Miscellaneous changes:
authorJoris Mooij <jorism@osun.tuebingen.mpg.de>
Tue, 9 Sep 2008 14:18:07 +0000 (16:18 +0200)
committerJoris Mooij <jorism@osun.tuebingen.mpg.de>
Tue, 9 Sep 2008 14:18:07 +0000 (16:18 +0200)
- Improved compatibility with Windows platform
- Merged util.h/util.cpp from SVN head.
- Updated doxygen.conf and fixed remaining doxygen warnings.

22 files changed:
ChangeLog
Makefile
doxygen.conf
include/dai/clustergraph.h
include/dai/diffs.h
include/dai/factor.h
include/dai/prob.h
include/dai/properties.h
include/dai/util.h
src/bp.cpp
src/clustergraph.cpp
src/factorgraph.cpp
src/hak.cpp
src/jtree.cpp
src/lc.cpp
src/mf.cpp
src/mr.cpp
src/properties.cpp
src/regiongraph.cpp
src/treeep.cpp
src/util.cpp
tests/test.cpp

index 4afe39a..7795ce4 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -26,11 +26,11 @@ libDAI-0.2.2 (2008-??-??)
   - changed #ifndefs to GNU style
   - added extra warning checks (-W -Wextra) and fixed resulting warnings
   - dai::TProb: 
-    o  removed copy constructor and assignment operators (redundant)
-    o  implementation of some methods via STL algorithms
-    o  added methods takeExp, takeLog, takeLog0 for transformation in-place
-    o  explicit constructor (prevents implicit conversion from size_t to TProb)
-    o  added operator+,+=,-,-=, with argument T (for calculations in log-scale)
+    o removed copy constructor and assignment operators (redundant)
+    o implementation of some methods via STL algorithms
+    o added methods takeExp, takeLog, takeLog0 for transformation in-place
+    o explicit constructor (prevents implicit conversion from size_t to TProb)
+    o added operator+,+=,-,-=, with argument T (for calculations in log-scale)
   - Added "logdomain" property to BP, a boolean that controls whether 
     calculations are done in the log-domain or in the linear domain;
     doing calculations in the log-domain may help if the numerical range
@@ -44,25 +44,31 @@ libDAI-0.2.2 (2008-??-??)
   normtype is now Prob::NORMPROB by default.
 * Small optimization in Diffs
 * Interface changes:
-  - VarSet::
-    stateSpace() -> VarSet::states()
+  - VarSet::stateSpace() -> VarSet::states()
   - FactorGraph::
-    delta(const Var &) -> delta(size_t)
-    Delta(const Var &) -> Delta(size_t)
-    makeCavity(const Var &) -> makeCavity(size_t)
-    removed MakeFactorCavity(size_t)
-    removed ExactMarginal(const VarSet &)
-    removed ExactlogZ()
-    moved isConnected() to BipartiteGraph
-    vars() -> vars
-    factors() -> factors
+      delta(const Var &) -> delta(size_t)
+      Delta(const Var &) -> Delta(size_t)
+      makeCavity(const Var &) -> makeCavity(size_t)
+      vars() -> vars
+      factors() -> factors
+      removed MakeFactorCavity(size_t)
+      removed ExactMarginal(const VarSet &)
+      removed ExactlogZ()
+      moved isConnected() to BipartiteGraph
   - RegionGraph::
-    nr_ORs() -> nrORs()
-    nr_IRs() -> nrIRs()
-    ORs() -> ORs
-    IRs() -> IRs
+      nr_ORs() -> nrORs()
+      nr_IRs() -> nrIRs()
+      ORs() -> ORs
+      IRs() -> IRs
   - *::Regenerate() -> *::create()
   - Renamed Index -> IndexFor
+  - Diffs:
+      max() -> maxDiff()
+      max_size() -> maxSize()
+  - Prob::max() -> Prob::maxVal()
+  - Factor::max() -> Factor::maxVal()
+  - toc() in util.h now returns seconds as a double
+* Added possibility to build for Windows in Makefile
 
 
 libDAI-0.2.1 (2008-05-26)
index 9cfc91a..f469d67 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -26,9 +26,14 @@ WITH_LC = true
 WITH_TREEEP = true
 WITH_JTREE = true
 WITH_MR = true
+# Build with debug info?
 DEBUG = true
-NEW_MATLAB = true
+# Build matlab interface?
 WITH_MATLAB =
+# New/old matlab version?
+NEW_MATLAB = true
+# Windows or linux (default)?
+WINDOWS =
 
 # Directories
 INC = include/dai
index 9cef1fb..c04f07b 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-# Doxyfile 1.4.2
+# Doxyfile 1.5.5
 
 # This file describes the settings to be used by the documentation system
 # doxygen (www.doxygen.org) for a project
 # Project related configuration options
 #---------------------------------------------------------------------------
 
+# This tag specifies the encoding used for all characters in the config file 
+# that follow. The default is UTF-8 which is also the encoding used for all 
+# text before the first occurrence of this tag. Doxygen uses libiconv (or the 
+# iconv built into libc) for the transcoding. See 
+# http://www.gnu.org/software/libiconv for the list of possible encodings.
+
+DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
+
 # The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded 
 # by quotes) that should identify the project.
 
@@ -45,24 +53,15 @@ CREATE_SUBDIRS         = NO
 # documentation generated by doxygen is written. Doxygen will use this 
 # information to generate all constant output in the proper language. 
 # The default language is English, other supported languages are: 
-# Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, Croatian, Czech, Danish, 
-# Dutch, Finnish, French, German, Greek, Hungarian, Italian, Japanese, 
-# Japanese-en (Japanese with English messages), Korean, Korean-en, Norwegian, 
-# Polish, Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Slovak, Slovene, Spanish, 
-# Swedish, and Ukrainian.
+# Afrikaans, Arabic, Brazilian, Catalan, Chinese, Chinese-Traditional, 
+# Croatian, Czech, Danish, Dutch, Farsi, Finnish, French, German, Greek, 
+# Hungarian, Italian, Japanese, Japanese-en (Japanese with English messages), 
+# Korean, Korean-en, Lithuanian, Norwegian, Macedonian, Persian, Polish, 
+# Portuguese, Romanian, Russian, Serbian, Slovak, Slovene, Spanish, Swedish, 
+# and Ukrainian.
 
 OUTPUT_LANGUAGE        = English
 
-# This tag can be used to specify the encoding used in the generated output. 
-# The encoding is not always determined by the language that is chosen, 
-# but also whether or not the output is meant for Windows or non-Windows users. 
-# In case there is a difference, setting the USE_WINDOWS_ENCODING tag to YES 
-# forces the Windows encoding (this is the default for the Windows binary), 
-# whereas setting the tag to NO uses a Unix-style encoding (the default for 
-# all platforms other than Windows).
-
-USE_WINDOWS_ENCODING   = NO
-
 # If the BRIEF_MEMBER_DESC tag is set to YES (the default) Doxygen will 
 # include brief member descriptions after the members that are listed in 
 # the file and class documentation (similar to JavaDoc). 
@@ -135,11 +134,19 @@ SHORT_NAMES            = NO
 # If the JAVADOC_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen 
 # will interpret the first line (until the first dot) of a JavaDoc-style 
 # comment as the brief description. If set to NO, the JavaDoc 
-# comments will behave just like the Qt-style comments (thus requiring an 
-# explicit @brief command for a brief description.
+# comments will behave just like regular Qt-style comments 
+# (thus requiring an explicit @brief command for a brief description.)
 
 JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
 
+# If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen will 
+# interpret the first line (until the first dot) of a Qt-style 
+# comment as the brief description. If set to NO, the comments 
+# will behave just like regular Qt-style comments (thus requiring 
+# an explicit \brief command for a brief description.)
+
+QT_AUTOBRIEF           = NO
+
 # The MULTILINE_CPP_IS_BRIEF tag can be set to YES to make Doxygen 
 # treat a multi-line C++ special comment block (i.e. a block of //! or /// 
 # comments) as a brief description. This used to be the default behaviour. 
@@ -161,13 +168,6 @@ DETAILS_AT_TOP         = NO
 
 INHERIT_DOCS           = YES
 
-# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
-# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
-# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
-# all members of a group must be documented explicitly.
-
-DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
-
 # If the SEPARATE_MEMBER_PAGES tag is set to YES, then doxygen will produce 
 # a new page for each member. If set to NO, the documentation of a member will 
 # be part of the file/class/namespace that contains it.
@@ -195,13 +195,52 @@ ALIASES                =
 
 OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = NO
 
-# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java sources 
-# only. Doxygen will then generate output that is more tailored for Java. 
-# For instance, namespaces will be presented as packages, qualified scopes 
-# will look different, etc.
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Java. For instance, namespaces will be presented as packages, qualified 
+# scopes will look different, etc.
 
 OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
 
+# Set the OPTIMIZE_FOR_FORTRAN tag to YES if your project consists of Fortran 
+# sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for 
+# Fortran.
+
+OPTIMIZE_FOR_FORTRAN   = NO
+
+# Set the OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL tag to YES if your project consists of VHDL 
+# sources. Doxygen will then generate output that is tailored for 
+# VHDL.
+
+OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
+
+# If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want 
+# to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should 
+# set this tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and 
+# definitions whose arguments contain STL classes (e.g. func(std::string); v.s. 
+# func(std::string) {}). This also make the inheritance and collaboration 
+# diagrams that involve STL classes more complete and accurate.
+
+BUILTIN_STL_SUPPORT    = NO
+
+# If you use Microsoft's C++/CLI language, you should set this option to YES to
+# enable parsing support.
+
+CPP_CLI_SUPPORT        = NO
+
+# Set the SIP_SUPPORT tag to YES if your project consists of sip sources only. 
+# Doxygen will parse them like normal C++ but will assume all classes use public 
+# instead of private inheritance when no explicit protection keyword is present.
+
+SIP_SUPPORT            = NO
+
+# If member grouping is used in the documentation and the DISTRIBUTE_GROUP_DOC 
+# tag is set to YES, then doxygen will reuse the documentation of the first 
+# member in the group (if any) for the other members of the group. By default 
+# all members of a group must be documented explicitly.
+
+DISTRIBUTE_GROUP_DOC   = NO
+
 # Set the SUBGROUPING tag to YES (the default) to allow class member groups of 
 # the same type (for instance a group of public functions) to be put as a 
 # subgroup of that type (e.g. under the Public Functions section). Set it to 
@@ -210,6 +249,16 @@ OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA   = NO
 
 SUBGROUPING            = YES
 
+# When TYPEDEF_HIDES_STRUCT is enabled, a typedef of a struct, union, or enum 
+# is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So 
+# typedef struct TypeS {} TypeT, will appear in the documentation as a struct 
+# with name TypeT. When disabled the typedef will appear as a member of a file, 
+# namespace, or class. And the struct will be named TypeS. This can typically 
+# be useful for C code in case the coding convention dictates that all compound 
+# types are typedef'ed and only the typedef is referenced, never the tag name.
+
+TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
+
 #---------------------------------------------------------------------------
 # Build related configuration options
 #---------------------------------------------------------------------------
@@ -244,6 +293,14 @@ EXTRACT_LOCAL_CLASSES  = YES
 
 EXTRACT_LOCAL_METHODS  = NO
 
+# If this flag is set to YES, the members of anonymous namespaces will be 
+# extracted and appear in the documentation as a namespace called 
+# 'anonymous_namespace{file}', where file will be replaced with the base 
+# name of the file that contains the anonymous namespace. By default 
+# anonymous namespace are hidden.
+
+EXTRACT_ANON_NSPACES   = NO
+
 # If the HIDE_UNDOC_MEMBERS tag is set to YES, Doxygen will hide all 
 # undocumented members of documented classes, files or namespaces. 
 # If set to NO (the default) these members will be included in the 
@@ -319,6 +376,12 @@ SORT_MEMBER_DOCS       = YES
 
 SORT_BRIEF_DOCS        = NO
 
+# If the SORT_GROUP_NAMES tag is set to YES then doxygen will sort the 
+# hierarchy of group names into alphabetical order. If set to NO (the default) 
+# the group names will appear in their defined order.
+
+SORT_GROUP_NAMES       = NO
+
 # If the SORT_BY_SCOPE_NAME tag is set to YES, the class list will be 
 # sorted by fully-qualified names, including namespaces. If set to 
 # NO (the default), the class list will be sorted only by class name, 
@@ -376,16 +439,16 @@ SHOW_USED_FILES        = YES
 
 # If the sources in your project are distributed over multiple directories 
 # then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy 
-# in the documentation.
+# in the documentation. The default is NO.
 
 SHOW_DIRECTORIES       = YES
 
 # The FILE_VERSION_FILTER tag can be used to specify a program or script that 
-# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from the 
-# version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
+# doxygen should invoke to get the current version for each file (typically from 
+# the version control system). Doxygen will invoke the program by executing (via 
 # popen()) the command <command> <input-file>, where <command> is the value of 
 # the FILE_VERSION_FILTER tag, and <input-file> is the name of an input file 
-# provided by doxygen. Whatever the progam writes to standard output 
+# provided by doxygen. Whatever the program writes to standard output 
 # is used as the file version. See the manual for examples.
 
 FILE_VERSION_FILTER    = 
@@ -450,14 +513,23 @@ WARN_LOGFILE           =
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories 
 # with spaces.
 
-INPUT                  = src include/dai 
+INPUT                  = src \
+                         include/dai
+
+# This tag can be used to specify the character encoding of the source files 
+# that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is 
+# also the default input encoding. Doxygen uses libiconv (or the iconv built 
+# into libc) for the transcoding. See http://www.gnu.org/software/libiconv for 
+# the list of possible encodings.
+
+INPUT_ENCODING         = UTF-8
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
 # FILE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp 
 # and *.h) to filter out the source-files in the directories. If left 
 # blank the following patterns are tested: 
 # *.c *.cc *.cxx *.cpp *.c++ *.java *.ii *.ixx *.ipp *.i++ *.inl *.h *.hh *.hxx 
-# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm
+# *.hpp *.h++ *.idl *.odl *.cs *.php *.php3 *.inc *.m *.mm *.py *.f90
 
 FILE_PATTERNS          = 
 
@@ -481,10 +553,20 @@ EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the 
 # EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude 
-# certain files from those directories.
+# certain files from those directories. Note that the wildcards are matched 
+# against the file with absolute path, so to exclude all test directories 
+# for example use the pattern */test/*
 
 EXCLUDE_PATTERNS       = 
 
+# The EXCLUDE_SYMBOLS tag can be used to specify one or more symbol names 
+# (namespaces, classes, functions, etc.) that should be excluded from the 
+# output. The symbol name can be a fully qualified name, a word, or if the 
+# wildcard * is used, a substring. Examples: ANamespace, AClass, 
+# AClass::ANamespace, ANamespace::*Test
+
+EXCLUDE_SYMBOLS        = 
+
 # The EXAMPLE_PATH tag can be used to specify one or more files or 
 # directories that contain example code fragments that are included (see 
 # the \include command).
@@ -570,6 +652,21 @@ REFERENCED_BY_RELATION = YES
 
 REFERENCES_RELATION    = YES
 
+# If the REFERENCES_LINK_SOURCE tag is set to YES (the default)
+# and SOURCE_BROWSER tag is set to YES, then the hyperlinks from
+# functions in REFERENCES_RELATION and REFERENCED_BY_RELATION lists will
+# link to the source code.  Otherwise they will link to the documentstion.
+
+REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+
+# If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code 
+# will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen 
+# built-in source browser. The htags tool is part of GNU's global source 
+# tagging system (see http://www.gnu.org/software/global/global.html). You 
+# will need version 4.8.6 or higher.
+
+USE_HTAGS              = NO
+
 # If the VERBATIM_HEADERS tag is set to YES (the default) then Doxygen 
 # will generate a verbatim copy of the header file for each class for 
 # which an include is specified. Set to NO to disable this.
@@ -649,11 +746,44 @@ HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
 
 # If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, additional index files 
 # will be generated that can be used as input for tools like the 
-# Microsoft HTML help workshop to generate a compressed HTML help file (.chm) 
+# Microsoft HTML help workshop to generate a compiled HTML help file (.chm) 
 # of the generated HTML documentation.
 
 GENERATE_HTMLHELP      = NO
 
+# If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files 
+# will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3 
+# integrated development environment, introduced with OSX 10.5 (Leopard). 
+# To create a documentation set, doxygen will generate a Makefile in the 
+# HTML output directory. Running make will produce the docset in that 
+# directory and running "make install" will install the docset in 
+# ~/Library/Developer/Shared/Documentation/DocSets so that Xcode will find 
+# it at startup.
+
+GENERATE_DOCSET        = NO
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag determines the name of the 
+# feed. A documentation feed provides an umbrella under which multiple 
+# documentation sets from a single provider (such as a company or product suite) 
+# can be grouped.
+
+DOCSET_FEEDNAME        = "Doxygen generated docs"
+
+# When GENERATE_DOCSET tag is set to YES, this tag specifies a string that 
+# should uniquely identify the documentation set bundle. This should be a 
+# reverse domain-name style string, e.g. com.mycompany.MyDocSet. Doxygen 
+# will append .docset to the name.
+
+DOCSET_BUNDLE_ID       = org.doxygen.Project
+
+# If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML 
+# documentation will contain sections that can be hidden and shown after the 
+# page has loaded. For this to work a browser that supports 
+# JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox 
+# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
+
+HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
+
 # If the GENERATE_HTMLHELP tag is set to YES, the CHM_FILE tag can 
 # be used to specify the file name of the resulting .chm file. You 
 # can add a path in front of the file if the result should not be 
@@ -956,7 +1086,7 @@ MACRO_EXPANSION        = NO
 
 # If the EXPAND_ONLY_PREDEF and MACRO_EXPANSION tags are both set to YES 
 # then the macro expansion is limited to the macros specified with the 
-# PREDEFINED and EXPAND_AS_PREDEFINED tags.
+# PREDEFINED and EXPAND_AS_DEFINED tags.
 
 EXPAND_ONLY_PREDEF     = NO
 
@@ -1059,6 +1189,15 @@ PERL_PATH              = /usr/bin/perl
 
 CLASS_DIAGRAMS         = YES
 
+# You can define message sequence charts within doxygen comments using the \msc 
+# command. Doxygen will then run the mscgen tool (see 
+# http://www.mcternan.me.uk/mscgen/) to produce the chart and insert it in the 
+# documentation. The MSCGEN_PATH tag allows you to specify the directory where 
+# the mscgen tool resides. If left empty the tool is assumed to be found in the 
+# default search path.
+
+MSCGEN_PATH            = 
+
 # If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will hide 
 # inheritance and usage relations if the target is undocumented 
 # or is not a class.
@@ -1116,14 +1255,22 @@ INCLUDE_GRAPH          = YES
 
 INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
 
-# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen will 
-# generate a call dependency graph for every global function or class method. 
-# Note that enabling this option will significantly increase the time of a run. 
-# So in most cases it will be better to enable call graphs for selected 
-# functions only using the \callgraph command.
+# If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT options are set to YES then 
+# doxygen will generate a call dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable call graphs 
+# for selected functions only using the \callgraph command.
 
 CALL_GRAPH             = NO
 
+# If the CALLER_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then 
+# doxygen will generate a caller dependency graph for every global function 
+# or class method. Note that enabling this option will significantly increase 
+# the time of a run. So in most cases it will be better to enable caller 
+# graphs for selected functions only using the \callergraph command.
+
+CALLER_GRAPH           = NO
+
 # If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen 
 # will graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
 
@@ -1153,39 +1300,31 @@ DOT_PATH               =
 
 DOTFILE_DIRS           = 
 
-# The MAX_DOT_GRAPH_WIDTH tag can be used to set the maximum allowed width 
-# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
-# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
-# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
-# large images.
-
-MAX_DOT_GRAPH_WIDTH    = 1024
-
-# The MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT tag can be used to set the maximum allows height 
-# (in pixels) of the graphs generated by dot. If a graph becomes larger than 
-# this value, doxygen will try to truncate the graph, so that it fits within 
-# the specified constraint. Beware that most browsers cannot cope with very 
-# large images.
+# The MAX_DOT_GRAPH_MAX_NODES tag can be used to set the maximum number of 
+# nodes that will be shown in the graph. If the number of nodes in a graph 
+# becomes larger than this value, doxygen will truncate the graph, which is 
+# visualized by representing a node as a red box. Note that doxygen if the 
+# number of direct children of the root node in a graph is already larger than 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES then the graph will not be shown at all. Also note 
+# that the size of a graph can be further restricted by MAX_DOT_GRAPH_DEPTH.
 
-MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT   = 1024
+DOT_GRAPH_MAX_NODES    = 50
 
 # The MAX_DOT_GRAPH_DEPTH tag can be used to set the maximum depth of the 
 # graphs generated by dot. A depth value of 3 means that only nodes reachable 
 # from the root by following a path via at most 3 edges will be shown. Nodes 
 # that lay further from the root node will be omitted. Note that setting this 
 # option to 1 or 2 may greatly reduce the computation time needed for large 
-# code bases. Also note that a graph may be further truncated if the graph's 
-# image dimensions are not sufficient to fit the graph (see MAX_DOT_GRAPH_WIDTH 
-# and MAX_DOT_GRAPH_HEIGHT). If 0 is used for the depth value (the default), 
-# the graph is not depth-constrained.
+# code bases. Also note that the size of a graph can be further restricted by 
+# DOT_GRAPH_MAX_NODES. Using a depth of 0 means no depth restriction.
 
 MAX_DOT_GRAPH_DEPTH    = 0
 
 # Set the DOT_TRANSPARENT tag to YES to generate images with a transparent 
-# background. This is disabled by default, which results in a white background. 
-# Warning: Depending on the platform used, enabling this option may lead to 
-# badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they become hard to 
-# read).
+# background. This is enabled by default, which results in a transparent 
+# background. Warning: Depending on the platform used, enabling this option 
+# may lead to badly anti-aliased labels on the edges of a graph (i.e. they 
+# become hard to read).
 
 DOT_TRANSPARENT        = NO
 
index faa7755..1de3e0d 100644 (file)
@@ -84,7 +84,7 @@ class ClusterGraph : public std::set<VarSet> {
         /// Return union of all members
         VarSet vars() const {
             VarSet result;
-            for( iterator x = begin(); x != end(); x++ )
+            for( const_iterator x = begin(); x != end(); x++ )
                 result |= *x;
             return result;
         }
@@ -102,7 +102,7 @@ class ClusterGraph : public std::set<VarSet> {
         /// Returns union of clusters that contain n, minus n
         VarSet Delta( const Var& n ) const {
             VarSet result;
-            for( iterator x = begin(); x != end(); x++ )
+            for( const_iterator x = begin(); x != end(); x++ )
                 if( (*x && n) )
                     result |= *x;
             return result;
index a34f435..589076c 100644 (file)
@@ -41,7 +41,7 @@ class Diffs : public std::vector<double> {
             _pos = begin(); 
             _maxpos = begin(); 
         };
-        double max() { 
+        double maxDiff() { 
             if( size() < _maxsize )
                 return _def;
             else
@@ -73,7 +73,7 @@ class Diffs : public std::vector<double> {
                 }
             }
         }
-        size_t max_size() { return _maxsize; }
+        size_t maxSize() { return _maxsize; }
 };
 
 
index 7759ce3..f18f039 100644 (file)
@@ -246,7 +246,7 @@ template <typename T> class TFactor {
         bool hasNegatives() const { return _p.hasNegatives(); }
         T totalSum() const { return _p.totalSum(); }
         T maxAbs() const { return _p.maxAbs(); }
-        T max() const { return _p.max(); }
+        T maxVal() const { return _p.maxVal(); }
         Complex entropy() const { return _p.entropy(); }
         T strength( const Var &i, const Var &j ) const;
 
@@ -335,8 +335,8 @@ template<typename T> T TFactor<T>::strength( const Var &i, const Var &j ) const
                                 bs = i.states();
                             else
                                 as = j.states();
-                            T f1 = slice( ij, alpha1 * as + beta1 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha2 * as + beta1 * bs ).p() ).max();
-                            T f2 = slice( ij, alpha2 * as + beta2 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha1 * as + beta2 * bs ).p() ).max();
+                            T f1 = slice( ij, alpha1 * as + beta1 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha2 * as + beta1 * bs ).p() ).maxVal();
+                            T f2 = slice( ij, alpha2 * as + beta2 * bs ).p().divide( slice( ij, alpha1 * as + beta2 * bs ).p() ).maxVal();
                             T f = f1 * f2;
                             if( f > max )
                                 max = f;
index ddba20a..8b5f6ef 100644 (file)
@@ -406,7 +406,7 @@ template <typename T> class TProb {
         }
 
         /// Returns maximum value
-        T max() const {
+        T maxVal() const {
             T Z = *std::max_element( _p.begin(), _p.end() );
             return Z;
         }
index a235a70..05401e3 100644 (file)
@@ -39,7 +39,7 @@ typedef boost::any  PropertyValue;
 typedef std::pair<PropertyKey, PropertyValue> Property;
 
 
-/// Sends a Properties object to an output stream
+/// Sends a Property object to an output stream
 std::ostream& operator<< (std::ostream & os, const Property & p);
 
 
index 7dfea58..d83c204 100644 (file)
 #define __defined_libdai_util_h
 
 
-#include <sys/times.h>
+#include <vector>
+#include <set>
+#include <map>
+#include <iostream>
 #include <cstdio>
 #include <boost/foreach.hpp>
 
+#ifdef WINDOWS
+    #include <float.h>  // for _isnan (?)
+    #include <boost/math/special_functions/atanh.hpp>  // for atanh
+    #include <boost/math/special_functions/log1p.hpp>  // for log1p
+//    #include <xmath.h>
+#endif
+
 
 #define foreach BOOST_FOREACH
 
 namespace dai {
 
 
-clock_t toc();
-void rnd_seed( int seed );
+#ifdef WINDOWS
+    bool isnan( double x ) inline { return _isnan( x ); }
+    using boost::math:atanh;
+    using boost::math::log1p;
+#endif
+
+
+double toc();
+void rnd_seed( size_t seed );
 double rnd_uniform();
 double rnd_stdnormal();
+int rnd_int( int min, int max );
+
+
+// Output a std::vector
+template<class T> 
+std::ostream& operator << (std::ostream& os, const std::vector<T> & x) {
+    os << "(";
+    for( typename std::vector<T>::const_iterator it = x.begin(); it != x.end(); it++ )
+        os << (it != x.begin() ? ", " : "") << *it;
+    os << ")";
+    return os;
+}
+
+
+// Output a std::set
+template<class T> 
+std::ostream& operator << (std::ostream& os, const std::set<T> & x) {
+    os << "{";
+   for( typename std::set<T>::const_iterator it = x.begin(); it != x.end(); it++ )
+        os << (it != x.begin() ? ", " : "") << *it;
+    os << "}";
+    return os;
+}
+
+
+/// Output a std::map
+template<class T1, class T2>
+std::ostream& operator << (std::ostream& os, const std::map<T1,T2> & x) {
+    os << "{";
+    for( typename std::map<T1,T2>::const_iterator it = x.begin(); it != x.end(); it++ )
+        os << (it != x.begin() ? ", " : "") << it->first << "->" << it->second;
+    os << "}";
+    return os;
+}
+
+
+/// Output a std::pair
+template<class T1, class T2>
+std::ostream& operator << (std::ostream& os, const std::pair<T1,T2> & x) {
+    os << "(" << x.first << ", " << x.second << ")";
+    return os;
+}
 
 
 } // end of namespace dai
index 655944e..1045ded 100644 (file)
@@ -160,7 +160,7 @@ void BP::calcNewMessage( size_t i, size_t _I ) {
         }
     }
     if( logDomain ) {
-        prod -= prod.max();
+        prod -= prod.maxVal();
         prod.takeExp();
     }
 
@@ -188,7 +188,7 @@ double BP::run() {
     if( Verbose() >= 3)
        cout << endl; 
 
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
     Diffs diffs(nrVars(), 1.0);
     
     typedef pair<size_t,size_t> Edge;
@@ -219,7 +219,7 @@ double BP::run() {
 
     // do several passes over the network until maximum number of iterations has
     // been reached or until the maximum belief difference is smaller than tolerance
-    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.max() > Tol(); ++iter ) {
+    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.maxDiff() > Tol(); ++iter ) {
         if( Updates() == UpdateType::SEQMAX ) {
             // Residuals-BP by Koller et al.
             for( size_t t = 0; t < nredges; ++t ) {
@@ -272,16 +272,16 @@ double BP::run() {
         }
 
         if( Verbose() >= 3 )
-            cout << "BP::run:  maxdiff " << diffs.max() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
+            cout << "BP::run:  maxdiff " << diffs.maxDiff() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
     }
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-                cout << "BP::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+                cout << "BP::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
         } else {
             if( Verbose() >= 3 )
                 cout << "BP::run:  ";
@@ -289,7 +289,7 @@ double BP::run() {
         }
     }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
@@ -301,7 +301,7 @@ Factor BP::beliefV( size_t i ) const {
         else
             prod *= newMessage( i, I.iter );
     if( logDomain ) {
-        prod -= prod.max();
+        prod -= prod.maxVal();
         prod.takeExp();
     }
 
@@ -370,7 +370,7 @@ Factor BP::beliefF (size_t I) const {
     }
 
     if( logDomain ) {
-        prod -= prod.max();
+        prod -= prod.maxVal();
         prod.takeExp();
     }
 
index 320c262..80e107e 100644 (file)
@@ -32,7 +32,7 @@ namespace dai {
 using namespace std;
 
 
-ClusterGraph ClusterGraph::VarElim( const vector<Var> & ElimSeq ) const {
+ClusterGraph ClusterGraph::VarElim( const std::vector<Var> & ElimSeq ) const {
     const long verbose = 0;
 
     // Make a copy
@@ -90,7 +90,7 @@ ClusterGraph ClusterGraph::VarElim_MinFill() const {
     while( !_vars.empty() ) {
         if( verbose >= 1 )
             cout << "Var  Eliminiation cost" << endl;
-        VarSet::iterator lowest = _vars.end();
+        VarSet::const_iterator lowest = _vars.end();
         size_t lowest_cost = -1UL;
         for( VarSet::const_iterator n = _vars.begin(); n != _vars.end(); n++ ) {
             size_t cost = _Cl.eliminationCost( *n );
index 774fe31..f2227bf 100644 (file)
@@ -38,7 +38,7 @@ namespace dai {
 using namespace std;
 
 
-FactorGraph::FactorGraph( const vector<Factor> &P ) : G(), _undoProbs(), _normtype(Prob::NORMPROB) {
+FactorGraph::FactorGraph( const std::vector<Factor> &P ) : G(), _undoProbs(), _normtype(Prob::NORMPROB) {
     // add factors, obtain variables
     set<Var> _vars;
     factors.reserve( P.size() );
index cff1e41..f7087a5 100644 (file)
@@ -99,7 +99,7 @@ HAK::HAK(const RegionGraph & rg, const Properties &opts) : DAIAlgRG(rg, opts) {
 }
 
 
-void HAK::findLoopClusters( const FactorGraph & fg, set<VarSet> &allcl, VarSet newcl, const Var & root, size_t length, VarSet vars ) {
+void HAK::findLoopClusters( const FactorGraph & fg, std::set<VarSet> &allcl, VarSet newcl, const Var & root, size_t length, VarSet vars ) {
     for( VarSet::const_iterator in = vars.begin(); in != vars.end(); in++ ) {
         VarSet ind = fg.delta( fg.findVar( *in ) );
         if( (newcl.size()) >= 2 && (ind >> root) ) {
@@ -195,7 +195,7 @@ double HAK::doGBP() {
     if( Verbose() >= 3)
         cout << endl;
 
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
 
     // Check whether counting numbers won't lead to problems
     for( size_t beta = 0; beta < nrIRs(); beta++ )
@@ -213,7 +213,7 @@ double HAK::doGBP() {
     size_t iter = 0;
     // do several passes over the network until maximum number of iterations has
     // been reached or until the maximum belief difference is smaller than tolerance
-    for( iter = 0; iter < MaxIter() && diffs.max() > Tol(); iter++ ) {
+    for( iter = 0; iter < MaxIter() && diffs.maxDiff() > Tol(); iter++ ) {
         for( size_t beta = 0; beta < nrIRs(); beta++ ) {
             foreach( const Neighbor &alpha, nbIR(beta) ) {
                 size_t _beta = alpha.dual;
@@ -261,16 +261,16 @@ double HAK::doGBP() {
         }
 
         if( Verbose() >= 3 )
-            cout << "HAK::doGBP:  maxdiff " << diffs.max() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
+            cout << "HAK::doGBP:  maxdiff " << diffs.maxDiff() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
     }
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-            cout << "HAK::doGBP:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+            cout << "HAK::doGBP:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
         } else {
             if( Verbose() >= 2 )
                 cout << "HAK::doGBP:  ";
@@ -278,7 +278,7 @@ double HAK::doGBP() {
         }
     }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
@@ -288,7 +288,7 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
     if( Verbose() >= 3)
         cout << endl;
 
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
 
     // Save original outer regions
     vector<FRegion> org_ORs = ORs;
@@ -320,7 +320,7 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
     Verbose( outer_verbose ? outer_verbose - 1 : 0 );
 
     size_t outer_iter = 0;
-    for( outer_iter = 0; outer_iter < outer_maxiter && diffs.max() > outer_tol; outer_iter++ ) {
+    for( outer_iter = 0; outer_iter < outer_maxiter && diffs.maxDiff() > outer_tol; outer_iter++ ) {
         // Calculate new outer regions
         for( size_t alpha = 0; alpha < nrORs(); alpha++ ) {
             OR(alpha) = org_ORs[alpha];
@@ -340,7 +340,7 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
         }
 
         if( Verbose() >= 3 )
-            cout << "HAK::doDoubleLoop:  maxdiff " << diffs.max() << " after " << outer_iter+1 << " passes" << endl;
+            cout << "HAK::doDoubleLoop:  maxdiff " << diffs.maxDiff() << " after " << outer_iter+1 << " passes" << endl;
     }
 
     // restore _maxiter, _verbose and _maxdiff
@@ -348,7 +348,7 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
     Verbose( outer_verbose );
     MaxDiff( org_maxdiff );
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     // Restore original outer regions
     ORs = org_ORs;
@@ -358,10 +358,10 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
         IR(beta).c() = org_IR_cs[beta];
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-                cout << "HAK::doDoubleLoop:  WARNING: not converged within " << outer_maxiter << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+                cout << "HAK::doDoubleLoop:  WARNING: not converged within " << outer_maxiter << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
             } else {
                 if( Verbose() >= 3 )
                     cout << "HAK::doDoubleLoop:  ";
@@ -369,7 +369,7 @@ double HAK::doDoubleLoop() {
             }
         }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
index a5e2bf4..247635f 100644 (file)
@@ -78,7 +78,7 @@ JTree::JTree( const FactorGraph &fg, const Properties &opts, bool automatic ) :
 }
 
 
-void JTree::GenerateJT( const vector<VarSet> &Cliques ) {
+void JTree::GenerateJT( const std::vector<VarSet> &Cliques ) {
     // Construct a weighted graph (each edge is weighted with the cardinality 
     // of the intersection of the nodes, where the nodes are the elements of
     // Cliques).
index ff5fed5..d0b45a2 100644 (file)
@@ -105,7 +105,7 @@ void LC::CalcBelief (size_t i) {
 }
 
 
-double LC::CalcCavityDist (size_t i, const string &name, const Properties &opts) {
+double LC::CalcCavityDist (size_t i, const std::string &name, const Properties &opts) {
     Factor Bi;
     double maxdiff = 0;
 
@@ -160,8 +160,8 @@ double LC::CalcCavityDist (size_t i, const string &name, const Properties &opts)
 }
 
 
-double LC::InitCavityDists (const string &name, const Properties &opts) {
-    clock_t tic = toc();
+double LC::InitCavityDists (const std::string &name, const Properties &opts) {
+    double tic = toc();
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
         cout << "LC::InitCavityDists:  ";
@@ -191,7 +191,7 @@ double LC::InitCavityDists (const string &name, const Properties &opts) {
 }
 
 
-long LC::SetCavityDists (vector<Factor> &Q) {
+long LC::SetCavityDists( std::vector<Factor> &Q ) {
     if( Verbose() >= 1 ) 
         cout << "LC::SetCavityDists:  Setting initial cavity distributions" << endl;
     if( Q.size() != nrVars() )
@@ -265,7 +265,7 @@ double LC::run() {
     if( Verbose() >= 2 )
         cout << endl;
 
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
     Diffs diffs(nrVars(), 1.0);
 
     updateMaxDiff( InitCavityDists(GetPropertyAs<string>("cavainame"), GetPropertyAs<Properties>("cavaiopts")) );
@@ -297,7 +297,7 @@ double LC::run() {
 
     // do several passes over the network until maximum number of iterations has
     // been reached or until the maximum belief difference is smaller than tolerance
-    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.max() > Tol(); iter++ ) {
+    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.maxDiff() > Tol(); iter++ ) {
         // Sequential updates
         if( Updates() == UpdateType::SEQRND )
             random_shuffle( update_seq.begin(), update_seq.end() );
@@ -318,16 +318,16 @@ double LC::run() {
         }
 
         if( Verbose() >= 3 )
-            cout << "LC::run:  maxdiff " << diffs.max() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
+            cout << "LC::run:  maxdiff " << diffs.maxDiff() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
     }
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-                cout << "LC::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+                cout << "LC::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
         } else {
             if( Verbose() >= 2 )
                 cout << "LC::run:  ";
@@ -335,7 +335,7 @@ double LC::run() {
         }
     }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
index 5f59803..1dd0cfd 100644 (file)
@@ -80,7 +80,7 @@ void MF::init() {
 
 
 double MF::run() {
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
 
     if( Verbose() >= 1 )
         cout << "Starting " << identify() << "...";
@@ -89,7 +89,7 @@ double MF::run() {
     Diffs diffs(pass_size * 3, 1.0);
 
     size_t t=0;
-    for( t=0; t < (MaxIter()*pass_size) && diffs.max() > Tol(); t++ ) {
+    for( t=0; t < (MaxIter()*pass_size) && diffs.maxDiff() > Tol(); t++ ) {
         // choose random Var i
         size_t i = (size_t) (nrVars() * rnd_uniform());
 
@@ -119,13 +119,13 @@ double MF::run() {
         _beliefs[i] = jan;
     }
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-            cout << "MF::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+            cout << "MF::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
         } else {
             if( Verbose() >= 2 )
                 cout << "MF::run:  ";
@@ -133,7 +133,7 @@ double MF::run() {
         }
     }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
index ce0774b..5a3a7c8 100644 (file)
@@ -527,7 +527,7 @@ double MR::run() {
         if( Verbose() >= 1 )
             cout << "Starting " << identify() << "...";
 
-        clock_t tic = toc();
+        double tic = toc();
 //        Diffs diffs(nrVars(), 1.0);
 
         M.resize(N);
index 14a2714..49860fd 100644 (file)
@@ -80,7 +80,7 @@ std::ostream& operator<< (std::ostream & os, const Properties & ps) {
     for( Properties::const_iterator p = ps.begin(); p != ps.end(); p++ ) {
         if( p != ps.begin() )
             os << ",";
-        os << *p;
+        os << (Property)*p;
     }
     os << "]";
     return os;
index e841554..8449745 100644 (file)
@@ -32,7 +32,7 @@ namespace dai {
 using namespace std;
 
 
-RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const vector<Region> &ors, const vector<Region> &irs, const vector<pair<size_t,size_t> > &edges) : FactorGraph(fg), G(), ORs(), IRs(irs), fac2OR() {
+RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<Region> &ors, const std::vector<Region> &irs, const std::vector<std::pair<size_t,size_t> > &edges) : FactorGraph(fg), G(), ORs(), IRs(irs), fac2OR() {
     // Copy outer regions (giving them counting number 1.0)
     ORs.reserve( ors.size() );
     for( vector<Region>::const_iterator alpha = ors.begin(); alpha != ors.end(); alpha++ )
@@ -64,7 +64,7 @@ RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const vector<Region> &ors, cons
 
 
 // CVM style
-RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const vector<VarSet> &cl ) : FactorGraph(fg), G(), ORs(), IRs(), fac2OR() {
+RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph &fg, const std::vector<VarSet> &cl ) : FactorGraph(fg), G(), ORs(), IRs(), fac2OR() {
     // Retain only maximal clusters
     ClusterGraph cg( cl );
     cg.eraseNonMaximal();
index d102e0f..f076aa8 100644 (file)
@@ -56,7 +56,7 @@ bool TreeEP::checkProperties() {
 }
 
 
-TreeEPSubTree::TreeEPSubTree( const DEdgeVec &subRTree, const DEdgeVec &jt_RTree, const vector<Factor> &jt_Qa, const vector<Factor> &jt_Qb, const Factor *I ) : _Qa(), _Qb(), _RTree(), _a(), _b(), _I(I), _ns(), _nsrem(), _logZ(0.0) {
+TreeEPSubTree::TreeEPSubTree( const DEdgeVec &subRTree, const DEdgeVec &jt_RTree, const std::vector<Factor> &jt_Qa, const std::vector<Factor> &jt_Qb, const Factor *I ) : _Qa(), _Qb(), _RTree(), _a(), _b(), _I(I), _ns(), _nsrem(), _logZ(0.0) {
     _ns = _I->vars();
 
     // Make _Qa, _Qb, _a and _b corresponding to the subtree
@@ -102,7 +102,7 @@ void TreeEPSubTree::init() {
 }
 
 
-void TreeEPSubTree::InvertAndMultiply( const vector<Factor> &Qa, const vector<Factor> &Qb ) {
+void TreeEPSubTree::InvertAndMultiply( const std::vector<Factor> &Qa, const std::vector<Factor> &Qb ) {
     for( size_t alpha = 0; alpha < _Qa.size(); alpha++ )
         _Qa[alpha] = Qa[_a[alpha]].divided_by( _Qa[alpha] );
 
@@ -111,7 +111,7 @@ void TreeEPSubTree::InvertAndMultiply( const vector<Factor> &Qa, const vector<Fa
 }
 
 
-void TreeEPSubTree::HUGIN_with_I( vector<Factor> &Qa, vector<Factor> &Qb ) {
+void TreeEPSubTree::HUGIN_with_I( std::vector<Factor> &Qa, std::vector<Factor> &Qb ) {
     // Backup _Qa and _Qb
     vector<Factor> _Qa_old(_Qa);
     vector<Factor> _Qb_old(_Qb);
@@ -172,7 +172,7 @@ void TreeEPSubTree::HUGIN_with_I( vector<Factor> &Qa, vector<Factor> &Qb ) {
 }
 
 
-double TreeEPSubTree::logZ( const vector<Factor> &Qa, const vector<Factor> &Qb ) const {
+double TreeEPSubTree::logZ( const std::vector<Factor> &Qa, const std::vector<Factor> &Qb ) const {
     double sum = 0.0;
     for( size_t alpha = 0; alpha < _Qa.size(); alpha++ )
         sum += (Qa[_a[alpha]] * _Qa[alpha].log0()).totalSum();
@@ -407,7 +407,7 @@ double TreeEP::run() {
     if( Verbose() >= 3)
         cout << endl;
 
-    clock_t tic = toc();
+    double tic = toc();
     Diffs diffs(nrVars(), 1.0);
 
     vector<Factor> old_beliefs;
@@ -419,7 +419,7 @@ double TreeEP::run() {
     
     // do several passes over the network until maximum number of iterations has
     // been reached or until the maximum belief difference is smaller than tolerance
-    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.max() > Tol(); iter++ ) {
+    for( iter=0; iter < MaxIter() && diffs.maxDiff() > Tol(); iter++ ) {
         for( size_t I = 0; I < nrFactors(); I++ )
             if( offtree(I) ) {  
                 _Q[I].InvertAndMultiply( _Qa, _Qb );
@@ -435,16 +435,16 @@ double TreeEP::run() {
         }
 
         if( Verbose() >= 3 )
-            cout << "TreeEP::run:  maxdiff " << diffs.max() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
+            cout << "TreeEP::run:  maxdiff " << diffs.maxDiff() << " after " << iter+1 << " passes" << endl;
     }
 
-    updateMaxDiff( diffs.max() );
+    updateMaxDiff( diffs.maxDiff() );
 
     if( Verbose() >= 1 ) {
-        if( diffs.max() > Tol() ) {
+        if( diffs.maxDiff() > Tol() ) {
             if( Verbose() == 1 )
                 cout << endl;
-            cout << "TreeEP::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.max() << endl;
+            cout << "TreeEP::run:  WARNING: not converged within " << MaxIter() << " passes (" << toc() - tic << " clocks)...final maxdiff:" << diffs.maxDiff() << endl;
         } else {
             if( Verbose() >= 3 )
                 cout << "TreeEP::run:  ";
@@ -452,7 +452,7 @@ double TreeEP::run() {
         }
     }
 
-    return diffs.max();
+    return diffs.maxDiff();
 }
 
 
index bcad313..18596ee 100644 (file)
 #include <boost/random/normal_distribution.hpp>
 #include <boost/random/variate_generator.hpp>
 
+#ifdef WINDOWS
+    #include <windows.h>
+#else
+    // Assume POSIX compliant system. We need the following for querying the CPU time for this process
+    #include <sys/times.h>
+    #include <sys/param.h>
+#endif
+
 
 namespace dai {
 
 
-clock_t toc() {
+// Returns user+system time in seconds
+double toc() {
+#ifdef WINDOWS
+    SYSTEMTIME  tbuf;
+    GetSystemTime(&tbuf);
+    return( (double)(tbuf.wSecond + (double)tbuf.wMilliseconds / 1000.0) );
+#else
     tms tbuf;
     times(&tbuf);
-    return( tbuf.tms_utime );
+    return( (double)(tbuf.tms_utime + tbuf.tms_stime) / HZ );
+#endif
 }
 
 
@@ -40,9 +55,9 @@ clock_t toc() {
 // Try boost::mt19937 or boost::ecuyer1988 instead of boost::minstd_rand
 typedef boost::minstd_rand _rnd_gen_type;
 
-_rnd_gen_type _rnd_gen(42);
+_rnd_gen_type _rnd_gen(42U);
 
-// Define a uniform random number distribution which produces "double"
+// Define a uniform random number distribution which produces
 // values between 0 and 1 (0 inclusive, 1 exclusive).
 boost::uniform_real<> _uni_dist(0,1);
 boost::variate_generator<_rnd_gen_type&, boost::uniform_real<> > _uni_rnd(_rnd_gen, _uni_dist);
@@ -52,7 +67,7 @@ boost::normal_distribution<> _normal_dist;
 boost::variate_generator<_rnd_gen_type&, boost::normal_distribution<> > _normal_rnd(_rnd_gen, _normal_dist);
 
 
-void rnd_seed( int seed ) {
+void rnd_seed( size_t seed ) {
     _rnd_gen.seed(seed);
 }
 
@@ -64,5 +79,10 @@ double rnd_stdnormal() {
     return _normal_rnd();
 }
 
+// Returns integer in interval [min, max]
+int rnd_int( int min, int max ) {
+    return (int)floor(_uni_rnd() * (max + 1 - min) + min);
+}
+
 
 } // end of namespace dai
index be355ad..007e7f3 100644 (file)
@@ -45,10 +45,10 @@ class TestAI {
         vector<Factor>  q;
         double          logZ;
         double          maxdiff;
-        clock_t         time;
+        double          time;
 
         TestAI( const FactorGraph &fg, const string &_name, const Properties &opts ) : obj(NULL), name(_name), err(), q(), logZ(0.0), maxdiff(0.0), time(0) {
-            clock_t tic = toc();
+            double tic = toc();
             obj = newInfAlg( name, fg, opts );
             time += toc() - tic;
 /*
@@ -96,7 +96,7 @@ class TestAI {
         }
 
         void doAI() {
-            clock_t tic = toc();
+            double tic = toc();
 //            if( name == "EXACT" ) {
 //                // calculation has already been done
 //            } 
@@ -251,7 +251,7 @@ int main( int argc, char *argv[] ) {
             cout.width( 40 );
             cout << left << "# METHOD" << "  ";
             cout.width( 10 );
-            cout << right << "CLOCKS" << "    ";
+            cout << right << "SECONDS" << "   ";
             cout.width( 10 );
             cout << "MAX ERROR" << "  ";
             cout.width( 10 );