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authorJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Thu, 7 Jul 2011 10:35:58 +0000 (12:35 +0200)
committerJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Thu, 7 Jul 2011 10:35:58 +0000 (12:35 +0200)
129 files changed:
AUTHORS
COPYING [deleted file]
ChangeLog
LICENSE [new file with mode: 0644]
Makefile
Makefile.ALL
Makefile.CYGWIN
Makefile.LINUX
Makefile.MACOSX
Makefile.WINDOWS
README
examples/example.cpp
examples/example_bipgraph.cpp
examples/example_imagesegmentation.cpp
examples/example_permute.cpp
examples/example_sprinkler.cpp
examples/example_sprinkler_em.cpp
examples/example_sprinkler_gibbs.cpp
examples/example_varset.cpp
examples/uai2010-aie-solver.cpp
include/dai/alldai.h
include/dai/bbp.h
include/dai/bipgraph.h
include/dai/bp.h
include/dai/bp_dual.h
include/dai/cbp.h
include/dai/clustergraph.h
include/dai/dag.h
include/dai/daialg.h
include/dai/decmap.h
include/dai/doc.h
include/dai/emalg.h
include/dai/enum.h
include/dai/evidence.h
include/dai/exactinf.h
include/dai/exceptions.h
include/dai/factor.h
include/dai/factorgraph.h
include/dai/fbp.h
include/dai/gibbs.h
include/dai/graph.h
include/dai/hak.h
include/dai/index.h
include/dai/io.h
include/dai/jtree.h
include/dai/lc.h
include/dai/matlab/matlab.h
include/dai/mf.h
include/dai/mr.h
include/dai/prob.h
include/dai/properties.h
include/dai/regiongraph.h
include/dai/smallset.h
include/dai/treeep.h
include/dai/trwbp.h
include/dai/util.h
include/dai/var.h
include/dai/varset.h
include/dai/weightedgraph.h
scripts/convert-fastInf-DAI.pl
scripts/makeREADME
scripts/regenerate-properties
src/alldai.cpp
src/bbp.cpp
src/bipgraph.cpp
src/bp.cpp
src/bp_dual.cpp
src/cbp.cpp
src/clustergraph.cpp
src/dag.cpp
src/daialg.cpp
src/decmap.cpp
src/emalg.cpp
src/evidence.cpp
src/exactinf.cpp
src/exceptions.cpp
src/factor.cpp
src/factorgraph.cpp
src/fbp.cpp
src/gibbs.cpp
src/graph.cpp
src/hak.cpp
src/io.cpp
src/jtree.cpp
src/lc.cpp
src/matlab/dai.cpp
src/matlab/dai_potstrength.cpp
src/matlab/dai_readfg.cpp
src/matlab/dai_writefg.cpp
src/matlab/matlab.cpp
src/mf.cpp
src/mr.cpp
src/properties.cpp
src/regiongraph.cpp
src/treeep.cpp
src/trwbp.cpp
src/util.cpp
src/varset.cpp
src/weightedgraph.cpp
swig/Makefile
swig/dai.i
swig/example_sprinkler.m
swig/example_sprinkler.py
tests/testbbp.cpp
tests/testdai.cpp
tests/testem/testem.cpp
tests/unit/alldai_test.cpp
tests/unit/bipgraph_test.cpp
tests/unit/clustergraph_test.cpp
tests/unit/dag_test.cpp
tests/unit/daialg_test.cpp
tests/unit/enum_test.cpp
tests/unit/exceptions_test.cpp
tests/unit/factor_test.cpp
tests/unit/factorgraph_test.cpp
tests/unit/graph_test.cpp
tests/unit/index_test.cpp
tests/unit/prob_test.cpp
tests/unit/properties_test.cpp
tests/unit/regiongraph_test.cpp
tests/unit/smallset_test.cpp
tests/unit/util_test.cpp
tests/unit/var_test.cpp
tests/unit/varset_test.cpp
tests/unit/weightedgraph_test.cpp
utils/createfg.cpp
utils/fg2dot.cpp
utils/fginfo.cpp
utils/uai2fg.cpp

diff --git a/AUTHORS b/AUTHORS
index f629134..27da866 100644 (file)
--- a/AUTHORS
+++ b/AUTHORS
@@ -13,4 +13,5 @@ Dan Preston, Peter Gober, Jiuxiang Hu, Peter Rockett, Dhruv Batra, Alexander Sch
 Alejandro Lage, Matt Dunham.
 
 Part of this work was part of the Interactive Collaborative Information Systems (ICIS) 
-project, supported by the Dutch Ministry of Economic Affairs, grant BSIK03024.
+project, supported by the Dutch Ministry of Economic Affairs, grant BSIK03024. The
+Radboud University Nijmegen, The Netherlands, is one of the copyright holders.
diff --git a/COPYING b/COPYING
deleted file mode 100644 (file)
index 3912109..0000000
--- a/COPYING
+++ /dev/null
@@ -1,340 +0,0 @@
-                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
-                      Version 2, June 1991
-
- Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.
-                       51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
- Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
- of this license document, but changing it is not allowed.
-
-                           Preamble
-
-  The licenses for most software are designed to take away your
-freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
-License is intended to guarantee your freedom to share and change free
-software--to make sure the software is free for all its users.  This
-General Public License applies to most of the Free Software
-Foundation's software and to any other program whose authors commit to
-using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
-the GNU Library General Public License instead.)  You can apply it to
-your programs, too.
-
-  When we speak of free software, we are referring to freedom, not
-price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
-have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
-this service if you wish), that you receive source code or can get it
-if you want it, that you can change the software or use pieces of it
-in new free programs; and that you know you can do these things.
-
-  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
-anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
-These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
-distribute copies of the software, or if you modify it.
-
-  For example, if you distribute copies of such a program, whether
-gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
-you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
-source code.  And you must show them these terms so they know their
-rights.
-
-  We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
-(2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
-distribute and/or modify the software.
-
-  Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
-that everyone understands that there is no warranty for this free
-software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
-want its recipients to know that what they have is not the original, so
-that any problems introduced by others will not reflect on the original
-authors' reputations.
-
-  Finally, any free program is threatened constantly by software
-patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
-program will individually obtain patent licenses, in effect making the
-program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
-patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
-
-  The precise terms and conditions for copying, distribution and
-modification follow.
-\f
-                   GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
-   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
-
-  0. This License applies to any program or other work which contains
-a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
-under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
-refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
-means either the Program or any derivative work under copyright law:
-that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
-either verbatim or with modifications and/or translated into another
-language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
-the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
-
-Activities other than copying, distribution and modification are not
-covered by this License; they are outside its scope.  The act of
-running the Program is not restricted, and the output from the Program
-is covered only if its contents constitute a work based on the
-Program (independent of having been made by running the Program).
-Whether that is true depends on what the Program does.
-
-  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
-source code as you receive it, in any medium, provided that you
-conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
-copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
-notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
-and give any other recipients of the Program a copy of this License
-along with the Program.
-
-You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
-you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
-
-  2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
-of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
-distribute such modifications or work under the terms of Section 1
-above, provided that you also meet all of these conditions:
-
-    a) You must cause the modified files to carry prominent notices
-    stating that you changed the files and the date of any change.
-
-    b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
-    whole or in part contains or is derived from the Program or any
-    part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
-    parties under the terms of this License.
-
-    c) If the modified program normally reads commands interactively
-    when run, you must cause it, when started running for such
-    interactive use in the most ordinary way, to print or display an
-    announcement including an appropriate copyright notice and a
-    notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
-    a warranty) and that users may redistribute the program under
-    these conditions, and telling the user how to view a copy of this
-    License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
-    does not normally print such an announcement, your work based on
-    the Program is not required to print an announcement.)
-\f
-These requirements apply to the modified work as a whole.  If
-identifiable sections of that work are not derived from the Program,
-and can be reasonably considered independent and separate works in
-themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
-sections when you distribute them as separate works.  But when you
-distribute the same sections as part of a whole which is a work based
-on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
-this License, whose permissions for other licensees extend to the
-entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
-
-Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
-your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
-exercise the right to control the distribution of derivative or
-collective works based on the Program.
-
-In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
-with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
-a storage or distribution medium does not bring the other work under
-the scope of this License.
-
-  3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
-under Section 2) in object code or executable form under the terms of
-Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
-
-    a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
-    source code, which must be distributed under the terms of Sections
-    1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
-
-    b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
-    years, to give any third party, for a charge no more than your
-    cost of physically performing source distribution, a complete
-    machine-readable copy of the corresponding source code, to be
-    distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
-    customarily used for software interchange; or,
-
-    c) Accompany it with the information you received as to the offer
-    to distribute corresponding source code.  (This alternative is
-    allowed only for noncommercial distribution and only if you
-    received the program in object code or executable form with such
-    an offer, in accord with Subsection b above.)
-
-The source code for a work means the preferred form of the work for
-making modifications to it.  For an executable work, complete source
-code means all the source code for all modules it contains, plus any
-associated interface definition files, plus the scripts used to
-control compilation and installation of the executable.  However, as a
-special exception, the source code distributed need not include
-anything that is normally distributed (in either source or binary
-form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
-operating system on which the executable runs, unless that component
-itself accompanies the executable.
-
-If distribution of executable or object code is made by offering
-access to copy from a designated place, then offering equivalent
-access to copy the source code from the same place counts as
-distribution of the source code, even though third parties are not
-compelled to copy the source along with the object code.
-\f
-  4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
-except as expressly provided under this License.  Any attempt
-otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
-void, and will automatically terminate your rights under this License.
-However, parties who have received copies, or rights, from you under
-this License will not have their licenses terminated so long as such
-parties remain in full compliance.
-
-  5. You are not required to accept this License, since you have not
-signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
-distribute the Program or its derivative works.  These actions are
-prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
-modifying or distributing the Program (or any work based on the
-Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
-all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
-the Program or works based on it.
-
-  6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
-Program), the recipient automatically receives a license from the
-original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
-these terms and conditions.  You may not impose any further
-restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
-You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
-this License.
-
-  7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
-infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
-conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
-otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
-excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
-distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
-License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
-may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
-license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
-all those who receive copies directly or indirectly through you, then
-the only way you could satisfy both it and this License would be to
-refrain entirely from distribution of the Program.
-
-If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
-any particular circumstance, the balance of the section is intended to
-apply and the section as a whole is intended to apply in other
-circumstances.
-
-It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
-patents or other property right claims or to contest validity of any
-such claims; this section has the sole purpose of protecting the
-integrity of the free software distribution system, which is
-implemented by public license practices.  Many people have made
-generous contributions to the wide range of software distributed
-through that system in reliance on consistent application of that
-system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
-to distribute software through any other system and a licensee cannot
-impose that choice.
-
-This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
-be a consequence of the rest of this License.
-\f
-  8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
-certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
-original copyright holder who places the Program under this License
-may add an explicit geographical distribution limitation excluding
-those countries, so that distribution is permitted only in or among
-countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
-the limitation as if written in the body of this License.
-
-  9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
-of the General Public License from time to time.  Such new versions will
-be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
-address new problems or concerns.
-
-Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
-specifies a version number of this License which applies to it and "any
-later version", you have the option of following the terms and conditions
-either of that version or of any later version published by the Free
-Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
-this License, you may choose any version ever published by the Free Software
-Foundation.
-
-  10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
-programs whose distribution conditions are different, write to the author
-to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
-Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
-make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
-of preserving the free status of all derivatives of our free software and
-of promoting the sharing and reuse of software generally.
-
-                           NO WARRANTY
-
-  11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
-FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
-OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
-PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
-OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
-MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
-TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
-PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
-REPAIR OR CORRECTION.
-
-  12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
-WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
-REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
-INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
-OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
-TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
-YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
-PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
-POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
-
-                    END OF TERMS AND CONDITIONS
-\f
-           How to Apply These Terms to Your New Programs
-
-  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
-possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
-free software which everyone can redistribute and change under these terms.
-
-  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
-to attach them to the start of each source file to most effectively
-convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
-the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
-
-    <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
-    Copyright (C) <year>  <name of author>
-
-    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-    (at your option) any later version.
-
-    This program is distributed in the hope that it will be useful,
-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with this program; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
-
-
-Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
-
-If the program is interactive, make it output a short notice like this
-when it starts in an interactive mode:
-
-    Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
-    Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
-    This is free software, and you are welcome to redistribute it
-    under certain conditions; type `show c' for details.
-
-The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
-parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
-be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
-mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
-
-You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
-school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
-necessary.  Here is a sample; alter the names:
-
-  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
-  `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
-
-  <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
-  Ty Coon, President of Vice
-
-This General Public License does not permit incorporating your program into
-proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
-consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
-library.  If this is what you want to do, use the GNU Library General
-Public License instead of this License.
index 565f560..07647dd 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -1,3 +1,4 @@
+* Changed license from GPL v2+ to FreeBSD (BSD 2-clause)
 * Fixed numerical issues in MF, FBP and TRWBP (discovered in sparse branch)
 * Jerome Maye found a bug in the State() class in index.h; implemented
   a workaround for the moment
diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644 (file)
index 0000000..eb7debf
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,21 @@
+Copyright (c) 2006-2011, the libDAI authors.  All rights reserved.
+
+Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+modification, are permitted provided that the following conditions are met:
+
+* Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
+  list of conditions and the following disclaimer.
+* Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
+  this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
+  and/or other materials provided with the distribution.
+
+THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
+ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
+WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
+DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
+FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
+DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
+SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
+CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
+OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
+OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
index 29956c4..dc78808 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,11 +1,8 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2006-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
-# Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # Load the platform independent build configuration file
@@ -15,8 +12,8 @@ include Makefile.ALL
 include Makefile.conf
 
 # Set version and date
-DAI_VERSION="0.2.7"
-DAI_DATE="August 19, 2010"
+DAI_VERSION="git HEAD"
+DAI_DATE="July 7, 2011"
 
 # Directories of libDAI sources
 # Location of libDAI headers
@@ -310,7 +307,7 @@ endif
 doc : $(INC)/*.h $(SRC)/*.cpp examples/*.cpp doxygen.conf
        doxygen doxygen.conf
 
-README : doc scripts/makeREADME
+README : doc scripts/makeREADME Makefile
        DAI_VERSION=$(DAI_VERSION) DAI_DATE=$(DAI_DATE) scripts/makeREADME
 
 TAGS :
index c7c575f..a26a8c9 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2009-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # This file can be used to configure compile time options of libDAI.
index 3515960..f8e6491 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2009-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # This template contains configurations for compiling libDAI under Cygwin
index e5cd244..148a016 100644 (file)
@@ -1,17 +1,15 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# It has been tested with Ubuntu 8.04, Ubuntu 9.04 and Debian testing
-#
-# Copyright (C) 2009-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # This template contains configurations for compiling libDAI under GNU/Linux
 # and other UNIX variants
 #
+# It has been tested with Ubuntu 8.04, Ubuntu 9.04 and Debian testing
+#
 # To use it, simply copy this file to 'Makefile.conf' and adapt 'Makefile.conf'
 # to your local setup
 
index 0520fea..2963b13 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2009-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # This template contains configurations for compiling libDAI under Mac OS X
index 02adeb8..ba8323e 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
-# warranty. See the file COPYING for more details.
+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2009-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
 
 
 # This template contains configurations for compiling libDAI with Visual C++
diff --git a/README b/README
index b675a2f..965742c 100644 (file)
--- a/README
+++ b/README
@@ -2,8 +2,8 @@ libDAI  -  A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference
 
 -------------------------------------------------------------------------------
 
-Version:  0.2.7
-Date:     August 19, 2010
+Version:  git HEAD
+Date:     July 7, 2011
 See also: http://www.libdai.org
 
 -------------------------------------------------------------------------------
@@ -11,16 +11,12 @@ See also: http://www.libdai.org
 License
 
 libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify it under the
-terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
-Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
-version.
+terms of the BSD 2-clause license (also known as the FreeBSD license), which
+can be found in the accompanying LICENSE file.
 
-libDAI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
-WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
-PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
+[Note: up to and including version 0.2.7, libDAI was licensed under the GNU
+General Public License (GPL) version 2 or higher.]
 
-You should have received a copy of the GNU General Public License
-along with libDAI in the file COPYING. If not, see http://www.gnu.org/licenses/
 
 -------------------------------------------------------------------------------
 
@@ -54,10 +50,10 @@ publications using libDAI at joris dot mooij at libdai dot org.
 
 About libDAI
 
-libDAI is a free/open source C++ library (licensed under GPL 2+) that provides
-implementations of various (approximate) inference methods for discrete
-graphical models. libDAI supports arbitrary factor graphs with discrete
-variables; this includes discrete Markov Random Fields and Bayesian Networks.
+libDAI is a free/open source C++ library that provides implementations of
+various (approximate) inference methods for discrete graphical models. libDAI
+supports arbitrary factor graphs with discrete variables; this includes
+discrete Markov Random Fields and Bayesian Networks.
 
 The library is targeted at researchers. To be able to use the library, a good
 understanding of graphical models is needed.
@@ -337,3 +333,4 @@ Install doxygen, graphviz and a TeX distribution and use
 to build the documentation. If the documentation is not clear enough, feel free
 to send me an email (or even better, to improve the documentation and send a
 patch!). The documentation can also be browsed online at http://www.libdai.org.
+
index 8f71354..061ddb2 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2006-2011  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
- *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index a5302d6..9df17fc 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
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  */
 
 
index 460e49a..fb5c57e 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
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  */
 
 
index c3b87c0..2bcdb22 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
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  */
 
 
index 0b4d74a..c1b8c8d 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2008-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index 6c9c7ce..8103666 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 #include <dai/alldai.h>
index 3ae4195..c6461e9 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index 84e7b26..b6bebd3 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2008-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index 851b10d..880bfaa 100644 (file)
@@ -1,10 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2008-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index 181cb01..f7750b0 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
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- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
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- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
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  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2008-2010  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
 
 /** \mainpage Reference manual for libDAI - A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference methods
  *  \author Joris Mooij (with contributions of Frederik Eaton)
- *  \version 0.2.7
- *  \date August 19, 2010
+ *  \version git HEAD
+ *  \date July 7, 2011
  *
  *  <hr size="1">
  *  \section about About libDAI
- *  libDAI is a free/open source C++ library (licensed under GPL 2+) that provides
- *  implementations of various (approximate) inference methods for discrete
- *  graphical models. libDAI supports arbitrary factor graphs with discrete
- *  variables; this includes discrete Markov Random Fields and Bayesian
- *  Networks.
+ *  libDAI is a free/open source C++ library that provides implementations of
+ *  various (approximate) inference methods for discrete graphical models. libDAI
+ *  supports arbitrary factor graphs with discrete variables; this includes
+ *  discrete Markov Random Fields and Bayesian Networks.
  *
  *  The library is targeted at researchers. To be able to use the library, a
  *  good understanding of graphical models is needed.
  *  <hr size="1">
  *  \section license-license License
  *
- *  libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
- *  it under the terms of the GNU General Public License as published by
- *  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
- *  (at your option) any later version.
+ *  libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify it under the
+ *  terms of the BSD 2-clause license (also known as the FreeBSD license), which
+ *  can be found in the accompanying LICENSE file.
  *
- *  libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
- *  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- *  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
- *  GNU General Public License for more details.
+ *  [Note: up to and including version 0.2.7, libDAI was licensed under the GNU 
+ *  General Public License (GPL) version 2 or higher.]
  *
  *  <hr size="1">
- *  \section license-gpl GNU General Public License version 2
+ *  \section license-freebsd libDAI license (similar to FreeBSD license)
  * 
- *  \verbinclude COPYING
+ *  \verbinclude LICENSE
  */
 
 
index 2d3f2f6..543cc67 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2009  Charles Vaske  [cvaske at soe dot ucsc dot edu]
- *  Copyright (C) 2009  University of California, Santa Cruz
+ *  Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
  */
 
 
index 02dfb3f..1ff3b4f 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
- *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
- *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
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index 9413b18..27789ed 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
  *
- *  Copyright (C) 2009  Charles Vaske  [cvaske at soe dot ucsc dot edu]
- *  Copyright (C) 2009  University of California, Santa Cruz
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  */
 
 
index 5492732..5b6cfe2 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
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- *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
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  */
 
 
index 874b323..58d7380 100644 (file)
@@ -1,11 +1,8 @@
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- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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  */
 
 
index 05f3e82..01079be 100644 (file)
@@ -1,12 +1,8 @@
 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
  *
- *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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- *  Copyright (C) 2002       Martijn Leisink  [martijn@mbfys.kun.nl]
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index f15e4d4..a88956b 100644 (file)
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index dfd86f8..51600a2 100644 (file)
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index 0428d39..f9149bf 100644 (file)
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+ *  Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
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index 6eeeb96..019fea1 100644 (file)
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- *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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index 0d8be52..5284cb8 100644 (file)
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 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
 #
-# Copyright (C) 2010  Ofer Meshi
+# Use of this source code is governed by a BSD-style license that can be found in the LICENSE file.
+
 
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@@ -8,8 +8,6 @@ echo "Date:     $DAI_DATE" >> README
 echo "See also: http://www.libdai.org" >> README
 echo >> README
 w3m -dump doc/html/license.html | awk 'BEGIN {start=0}; $1 ~ /━/ {start=start+1; if (start<2) print $0}; $1 !~ /━/ {if (start>0 && start<2) print $0}' >> README
-echo "You should have received a copy of the GNU General Public License" >> README
-echo "along with libDAI in the file COPYING. If not, see http://www.gnu.org/licenses/" >> README
 echo >> README
 w3m -dump doc/html/citations.html | awk 'BEGIN {start=0}; $1 ~ /━/ {start=start+1; if (start<2) print $0}; $1 !~ /━/ {if (start>0 && start<2) print $0}' >> README
 w3m -dump doc/html/index.html | awk 'BEGIN {start=0}; $1 ~ /━/ {start=start+1; if (start<2) print $0}; $1 !~ /━/ {if (start>0 && start<2) print $0}' >> README
index 52b39d1..9590c2f 100755 (executable)
@@ -2,11 +2,9 @@
 #
 # This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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-# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
-# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
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+# Copyright (c) 2006-2011, The libDAI authors. All rights reserved.
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-# Copyright (C) 2009  Frederik Eaton [frederik at ofb dot net]
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 include ../Makefile.conf
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 % This example program illustrates how to construct a factorgraph
index b1d2d5d..889fdec 100644 (file)
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 # This example program illustrates how to construct a factorgraph
index 5747d84..a06f5ff 100644 (file)
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index ce1103a..f85809e 100644 (file)
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index 0ea60d1..02913ff 100644 (file)
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index 90a48fb..6f934d8 100644 (file)
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 /*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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  */
 
 
@@ -46,12 +44,12 @@ BOOST_AUTO_TEST_CASE( ExceptionsTest ) {
     try {
         DAI_THROW(NOT_IMPLEMENTED);
     } catch( std::runtime_error& e ) {
-        BOOST_CHECK_EQUAL( e.what(), std::string("Feature not implemented [tests/unit/exceptions_test.cpp, line 47]") );
+        BOOST_CHECK_EQUAL( e.what(), std::string("Feature not implemented [tests/unit/exceptions_test.cpp, line 45]") );
     }
 
     try {
         DAI_THROWE(NOT_IMPLEMENTED,"Detailed error message");
     } catch( std::runtime_error& e ) {
-        BOOST_CHECK_EQUAL( e.what(), std::string("Feature not implemented [tests/unit/exceptions_test.cpp, line 53]") );
+        BOOST_CHECK_EQUAL( e.what(), std::string("Feature not implemented [tests/unit/exceptions_test.cpp, line 51]") );
     }
 }
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- *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
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