Fixed tabs and trailing whitespaces
[libdai.git] / src / regiongraph.cpp
index 8078279..5a39043 100644 (file)
@@ -1,6 +1,7 @@
-/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [j dot mooij at science dot ru dot nl]
-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands
-    
+/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
+    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
+    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
+
     This file is part of libDAI.
 
     libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
@@ -21,6 +22,7 @@
 
 #include <algorithm>
 #include <cmath>
+#include <boost/dynamic_bitset.hpp>
 #include <dai/regiongraph.h>
 #include <dai/factorgraph.h>
 #include <dai/clustergraph.h>
@@ -46,15 +48,14 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<Region> &ors,
         for( alpha = 0; alpha < nrORs(); alpha++ )
             if( OR(alpha).vars() >> factor(I).vars() ) {
                 fac2OR.push_back( alpha );
-//              OR(alpha) *= factor(I);
                 break;
             }
         assert( alpha != nrORs() );
     }
     RecomputeORs();
-    
+
     // create bipartite graph
-    G.create( nrORs(), nrIRs(), edges.begin(), edges.end() );
+    G.construct( nrORs(), nrIRs(), edges.begin(), edges.end() );
 
     // Check counting numbers
 #ifdef DAI_DEBUG
@@ -68,7 +69,7 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
     // Retain only maximal clusters
     ClusterGraph cg( cl );
     cg.eraseNonMaximal();
-    
+
     // Create outer regions, giving them counting number 1.0
     ORs.reserve( cg.size() );
     foreach( const VarSet &ns, cg.clusters )
@@ -82,20 +83,19 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
         for( alpha = 0; alpha < nrORs(); alpha++ )
             if( OR(alpha).vars() >> factor(I).vars() ) {
                 fac2OR.push_back( alpha );
-//              OR(alpha) *= factor(I);
                 break;
             }
         assert( alpha != nrORs() );
     }
     RecomputeORs();
-    
+
     // Create inner regions - first pass
     set<VarSet> betas;
     for( size_t alpha = 0; alpha < cg.clusters.size(); alpha++ )
         for( size_t alpha2 = alpha; (++alpha2) != cg.clusters.size(); ) {
-            VarSet intersect = cg.clusters[alpha] & cg.clusters[alpha2];
-            if( intersect.size() > 0 )
-                betas.insert( intersect );
+            VarSet intersection = cg.clusters[alpha] & cg.clusters[alpha2];
+            if( intersection.size() > 0 )
+                betas.insert( intersection );
         }
 
     // Create inner regions - subsequent passes
@@ -104,9 +104,9 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
         new_betas.clear();
         for( set<VarSet>::const_iterator gamma = betas.begin(); gamma != betas.end(); gamma++ )
             for( set<VarSet>::const_iterator gamma2 = gamma; (++gamma2) != betas.end(); ) {
-                VarSet intersect = (*gamma) & (*gamma2);
-                if( (intersect.size() > 0) && (betas.count(intersect) == 0) )
-                    new_betas.insert( intersect );
+                VarSet intersection = (*gamma) & (*gamma2);
+                if( (intersection.size() > 0) && (betas.count(intersection) == 0) )
+                    new_betas.insert( intersection );
             }
         betas.insert(new_betas.begin(), new_betas.end());
     } while( new_betas.size() );
@@ -115,7 +115,7 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
     IRs.reserve( betas.size() );
     for( set<VarSet>::const_iterator beta = betas.begin(); beta != betas.end(); beta++ )
         IRs.push_back( Region(*beta,0.0) );
-    
+
     // Create edges
     vector<pair<size_t,size_t> > edges;
     for( size_t beta = 0; beta < nrIRs(); beta++ ) {
@@ -124,9 +124,9 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
                 edges.push_back( pair<size_t,size_t>(alpha,beta) );
         }
     }
-    
+
     // create bipartite graph
-    G.create( nrORs(), nrIRs(), edges.begin(), edges.end() );
+    G.construct( nrORs(), nrIRs(), edges.begin(), edges.end() );
 
     // Calculate counting numbers
     Calc_Counting_Numbers();
@@ -140,9 +140,9 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl )
 
 void RegionGraph::Calc_Counting_Numbers() {
     // Calculates counting numbers of inner regions based upon counting numbers of outer regions
-    
+
     vector<vector<size_t> > ancestors(nrIRs());
-    vector<bool> assigned(nrIRs(), false);
+    boost::dynamic_bitset<> assigned(nrIRs());
     for( size_t beta = 0; beta < nrIRs(); beta++ ) {
         IR(beta).c() = 0.0;
         for( size_t beta2 = 0; beta2 < nrIRs(); beta2++ )
@@ -166,7 +166,7 @@ void RegionGraph::Calc_Counting_Numbers() {
                     for( vector<size_t>::const_iterator beta2 = ancestors[beta].begin(); beta2 != ancestors[beta].end(); beta2++ )
                         c -= IR(*beta2).c();
                     IR(beta).c() = c;
-                    assigned[beta] = true;
+                    assigned.set(beta, true);
                     new_counting = true;
                 }
             }
@@ -177,9 +177,9 @@ void RegionGraph::Calc_Counting_Numbers() {
 
 bool RegionGraph::Check_Counting_Numbers() {
     // Checks whether the counting numbers satisfy the fundamental relation
-    
+
     bool all_valid = true;
-    for( vector<Var>::const_iterator n = vars.begin(); n != vars.end(); n++ ) {
+    for( vector<Var>::const_iterator n = vars().begin(); n != vars().end(); n++ ) {
         double c_n = 0.0;
         for( size_t alpha = 0; alpha < nrORs(); alpha++ )
             if( OR(alpha).vars().contains( *n ) )
@@ -189,7 +189,7 @@ bool RegionGraph::Check_Counting_Numbers() {
                 c_n += IR(beta).c();
         if( fabs(c_n - 1.0) > 1e-15 ) {
             all_valid = false;
-            cout << "WARNING: counting numbers do not satisfy relation for " << *n << "(c_n = " << c_n << ")." << endl;
+            cerr << "WARNING: counting numbers do not satisfy relation for " << *n << "(c_n = " << c_n << ")." << endl;
         }
     }
 
@@ -229,14 +229,20 @@ void RegionGraph::RecomputeOR( size_t I ) {
 }
 
 
+/// Send RegionGraph to output stream
 ostream & operator << (ostream & os, const RegionGraph & rg) {
     os << "Outer regions" << endl;
     for( size_t alpha = 0; alpha < rg.nrORs(); alpha++ )
-        os << rg.OR(alpha).vars() << ": c = " << rg.OR(alpha).c() << endl;
+        os << alpha << ": " << rg.OR(alpha).vars() << ": c = " << rg.OR(alpha).c() << endl;
 
     os << "Inner regions" << endl;
     for( size_t beta = 0; beta < rg.nrIRs(); beta++ )
-        os << (VarSet)rg.IR(beta) << ": c = " << rg.IR(beta).c() << endl;
+        os << beta << ": " << (VarSet)rg.IR(beta) << ": c = " << rg.IR(beta).c() << endl;
+
+    os << "Edges" << endl;
+    for( size_t alpha = 0; alpha < rg.nrORs(); alpha++ )
+        foreach( const RegionGraph::Neighbor &beta, rg.nbOR(alpha) )
+            os << alpha << "->" << beta << endl;
 
     return(os);
 }