeightedGraph<T>::const_iterator it = G.begin(); it != G.end(); it++ )
+            if( it->second > maxweight )
+                maxweight = it->second;
+        // make a copy of the graph
+        WeightedGraph<T> gr( G );
+        // invoke MinSpanningTree with negative weights
+        // (which have to be shifted to satisfy positivity criterion)
+        for( typename WeightedGraph<T>::iterator it = gr.begin(); it != gr.end(); it++ )
+            it->second = maxweight - it->second;
+        return MinSpanningTree( gr, usePrim );
+    }
 }
 
 
-/// Constructs a rooted tree from a tree and a root
-DEdgeVec GrowRootedTree( const Graph & T, size_t Root );
-
-
-/// Constructs a random undirected graph of N nodes, where each node has connectivity d
-UEdgeVec RandomDRegularGraph( size_t N, size_t d );
-
-
 } // end of namespace dai