libDAI version 0.2.3 v0.2.3
authorJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Mon, 16 Nov 2009 19:42:21 +0000 (20:42 +0100)
committerJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Mon, 16 Nov 2009 19:42:21 +0000 (20:42 +0100)
ChangeLog
Makefile.CYGWIN
Makefile.LINUX
Makefile.MACOSX
Makefile.WINDOWS
Makefile.conf [deleted symlink]
README
TODO [deleted file]
include/dai/doc.h

index d73d95e..8cf1e6d 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -1,3 +1,6 @@
+libDAI-0.2.3 (2009-11-16)
+-------------------------
+
 New features:
 * Complete doxygen documentation (although more detailed documentation still
   has to be written)
@@ -106,37 +109,45 @@ Build system:
   - Changed regression test so that it also works under Windows
 
 Interface changes (the old interface is marked obsolete and will be removed in the next release):
-* Replaced VarSet::calcState() by non-member calcLinearState()
-* Replaced VarSet::calcStates() by non-member calcState()
-* Variable labels are now nonnegative (of type size_t)
-* Renamed Treewidth(const FactorGraph &) into boundTreewidth(const FactorGraph &)
-* Replaced UEdgeVec by Graph
-* Replaced DEdgeVec by new RootedTree class
-* Moved functionality of GrowRootedTree() into constructor of RootedTree
-* Merged calcPairBeliefsNew() into calcPairBeliefs()
-* Removed calcMarginal2ndO()
-* Renamed RegionGraph::Check_Counting_Numbers into RegionGraph::checkCountingNumbers
-* Renamed RegionGraph::Calc_Counting_Numbers into RegionGraph::calcCountingNumbers
-* Renamed Permute::convert_linear_index into Permute::convertLinearIndex
-* Changed FactorGraph::clamp and DAIAlg::clamp interfaces (the variable to be
-  clamped is now indicated by its index, not as a Var)
-* Replaced TProb<T>::log0() by TProb<T>::log(true)
-* Replaced TProb<T>::takeLog0() by TProb<T>::takeLog(true)
-* Removed TProb<T>::hasNonPositives()
-* Replaced TFactor<T>::log0() by TFactor<T>::log(true)
-* Removed TFactor<T>::divided_by, use operator/ instead
-* Removed TFactor<T>::divide, use operator/= instead
-* Removed TFactor<T>::partSum(const VarSet&), use marginal(const VarSet&,false) instead
-* Renamed smallSet<T> to SmallSet<T>
-* Renamed TProb<T>::minVal() to TProb<T>::min()
-* Renamed TProb<T>::maxVal() to TProb<T>::max()
-* Renamed TProb<T>::totalSum() to TProb<T>sum()
-* Renamed TFactor<T>::minVal() to TFactor<T>::min()
-* Renamed TFactor<T>::maxVal() to TFactor<T>::max()
-* Renamed TFactor<T>::totalSum() to TFactor<T>::sum()
-* Removed class Diffs
-* [Frederik Eaton] Added backwards compatibility layer for edge interface to
-  BipartiteGraph and FactorGraph (which will be obsoleted soon)
+* Var:
+  - Variable labels are now nonnegative (of type size_t)
+* VarSet:
+  - Replaced calcState() by non-member calcLinearState()
+  - Replaced calcStates() by non-member calcState()
+* Permute:
+  - Renamed convert_linear_index into convertLinearIndex
+* TProb<>:
+  - Replaced log0() by log(true)
+  - Replaced takeLog0() by takeLog(true)
+  - Removed hasNonPositives()
+  - Renamed minVal() to min()
+  - Renamed maxVal() to max()
+  - Renamed totalSum() to sum()
+* TFactor<>:
+  - Replaced log0() by TFactor<T>::log(true)
+  - Removed divided_by, use operator/ instead
+  - Removed divide, use operator/= instead
+  - Removed partSum(const VarSet&), use marginal(const VarSet&,false) instead
+  - Renamed minVal() to min()
+  - Renamed maxVal() to max()
+  - Renamed totalSum() to sum()
+* FactorGraph:
+  - Changed clamp and clamp interfaces (the variable to be
+    clamped is now indicated by its index, not as a Var)
+* RegionGraph:
+  - Renamed Check_Counting_Numbers into checkCountingNumbers
+  - Renamed Calc_Counting_Numbers into calcCountingNumbers
+* Miscellaneous:
+  - Renamed Treewidth(const FactorGraph &) into boundTreewidth(const FactorGraph &)
+  - Replaced UEdgeVec by Graph
+  - Replaced DEdgeVec by new RootedTree class
+  - Moved functionality of GrowRootedTree() into constructor of RootedTree
+  - Merged calcPairBeliefsNew() into calcPairBeliefs()
+  - Removed calcMarginal2ndO()
+  - Renamed smallSet<T> to SmallSet<T>
+  - Removed class Diffs
+  - [Frederik Eaton] Added backwards compatibility layer for edge interface to
+    BipartiteGraph and FactorGraph (which will be obsoleted soon)
 
 Bug fixes:
 * Fixed reversal of min and max in 
index f07f7a6..af2a224 100644 (file)
@@ -89,5 +89,5 @@ INCLUDE_PYTHON=/usr/include/python2.5
 INCLUDE_BOOST=/usr/local/include/boost-1_37
 
 # VERSION AND DATE
-DAI_VERSION="not set"
-DAI_DATE="not set"
+DAI_VERSION=0.2.3
+DAI_DATE="November 16, 2009"
index 7fe8660..3656e75 100644 (file)
@@ -88,5 +88,5 @@ INCLUDE_PYTHON=/usr/include/python2.5
 INCLUDE_BOOST=/usr/include/boost
 
 # VERSION AND DATE
-DAI_VERSION="git $(shell git log | head -1)"
-DAI_DATE="$(shell git log | head -3 | tail -1 | sed 's/Date:   //')"
+DAI_VERSION=0.2.3
+DAI_DATE="November 16, 2009"
index c87fb67..33e19eb 100644 (file)
@@ -88,5 +88,5 @@ INCLUDE_PYTHON=/usr/include/python2.5
 INCLUDE_BOOST=/usr/include/boost
 
 # VERSION AND DATE
-DAI_VERSION="not set"
-DAI_DATE="not set"
+DAI_VERSION=0.2.3
+DAI_DATE="November 16, 2009"
index 6f86439..cdae9ca 100644 (file)
@@ -90,5 +90,5 @@ INCLUDE_PYTHON=C:\python2.5
 INCLUDE_BOOST=C:\boost_1_36_0
 
 # VERSION AND DATE
-DAI_VERSION="not set"
-DAI_DATE="not set"
+DAI_VERSION=0.2.3
+DAI_DATE="November 16, 2009"
diff --git a/Makefile.conf b/Makefile.conf
deleted file mode 120000 (symlink)
index 697a022..0000000
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-Makefile.LINUX
\ No newline at end of file
diff --git a/README b/README
index bc0c9d2..2327a84 100644 (file)
--- a/README
+++ b/README
@@ -2,8 +2,8 @@ libDAI  -  A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference
 
 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 
-Version:  git commit fc04cce2b5027d58acfe965cee7ed01ec1dbb9a7
-Date:     Mon Nov 16 13:14:56 2009 +0100
+Version:  0.2.3
+Date:     November 16, 2009
 See also: http://www.libdai.org
 
 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@@ -34,8 +34,8 @@ of this program, please:
   • mention this software in the Acknowledgements section.
 
 An appropriate citation would be:
-J. M. Mooij (2008) "libDAI 0.2.2: A free/open source C++ library for Discrete
-Approximate Inference methods", http://www.libdai.org
+J. M. Mooij (2009) "libDAI 0.2.3: A free/open source C++ library for Discrete
+Approximate Inference", http://www.libdai.org
 
 Moreover, as a personal note, I would appreciate it if you would email
 (citations of) papers referencing this work to joris dot mooij at libdai dot
diff --git a/TODO b/TODO
deleted file mode 100644 (file)
index ee8bbbb..0000000
--- a/TODO
+++ /dev/null
@@ -1,7 +0,0 @@
-To do for the next release (0.2.3):
-
-- Update ChangeLog head
-- Set DAI_VERSION and DAI_DATE correctly (all occurences)
-- Build documentation and make a copy
-- Find out how to tag the git commit
-- Make a tarball which does not include the .git stuff
index 60fd4c3..3d4f423 100644 (file)
@@ -54,8 +54,8 @@
 
 /** \mainpage Reference manual for libDAI - A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference methods
  *  \author Joris Mooij
- *  \version DAI_VERSION
- *  \date DAI_DATE
+ *  \version 0.2.3
+ *  \date November 16, 2009
  *
  *  <hr size="1">
  *  \section about About libDAI
  *    - mention this software in the Acknowledgements section. 
  *
  *  An appropriate citation would be:\n
- *  J. M. Mooij (2008) "libDAI 0.2.2: A free/open source C++ library for Discrete 
- *  Approximate Inference methods", http://www.libdai.org
+ *  J. M. Mooij (2009) "libDAI 0.2.3: A free/open source C++ library for Discrete 
+ *  Approximate Inference", http://www.libdai.org
  *
  *  Moreover, as a personal note, I would appreciate it if you would email
  *  (citations of) papers referencing this work to joris dot mooij at libdai dot org.