Improved coding style of recent changes by Charlie Vaske
[libdai.git] / src / emalg.cpp
index dff6913..811ca6e 100644 (file)
@@ -193,8 +193,8 @@ SharedParameters::SharedParameters( const SharedParameters &sp )
 }
 
 
-SharedParameters::SharedParameters( const FactorOrientations &varorders, ParameterEstimation *estimation )
-  : _varsets(), _perms(), _varorders(varorders), _estimation(estimation), _deleteEstimation(false) 
+SharedParameters::SharedParameters( const FactorOrientations &varorders, ParameterEstimation *estimation, bool deletePE )
+  : _varsets(), _perms(), _varorders(varorders), _estimation(estimation), _deleteEstimation(deletePE)
 {
     // Calculate the necessary permutations
     setPermsAndVarSetsFromVarOrders();
@@ -230,6 +230,22 @@ void SharedParameters::setParameters( FactorGraph &fg ) {
 }
 
 
+void SharedParameters::collectParameters( const FactorGraph &fg, std::vector<Real> &outVals, std::vector<Var> &outVarOrder ) {
+    FactorOrientations::iterator it = _varorders.begin();
+    if( it == _varorders.end() )
+        return;
+    FactorIndex I = it->first;
+    for( std::vector<Var>::const_iterator var_it = _varorders[I].begin(); var_it != _varorders[I].end(); ++var_it )
+        outVarOrder.push_back( *var_it );
+
+    const Factor &f = fg.factor(I);
+    assert( f.vars() == _varsets[I] );
+    const Permute &perm = _perms[I];
+    for( size_t val_index = 0; val_index < f.states(); ++val_index )
+        outVals.push_back( f[perm.convert_linear_index(val_index)] );
+}
+
+
 MaximizationStep::MaximizationStep( std::istream &is, const FactorGraph &fg_varlookup ) : _params() {
     size_t num_params = -1;
     is >> num_params;
@@ -266,7 +282,7 @@ EMAlg::EMAlg( const Evidence &evidence, InfAlg &estep, std::istream &msteps_file
     _msteps.reserve(num_msteps);
     for( size_t i = 0; i < num_msteps; ++i )
         _msteps.push_back( MaximizationStep( msteps_file, estep.fg() ) );
-}      
+}    
 
 
 void EMAlg::setTermConditions( const PropertySet &p ) {
@@ -295,13 +311,17 @@ bool EMAlg::hasSatisfiedTermConditions() const {
             std::cerr << "Error: in EM log-likehood decreased from " << previous << " to " << current << std::endl;
             return true;
         }
-        return diff / abs(previous) <= _log_z_tol;
+        return (diff / fabs(previous)) <= _log_z_tol;
     }
 }
 
 
 Real EMAlg::iterate( MaximizationStep &mstep ) {
     Real logZ = 0;
+    Real likelihood = 0;
+
+    _estep.run();
+    logZ = _estep.logZ();
 
     // Expectation calculation
     for( Evidence::const_iterator e = _evidence.begin(); e != _evidence.end(); ++e ) {
@@ -309,18 +329,18 @@ Real EMAlg::iterate( MaximizationStep &mstep ) {
         e->applyEvidence( *clamped );
         clamped->init();
         clamped->run();
-      
-        logZ += clamped->logZ();
+
+        likelihood += clamped->logZ() - logZ;
 
         mstep.addExpectations( *clamped );
 
         delete clamped;
     }
-    
+
     // Maximization of parameters
     mstep.maximize( _estep.fg() );
 
-    return logZ;
+    return likelihood;
 }