Finished a new release: libDAI 0.2.7. v0.2.7
authorJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Thu, 19 Aug 2010 12:01:05 +0000 (14:01 +0200)
committerJoris Mooij <joris.mooij@tuebingen.mpg.de>
Thu, 19 Aug 2010 12:01:05 +0000 (14:01 +0200)
AUTHORS
ChangeLog
Makefile
README
include/dai/doc.h

diff --git a/AUTHORS b/AUTHORS
index 95eadcd..f629134 100644 (file)
--- a/AUTHORS
+++ b/AUTHORS
@@ -1,21 +1,16 @@
-The following people have contributed to libDAI:
+libDAI was written by Joris M. Mooij with the help of the following people:
 
-Joris Mooij
-Martijn Leisink
-Frederik Eaton
-Charles Vaske
-Giuseppe Passino
-Bastian Wemmenhove
-Patrick Pletscher
-Christian Wojek
-Claudio Lima
-Jiuxiang Hu
-Peter Gober
-Sebastian Nowozin
-Alexander Schwing
-Ofer Meshi
-Alejandro Lage
-Peter Rockett
+Martijn Leisink (laid down the foundations for the library),
+Frederik Eaton (contributed the Gibbs sampler, conditioned BP, fractional BP and various other improvements),
+Charles Vaske (contributed the parameter learning algorithms),
+Giuseppe Passino (contributed the findMaximum function, and various other improvements),
+Bastian Wemmenhove (contributed the MR algorithm),
+Patrick Pletscher (contributed the SWIG interface).
+
+Smaller contributions (bug fixes and miscellaneous smaller patches) have been made by:
+Claudio Lima, Christian Wojek, Sebastian Nowozin, Stefano Pellegrini, Ofer Meshi,
+Dan Preston, Peter Gober, Jiuxiang Hu, Peter Rockett, Dhruv Batra, Alexander Schwing, 
+Alejandro Lage, Matt Dunham.
 
 Part of this work was part of the Interactive Collaborative Information Systems (ICIS) 
 project, supported by the Dutch Ministry of Economic Affairs, grant BSIK03024.
index 89e978d..aa39936 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -1,5 +1,5 @@
-git master
-----------
+libDAI-0.2.7 (2010-08-19)
+-------------------------
 
 * Removed interfaces deprecated in 0.2.6.
 * Fixed a bug in JTree::findMaximum() (reported by zhengyun84 and Dhruv Batra):
index 50fbf0f..29956c4 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -15,8 +15,8 @@ include Makefile.ALL
 include Makefile.conf
 
 # Set version and date
-DAI_VERSION="git master"
-DAI_DATE="August 11, 2010 (or later)"
+DAI_VERSION="0.2.7"
+DAI_DATE="August 19, 2010"
 
 # Directories of libDAI sources
 # Location of libDAI headers
@@ -120,6 +120,7 @@ MEX:=$(MEX) $(MEXINC) $(MEXFLAGS) $(WITHFLAGS) $(MEXLIB)
 ###############
 
 all : $(TARGETS)
+       @echo
        @echo libDAI built successfully!
 
 EXAMPLES=$(foreach name,example example_bipgraph example_varset example_permute example_sprinkler example_sprinkler_em,examples/$(name)$(EE))
@@ -134,7 +135,8 @@ examples : $(EXAMPLES)
 matlabs : matlab/dai$(ME) matlab/dai_readfg$(ME) matlab/dai_writefg$(ME) matlab/dai_potstrength$(ME)
 
 unittests : tests/unit/var_test$(EE) tests/unit/smallset_test$(EE) tests/unit/varset_test$(EE) tests/unit/graph_test$(EE) tests/unit/dag_test$(EE) tests/unit/bipgraph_test$(EE) tests/unit/weightedgraph_test$(EE) tests/unit/enum_test$(EE) tests/unit/enum_test$(EE) tests/unit/util_test$(EE) tests/unit/exceptions_test$(EE) tests/unit/properties_test$(EE) tests/unit/index_test$(EE) tests/unit/prob_test$(EE) tests/unit/factor_test$(EE) tests/unit/factorgraph_test$(EE) tests/unit/clustergraph_test$(EE) tests/unit/regiongraph_test$(EE) tests/unit/daialg_test$(EE) tests/unit/alldai_test$(EE)
-       echo Running unit tests...
+       @echo 'Running unit tests...(note: output containing "EXCEPTION" does not indicate an error)'
+       @echo
        tests/unit/var_test$(EE)
        tests/unit/smallset_test$(EE)
        tests/unit/varset_test$(EE)
@@ -154,6 +156,9 @@ unittests : tests/unit/var_test$(EE) tests/unit/smallset_test$(EE) tests/unit/va
        tests/unit/regiongraph_test$(EE)
        tests/unit/daialg_test$(EE)
        tests/unit/alldai_test$(EE)
+       @echo
+       @echo 'All unit tests completed successfully!'
+       @echo
 
 tests : tests/testdai$(EE) tests/testem/testem$(EE) tests/testbbp$(EE) $(unittests)
 
diff --git a/README b/README
index c3c674c..86261b6 100644 (file)
--- a/README
+++ b/README
@@ -2,8 +2,8 @@ libDAI  -  A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference
 
 -------------------------------------------------------------------------------
 
-Version:  git master
-Date:     August 11, 2010 (or later)
+Version:  0.2.7
+Date:     August 19, 2010
 See also: http://www.libdai.org
 
 -------------------------------------------------------------------------------
@@ -27,24 +27,23 @@ along with libDAI in the file COPYING. If not, see http://www.gnu.org/licenses/
 Citing libDAI
 
 If you write a scientific paper describing research that made substantive use
-of this program, please cite the software appropriately, by mentioning the
-fashion in which this software was used, including the version number.
+of this library, please cite the following paper describing libDAI:
 
-An appropriate citation would be:
+Joris M. Mooij;
+libDAI: A free & open source C++ library for Discrete Approximate Inference in
+graphical models;
+Journal of Machine Learning Research, in press, 2010.
 
-Joris M. Mooij et al. (2010) "libDAI 0.2.6: A free/open source C++ library for
-Discrete Approximate Inference", http://www.libdai.org
+In BiBTeX format (for your convenience):
 
-or in BiBTeX format:
-
-  @misc{mooij2010libdai,
-    author = "Joris M. Mooij et al.",
-    title = "lib{DAI} 0.2.6: A free/open source {C}++ library for {D}iscrete {A}pproximate {I}nference",
-    howpublished = "http://www.libdai.org/",
-    year = 2010
+  @article{mooij2010libDAI,
+    author  = {Joris M. Mooij},
+    title   = {lib{DAI}: A free & open source {C}++ Library for {D}iscrete {A}pproximate {I}nference in graphical models},
+    journal = {Journal of Machine Learning Research},
+    volume  = {in press},
+    year    = 2010
   }
 
-
 Moreover, as a personal note, I would appreciate it to be informed about any
 publications using libDAI at joris dot mooij at libdai dot org.
 
@@ -202,12 +201,16 @@ Building boost under Cygwin
 
         export PATH=$PATH:/boost_root/stage/lib
 
+
 Building libDAI
 
 To build the libDAI source, first copy a template Makefile.* to Makefile.conf
 (for example, copy Makefile.LINUX to Makefile.conf if you use GNU/Linux). Then,
-edit the Makefile.conf template to adapt it to your local setup. Especially
-directories may differ from system to system. Platform independent build
+edit the Makefile.conf template to adapt it to your local setup. In case you
+want to use Boost libraries which are installed in non-standard locations, you
+have to tell the compiler and linker about their locations (using the -I, -L
+flags for GCC; also you may need to set the LD_LIBRARY_PATH environment
+variable correctly before running libDAI binaries). Platform independent build
 options can be set in Makefile.ALL. Finally, run
 
   make
@@ -260,6 +263,7 @@ Because building boost under Windows is tricky, I provide some guidance here.
 
         bjam --with-graph --with-math --with-program_options --with-test link=static runtime-link=shared
 
+
 Building libDAI
 
 To build the source, copy Makefile.WINDOWS to Makefile.conf. Then, edit
index 7ce2486..baeb332 100644 (file)
@@ -35,8 +35,8 @@
 
 /** \mainpage Reference manual for libDAI - A free/open source C++ library for Discrete Approximate Inference methods
  *  \author Joris Mooij (with contributions of Frederik Eaton)
- *  \version git master
- *  \date August 11, 2010 (or later)
+ *  \version 0.2.7
+ *  \date August 19, 2010
  *
  *  <hr size="1">
  *  \section about About libDAI
  *  \section citations-citations Citing libDAI
  *
  *  If you write a scientific paper describing research that made substantive use
- *  of this program, please cite the software appropriately, by mentioning the 
- *  fashion in which this software was used, including the version number.
+ *  of this library, please cite the following paper describing libDAI:\n
  *
- *  An appropriate citation would be:\n
+ *  Joris M. Mooij;\n
+ *  libDAI: A free & open source C++ library for Discrete Approximate Inference in graphical models;\n
+ *  Journal of Machine Learning Research, in press, 2010.\n
  *
- *  Joris M. Mooij et al. (2010) "libDAI 0.2.6: A free/open source C++ library for Discrete 
- *  Approximate Inference", http://www.libdai.org
- *
- *  or in BiBTeX format:
+ *  In BiBTeX format (for your convenience):\n
  *  
  *  <pre>
- *  \@misc{mooij2010libdai,
- *    author = "Joris M. Mooij et al.",
- *    title = "lib{DAI} 0.2.6: A free/open source {C}++ library for {D}iscrete {A}pproximate {I}nference",
- *    howpublished = "http://www.libdai.org/",
- *    year = 2010
- *  }
- *  </pre>
+ *  \@article{mooij2010libDAI,
+ *    author  = {Joris M. Mooij},
+ *    title   = {lib{DAI}: A free \& open source {C}++ Library for {D}iscrete {A}pproximate {I}nference in graphical models},
+ *    journal = {Journal of Machine Learning Research},
+ *    volume  = {in press},
+ *    year    = 2010
+ *  }</pre>
  *
  *  Moreover, as a personal note, I would appreciate it to be informed about any
  *  publications using libDAI at joris dot mooij at libdai dot org.
  *
  *  To build the libDAI source, first copy a template Makefile.* to Makefile.conf
  *  (for example, copy Makefile.LINUX to Makefile.conf if you use GNU/Linux). 
- *  Then, edit the Makefile.conf template to adapt it to your local setup.
- *  Especially directories may differ from system to system. Platform independent
- *  build options can be set in Makefile.ALL. Finally, run
+ *  Then, edit the Makefile.conf template to adapt it to your local setup. In case
+ *  you want to use Boost libraries which are installed in non-standard locations,
+ *  you have to tell the compiler and linker about their locations (using the
+ *  -I, -L flags for GCC; also you may need to set the LD_LIBRARY_PATH environment 
+ *  variable correctly before running libDAI binaries). Platform independent build
+ *  options can be set in Makefile.ALL. Finally, run
  *  <pre>  make</pre>
  *  The build includes a regression test, which may take a while to complete.
  *