libdai.git
11 years agoMerge branch 'no-edges2'
Joris Mooij [Mon, 8 Sep 2008 14:18:16 +0000 (16:18 +0200)]
Merge branch 'no-edges2'

11 years agoPervasive change of BipartiteGraph implementation
Joris Mooij [Mon, 8 Sep 2008 14:14:10 +0000 (16:14 +0200)]
Pervasive change of BipartiteGraph implementation

- Added conditional compilation of inference methods
- New implementation of BipartiteGraph: it does not store the
node properties anymore, and nor does it store an adjacency
matrix. Instead, it stores lists of neighbors. An easy way
of iterating over neighbors is to use boost::foreach.
- Interface changes in FactorGraph:
  * delta(const Var &) -> delta(size_t)
  * Delta(const Var &) -> Delta(size_t)
  * makeCavity(const Var &) -> makeCavity(size_t)
  * removed MakeFactorCavity(size_t)
  * removed ExactMarginal(const VarSet &)
  * removed ExactlogZ()
  * removed isConnected() (moved to BipartiteGraph)
  * vars() -> vars
  * factors() -> factors
- Interface changes in RegionGraph:
  * nr_ORs() -> nrORs()
  * nr_IRs() -> nrIRs()
  * ORs() -> ORs
  * IRs() -> IRs
- Fixed typo in utils/fg2dot.cpp

11 years agoFixed little bug in fg2dot.cpp
Joris Mooij [Fri, 5 Sep 2008 15:25:33 +0000 (17:25 +0200)]
Fixed little bug in fg2dot.cpp

11 years ago* Contributions by Giuseppe Passino in dai::TProb.
Joris Mooij [Wed, 3 Sep 2008 15:49:42 +0000 (17:49 +0200)]
* Contributions by Giuseppe Passino in dai::TProb.

- removed copy constructor and assignment operators (redundant)
- implementation of some methods via STL algorithms
- added methods takeExp, takeLog, takeLog0 for transformation in-place
- explicit constructor (prevents implicit conversion from size_t to TProb)
- added operator+,+=,-,-=, with argument T (for calculations in log-scale)

11 years agoMisc small changes:
Joris Mooij [Wed, 3 Sep 2008 13:25:26 +0000 (15:25 +0200)]
Misc small changes:

* Renamed DEBUG to DAI_DEBUG to avoid conflicts
* Renamed variable _N in mr.* for compatibility with g++ under cygwin

11 years agoPartial adoption of contributions by Giuseppe:
Joris Mooij [Mon, 25 Aug 2008 21:03:30 +0000 (23:03 +0200)]
Partial adoption of contributions by Giuseppe:
* removed "using namespace std;" from header files - bad practice
* moved header files in include/dai and sources in src
* changed #ifndefs in headers to GNU style
* added extra warning checks (-W -Wextra) and fixed resulting warnings

11 years agoAdopted contributions by Christian.
Joris Mooij [Mon, 25 Aug 2008 09:25:48 +0000 (11:25 +0200)]
Adopted contributions by Christian.
* Contributions by Christian, resulting in vast speed and memory improvements
  for large factor graphs:
  - Sparse implementation of nodes->edge conversion table _E12ind in bipgraph.h
  - New FactorGraph constructor that constructs from given ranges of factors
    and variables
  - Optimization of FactorGraph constructors
* FactorGraph constructors no longer check for short loops and for
  negative entries. Also, the normtype is now Prob::NORMPROB by default.
* Moved everything into namespace "dai"

11 years agoInitial commit of libDAI-0.2.1
Joris Mooij [Sat, 23 Aug 2008 10:52:23 +0000 (12:52 +0200)]
Initial commit of libDAI-0.2.1

11 years agoThird test commit.
Joris Mooij [Wed, 20 Aug 2008 12:32:40 +0000 (14:32 +0200)]
Third test commit.

11 years agoSecond test commit
Joris Mooij [Wed, 20 Aug 2008 10:53:25 +0000 (12:53 +0200)]
Second test commit

12 years agoInitial commit (just a test)
Joris Mooij [Mon, 19 May 2008 09:26:58 +0000 (11:26 +0200)]
Initial commit (just a test)