Documented all exceptions and did some general cleanups

Improved documentation of include/dai/emalg.h

Working on documentation of include/dai/emalg.h

Improved error messages of Evidence::addEvidenceTabFile

Improved documentation of include/dai/evidence.h

Improved documentation of include/dai/cbp.h

Cleaned up BBP and improved documentation of include/dai/bbp.h

Improved documentation of include/dai/bp_dual.h

Improved documentation of include/dai/gibbs.h

Improved documentation of include/dai/mr.h

Improved documentation of include/dai/lc.h

Improved documentation of include/dai/treeep.h

Added GPL license text to doxygen documentation

Improved documentation of include/dai/hak.h

Improved documentation of include/dai/jtree.h and did some cleanups

Improved documentation of include/dai/bp.h

Extended InfAlg interface with setProperties(), getProperties() and printProperties()

Improved documentation of include/dai/mf.h

Improved documentation of include/dai/exactinf.h

Fixed regressions in SWIG code

Declared class Diffs as obsolete

Improved documentation of include/dai/alldai.h and daialg.h, and
declared calcPairBeliefsNew() and calcMarginal2ndO() as obsolete

Little additional improvement of documentation of include/dai/util.h

Removed DAI_ACCMUT macro and improved documentation of include/dai/util.h

Fixed tests/testall.bat

Some cleanups of include/dai/prob.h

Cleanup of include/dai/factor.h

Cleaned up TProb<T> and some misc other stuff, improved State class, and
renamed PropertySet::allKeys() into PropertySet::keys()

Improved documentation of include/dai/properties.h

Fixed const qualifiers in VarSet

Replaced doubles by Reals, fixed two bugs

* Replaced all doubles by Reals where necessary
* Replaced constructor
    TFactor<T>::TFactor( const VarSet& vars, TIterator begin )
  by two constructors
    TFactor<T>::TFactor( const VarSet& vars, const T* p )
    TFactor<T>::TFactor( const VarSet& vars, const std::vector<S> &x )
* Fixed bugs (min and max were reversed) in
    TFactor<T> min( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
    TFactor<T> max( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )

Improved documentation of include/dai/regiongraph.h and did some cleanups

Improved documentation of include/dai/clustergraph.h

Fixed regression introduced by previous commit

Added EXACT to aliases/aliases.conf

Improved documentation of include/dai/factorgraph.h

Improved documentation of include/dai/weightedgraph.h

Improved documentation of factor.h

Improved documentation of include/dai/index.h

Documentation improvement, interface changes and new example:
* Renamed Permute::convert_linear_index into Permute::convertLinearIndex
  (and provided an alias for backwards compatibility)
* Added examples/example_permute.cpp
* Improved documentation of include/dai/index.h

Restored TProb<T>::makeZero, TProb<T>::makePositive, TFactor<T>::makeZero, TFactor<T>::makePositive but marked them obsolete

Updated ChangeLog and added TODO

Various cleanups and documentation improvements for SmallSet and Prob

Fixed bug in BipartiteGraph::eraseEdge and improved documentation

Fixed SWIG octave wrappers and added octave port of example_sprinkler

Merge branch 'pletscher'

Conflicts:

Makefile.CYGWIN
Makefile.LINUX
Makefile.MACOSX
Makefile.WINDOWS

Renamed directory python into swig

Added octave target and a README to SWIG wrappers

Added example_sprinkler.py, a python port of examples/example_sprinkler.cpp and added copyright headers

Added init parameter to HAK/GBP to allow for random initialization

Replaced the standard assert() macro by DAI_ASSERT

Introduced CCNODEBUGFLAGS in Makefile and added a constructor to TProb<T>

[Patrick Pletscher] Added experimental SWIG Python wrapper code

Updated copyright headers

Added max-product functionality to JTree

Fixed two regressions

Fixed tabs and trailing whitespaces

Fixed regression in TProb<T>

Improved coding style of recent changes by Charlie Vaske

Merge branch 'vaskeEmFix' of git://disco.cse.ucsc.edu/libDAI into mergeVaskeEmFix

Small documentation improvements

Various fixes

Cleaned up error handling by introducing the DAI_THROWE macro.

Introduced DAI_DEBASSERT macro to abbreviate a common pattern

Changed FactorGraph::clamp and DAIAlg::clamp interfaces

The variable to be clamped is now indicated by its index, not as a Var.
The old interface is marked obsolete

[Patrick Pletscher] Fixed performance issue in FactorGraph::clamp and FactorGraph::clampVar

EM bugfix. Convenience methods in Factor, Permute, Properties, EM.

 -- Bugfix: was using abs() instead of fabs() in determining EM termination,
    which caused a loss of precision.
 -- New constructor in Permute for canonical variable ordering
 -- New constructor in Factor that reorders variables to canonical ordering
 -- New accessor in Properties for getting all keys
 -- New function for getting inferred parameters

[Sebastian Nowozin] MEX file dai now also optionally returns the MAP state (only for BP)

[Sebastian Nowozin] Fixed memory leak in MatLab interface (dai.cpp)

Fixed clean_updates bug in BBP by commenting out this feature

Updated ChangeLog

Merge branch 'eaton'

Conflicts:

ChangeLog
Makefile
include/dai/daialg.h

Updated ChangeLog

Added CBP to README and to doxygen front page.

Updated ChangeLog

Cleanup of CBP code

Even more cleanup of BBP code

Cleanup of BBP code

Cleanup of BP_dual code

Marked the backwards compatibility edge interface of BipartiteGraph as obsolete

Various cleanups

MEX file dai now also returns variable and factor beliefs.

Added MatLab Quickstart to the README

Added Charlie Vaske to the list of contributors

Merge branch 'vaske'

Improved documentation and coding style of EM code

Fixed bug in MaxSpanningTree

Small cleanup of EM code

Polished EM code

Fixed testem failure caused by rounding error

Removed all the virtual default constructors *::create(), as they are not used.

Added BipartiteGraph::eraseEdge and some small cleanup

Cleaned up part of BP code

Improvements of TFactor<T>

- Extended functionality of TFactor<T>::operators +,-,+=,-= to handle different VarSets
- Added TFactor<T>::maxMarginal (similar to marginal but with max instead of sum)

Renamed SampleData->Observation, changed Observation and Evidence
by removing Observation::_name and changing the Evidence::_samples
variable from map<string,Observation> to vector<Observation>

Added EM code by Charlie Vaske (and cleaned up the style a bit)

Full command line inference and tests

First working version of EM

Fixed FTBFS bug on Windows

Fixed a Windows build issue
(removed include <ext/hash_map> in include/dai/bbp.h)