Updated copyright headers
authorJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Wed, 16 Sep 2009 13:47:09 +0000 (15:47 +0200)
committerJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Wed, 16 Sep 2009 13:47:09 +0000 (15:47 +0200)
77 files changed:
ChangeLog
Makefile
Makefile.CYGWIN
Makefile.LINUX
Makefile.MACOSX
Makefile.WINDOWS
README
examples/example.cpp
examples/example_bipgraph.cpp
examples/example_sprinkler.cpp
examples/example_varset.cpp
include/dai/alldai.h
include/dai/bbp.h
include/dai/bipgraph.h
include/dai/bp.h
include/dai/bp_dual.h
include/dai/cbp.h
include/dai/clustergraph.h
include/dai/daialg.h
include/dai/doc.h
include/dai/emalg.h
include/dai/enum.h
include/dai/evidence.h
include/dai/exactinf.h
include/dai/exceptions.h
include/dai/factor.h
include/dai/factorgraph.h
include/dai/gibbs.h
include/dai/hak.h
include/dai/index.h
include/dai/jtree.h
include/dai/lc.h
include/dai/matlab/matlab.h
include/dai/mf.h
include/dai/mr.h
include/dai/prob.h
include/dai/properties.h
include/dai/regiongraph.h
include/dai/smallset.h
include/dai/treeep.h
include/dai/util.h
include/dai/var.h
include/dai/varset.h
include/dai/weightedgraph.h
scripts/regenerate-properties
src/alldai.cpp
src/bbp.cpp
src/bipgraph.cpp
src/bp.cpp
src/bp_dual.cpp
src/cbp.cpp
src/clustergraph.cpp
src/daialg.cpp
src/emalg.cpp
src/evidence.cpp
src/exactinf.cpp
src/exceptions.cpp
src/factorgraph.cpp
src/gibbs.cpp
src/hak.cpp
src/jtree.cpp
src/lc.cpp
src/matlab/dai.cpp
src/matlab/dai_potstrength.cpp
src/matlab/dai_readfg.cpp
src/matlab/dai_writefg.cpp
src/matlab/matlab.cpp
src/mf.cpp
src/mr.cpp
src/properties.cpp
src/regiongraph.cpp
src/treeep.cpp
src/util.cpp
src/weightedgraph.cpp
tests/testbbp.cpp
tests/testdai.cpp
tests/testem/testem.cpp

index 0222b02..4d377ea 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -1,3 +1,13 @@
+* Updated copyright headers
+* Added max-product functionality to JTree
+* [Charlie Vaske] EM bugfix (was using abs() instead of fabs() in 
+  determining EM termination, which caused a loss of precision).
+* [Charlie Vaske] New constructor in Permute for canonical variable ordering
+* [Charlie Vaske] New constructor in Factor that reorders variables to canonical ordering
+* [Charlie Vaske] New accessor in Properties for getting all keys
+* [Charlie Vaske] New function for getting inferred parameters
+* Cleaned up error handling by introducing the DAI_THROWE macro
+* Introduced DAI_DEBASSERT macro to abbreviate a common pattern
 * Changed FactorGraph::clamp and DAIAlg::clamp interfaces (the variable to be
   clamped is now indicated by its index, not as a Var) and marked the old
   interface as obsolete
index aefca87..086c4e5 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,22 +1,11 @@
-# Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-# Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-# Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
 #
-# This file is part of libDAI.
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
 #
-# libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
-# it under the terms of the GNU General Public License as published by
-# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-# (at your option) any later version.
-#
-# libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
-# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-# GNU General Public License for more details.
-#
-# You should have received a copy of the GNU General Public License
-# along with libDAI; if not, write to the Free Software
-# Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
+# Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+# Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
 
 
 # Load the local configuration from Makefile.conf
index 09771ae..562155e 100644 (file)
@@ -1,3 +1,12 @@
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+#
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
+#
+# Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+
+
 # This template contains configurations for compiling libDAI under CygWin
 #
 # To use it, simply copy this file to 'Makefile.conf' and adapt 'Makefile.conf'
@@ -5,6 +14,7 @@
 #
 # A boolean variable VAR can be set to true ("VAR=true") or to false ("VAR=")
 
+
 # COMPILATION AND BUILD FLAGS
 # Enable/disable various approximate inference methods
 WITH_BP=true
index dc9896e..64dcaab 100644 (file)
@@ -1,11 +1,20 @@
-# This template contains configurations for compiling libDAI under GNU/Linux
-# and other UNIX variants
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+#
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
+#
+# Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+
+
+# This template contains configurations for compiling libDAI under GNU/Linux and other UNIX variants
 #
 # To use it, simply copy this file to 'Makefile.conf' and adapt 'Makefile.conf'
 # to your local setup
 #
 # A boolean variable VAR can be set to true ("VAR=true") or to false ("VAR=")
 
+
 # COMPILATION AND BUILD FLAGS
 # Enable/disable various approximate inference methods
 WITH_BP=true
index e9488a7..4f9f4dc 100644 (file)
@@ -1,3 +1,12 @@
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+#
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
+#
+# Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+
+
 # This template contains configurations for compiling libDAI under Mac OS X
 #
 # To use it, simply copy this file to 'Makefile.conf' and adapt 'Makefile.conf'
@@ -5,6 +14,7 @@
 #
 # A boolean variable VAR can be set to true ("VAR=true") or to false ("VAR=")
 
+
 # COMPILATION AND BUILD FLAGS
 # Enable/disable various approximate inference methods
 WITH_BP=true
index 83389ee..79c5419 100644 (file)
@@ -1,3 +1,12 @@
+# This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+#
+# libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+# 2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+# warranty. See the file COPYING for more details.
+#
+# Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+
+
 # This template contains configurations for compiling libDAI with Visual C++
 # under Windows (and GNU Make)
 #
@@ -6,6 +15,7 @@
 #
 # A boolean variable VAR can be set to true ("VAR=true") or to false ("VAR=")
 
+
 # COMPILATION AND BUILD FLAGS
 # Enable/disable various approximate inference methods
 WITH_BP=true
diff --git a/README b/README
index 3c5908a..f64e8d0 100644 (file)
--- a/README
+++ b/README
@@ -3,10 +3,29 @@ libDAI - A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference metho
 
 v 0.2.2 - September 30, 2008
 
+----------------------------------------------------------------------------------
 
-Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
+This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+
+libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
+it under the terms of the GNU General Public License as published by
+the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+(at your option) any later version.
+
+libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
+but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+GNU General Public License for more details.
+
+You should have received a copy of the GNU General Public License
+along with libDAI in the file COPYING. 
+If not, see http://www.gnu.org/licenses/
+
+----------------------------------------------------------------------------------
+
+Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+Copyright (C) 2002-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+Copyright (C) 2002       Martijn Leisink  [martijn@mbfys.kun.nl]
 
 with contributions from:
 
@@ -22,38 +41,21 @@ Peter Gober
 Patrick Pletscher
 Sebastian Nowozin
 
-
 ----------------------------------------------------------------------------------
-This file is part of libDAI.
 
-libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
-it under the terms of the GNU General Public License as published by
-the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-(at your option) any later version.
-
-libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
-but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-GNU General Public License for more details.
-
-You should have received a copy of the GNU General Public License
-along with libDAI; if not, write to the Free Software
-Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
-----------------------------------------------------------------------------------
-
-
-SCIENTISTS: If you write a scientific paper describing research that made 
-substantive use of this program, please (a) mention the fashion in which 
-this software was used, including the version number, with a citation 
-to the literature, to allow replication; (b) mention this software in the 
-Acknowledgements section.  The appropriate citation is: 
+If you write a scientific paper describing research that made substantive use
+of this program, please (a) mention the fashion in which this software was
+used, including the version number, with a citation to the literature, to allow
+replication; (b) mention this software in the Acknowledgements section. The
+appropriate citation is: 
 
 J. M. Mooij (2008) "libDAI 0.2.2: A free/open source C++ library for Discrete 
 Approximate Inference methods", http://www.libdai.org
 
-Moreover, as a personal note, I would appreciate it if you would email me with
-citations of papers referencing this work so I can mention them to my funding
-agent and tenure committee.
+Moreover, as a personal note, I would appreciate it if you would email me 
+(joris.mooij@libdai.org) with citations of papers referencing this work.
+
+----------------------------------------------------------------------------------
 
 
 About libDAI
index 3884fe6..e8ed770 100644 (file)
@@ -1,23 +1,12 @@
-/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
-
-    This file is part of libDAI.
-
-    libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
-    (at your option) any later version.
-
-    libDAI is distributed in the hope that it will be useful,
-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
-*/
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+ *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+ */
 
 
 #include <iostream>
index c12b733..b40ee3d 100644 (file)
@@ -1,3 +1,13 @@
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+ *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2008-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ */
+
+
 #include <dai/bipgraph.h>
 
 using namespace std;
index 6c567de..85df931 100644 (file)
@@ -1,3 +1,13 @@
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+ *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2008-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ */
+
+
 #include <dai/factorgraph.h>
 #include <iostream>
 
index 08e11af..467b961 100644 (file)
@@ -1,3 +1,13 @@
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+ *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2008-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ */
+
+
 #include <dai/varset.h>
 #include <iostream>
 
index c3a2bfc..54d4d12 100644 (file)
@@ -1,23 +1,12 @@
-/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
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-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
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+ *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+ */
 
 
 /// \file
index 538a1d7..9dc9132 100644 (file)
@@ -1,21 +1,11 @@
-/*  Copyright (C) 2009  Frederik Eaton [frederik at ofb dot net]
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+ *
+ *  Copyright (C) 2009  Frederik Eaton [frederik at ofb dot net]
+ */
 
 
 /// \file
index da22994..d32ddfe 100644 (file)
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 #include <iostream>
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-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
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-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
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- *                                                                 *
- * This is a MEX-file for MATLAB.                                  *
- *                                                                 *
- *   [logZ,q,md,qv,qf] = dai(psi,method,opts);                     *
- * or                                                              *
- *   [logZ,q,md,qv,qf,qmap] = dai(psi,method,opts);                *
- *                                                                 *
- *=================================================================*/
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
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+ *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
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-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
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-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
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-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
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-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
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- * This is a MEX-file for MATLAB.                                  *
- *                                                                 *
- *   N = dai_potstrength(psi,i,j);                                 *
- *                                                                 *
- *=================================================================*/
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
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- *                                                                 *
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- *                                                                 *
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+ *  Copyright (C) 2007       Bastian Wemmenhove
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-    libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
-    it under the terms of the GNU General Public License as published by
-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
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-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
-    GNU General Public License for more details.
-
-    You should have received a copy of the GNU General Public License
-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
-*/
+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
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+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
+ */
 
 
 #include <algorithm>
index a0ffb1c..9a4a8b9 100644 (file)
@@ -1,22 +1,11 @@
-/*  Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
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-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
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+ *
+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
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+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
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 #include <iostream>
index 5ce7521..6704b66 100644 (file)
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-/*  Copyright (C) 2006-2008  Joris Mooij  [joris dot mooij at tuebingen dot mpg dot de]
-    Radboud University Nijmegen, The Netherlands /
-    Max Planck Institute for Biological Cybernetics, Germany
-
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-    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
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-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
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-    along with libDAI; if not, write to the Free Software
-    Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
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+/*  This file is part of libDAI - http://www.libdai.org/
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+ *  libDAI is licensed under the terms of the GNU General Public License version
+ *  2, or (at your option) any later version. libDAI is distributed without any
+ *  warranty. See the file COPYING for more details.
+ *
+ *  Copyright (C) 2006-2009  Joris Mooij  [joris dot mooij at libdai dot org]
+ *  Copyright (C) 2006-2007  Radboud University Nijmegen, The Netherlands
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index d83440e..7f74f20 100644 (file)
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-/*  Copyright (C) 2009  Charles Vaske  [cvaske at soe dot ucsc dot edu]
-    University of California Santa Cruz
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-    libDAI is free software; you can redistribute it and/or modify
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 #include <iostream>