Made members Neighbor, Neighbors and Edge of Graph, BipartiteGraph and DAG global

Added functionality for reading files in the UAI approximate inference challenge format

Improved tokenizeString

Removed "optimized" code from ClusterGraph

Fixed a bug (introduced in commit 64db6bc3...) and another one in Factors2mx

Some small documentation updates

Added source code for one of the winning solvers of the UAI 2010 Approximate Inference Challenge

Improved VarSet and the GIBBS alias

Fixed bug in BP (introduced in commit b8f96214...) and added regression test for DECMAP

Improved ClusterGraph and JTree (added 'maxmem' property)

Improved HAK (added 'maxtime' property)

Improved TreeEP (added 'maxtime' property)

Improved Gibbs and added FactorGraph::logScore( const std::vector<size_t>& statevec )

Improved BP (added 'maxtime' property)

Added some unit tests that I forgot earlier

Added fromString<>( const std::string& x )

Added SmallSet::erase( const T& t )

Added decimation algorithm DECMAP

[Peter Rockett] Improved Makefiles for image segmentation example.

Updated documentation of dai.m (suggested by Kevin Murphy)

Merge branch 'master' of git@git.tuebingen.mpg.de:libdai

Added backwards compatability code for example_imagesegmentation

Improved performance of TreeEP constructor

Removed deprecated interfaces

Miscellaneous improvements in FactorGraph, Permute, HAK

* Added FactorGraph::isMaximal(size_t) and FactorGraph::maximalFactor(size_t)
* Added optional reverse argument to Permute::Permute( const std::vector<Var>& )
  constructor
* Added Permute::ranges() accessor
* Added Permute::inverse() method
* Optimized region graph construction for HAK/GBP with clusters=BETHE

Merge branch 'master' of git.tuebingen.mpg.de:libdai

Fixed three minor issues

Fixed two problems related to g++ 4.0.0 on Darwin 9.8.0

- Moved isnan() into dai namespace
- Added workaround for standard library implementations that
  cannot compare const_reverse_iterator and reverse_iterator

Fixed wrong version number in documentation and README

Finished a new release: libDAI 0.2.5

Added DAG class and various minor improvements

Hopefully the final change to make the regression test reproducible!

Improved regression test (again) to make it reproducible

Improved regression test

Build process now continues if compilation of example_imagesegmentation is not succesful

Cleaned up example_imagesegmentation

Changed to newer CImg interface and fixed two regressions

Added example_imagesegmentation, BipartiteGraph::nb1Set() and nb2Set()

[Ofer Meshi] Added a script to convert from FastInf fileformat to libDAI fileformat

Added toString(const T&), cleaned up utils/uai2fg and added tests/twofactors.fg

Fixed a small regression problem (MF is now uniformly initialized, like it used to be)

Fixed a bug in TreeEP related to disconnected factor graphs

Merge branch 'master' of git.tuebingen.mpg.de:libdai

Conflicts:
ChangeLog

Added utils/uai2fg, ExactInf::findMaximum(), and fixed two bugs

Merge branch 'master' of git@git.tuebingen.mpg.de:libdai

Conflicts:

ChangeLog
tests/testfast.out

Improved mf.h/cpp by adding "init" and "updates" options

utils/createfg: added 'ISINGUNIFORM' factor type, renamed 'ISING' into 'ISINGGAUSS'

TreeEP now also supports disconnected factor graphs

JTree now handles disconnected factor graphs

Undid JunctionTree modification to handle multiple components, since it was buggy

Merge branch 'master' of git.tuebingen.mpg.de:libdai

Fixed some issues with prob and factor unit tests under CygWIN

Merge branch 'master' of git.tuebingen.mpg.de:libdai

JunctionTree now handles factor graphs with multiple connected components

Merge branch 'master' of git.tuebingen.mpg.de:libdai

Made some CygWIN related changes

Improved floating point aspects of prob and factor unit tests

Fixed a bug in Factor::Factor( const VarSet&, const std::vector<S>& ) constructor

Renamed unit tests

Made all "verbose" properties optional and unit tests should now also work on WINDOWS

Wrote alldai.h/cpp unit tests

[Stefan Pellegrini] Fixed a bug in JTree::findMaximum()

Wrote daialg.h/cpp unit test

Some small fixes

- Added operator<<( std::ostream&, const GraphAL& )
- Fixed a bug in FactorGraph::MarkovGraph()
- Fixed some build issues for the MatLab interface

Miscellaneous improvements to regiongraph, factorgraph and bipgraph, and finished regiongraph unit tests

* Improved regiongraph.h/cpp:
  - Renamed RegionGraph::calcCountingNumbers() into
    RegionGraph::calcCVMCountingNumbers() and made it protected, because
    exposing it to the world serves no purpose.
  - Added RegionGraph::DAG() accessor which returns a reference to the
    region graph DAG structure (currently implemented as a BipartiteGraph)
  - Made RegionGraph::RecomputeORs(), RegionGraph::RecomputeORs( const VarSet& )
    and RegionGraph::RecomputeOR( size_t ) protected and renamed them by changing
    the "Recompute" into "recompute", because exposing them to the world serves no
    purpose.
  - RegionGraph::WriteToFile( const char* ), RegionGraph::ReadFromFile( const char * )
    and RegionGraph::printDot( std::ostream& ) incorrectly called their respective
    FactorGraph ancestor methods; this has been corrected by letting them throw a
    NOT_IMPLEMENTED exception.
  - Changed the way a RegionGraph is streamed to an std::ostream.
* Improved factorgraph.h/cpp:
  - Deprecated the iterator interface:
    o FactorGraph::iterator typedef
    o FactorGraph::const_iterator typedef
    o FactorGraph::begin() members
    o FactorGraph::end() members
  - Deprecated FactorGraph::factor(size_t) which offered write access to a factor
    because using this functionality in the descendant RegionGraph is dangerous,
    as the outer regions are not automatically recomputed.
* Improved bipgraph.h/cpp:
  - Added operator<<( std::ostream&, const BipartiteGraph& )

Fixed some bugs in the previous commit

Some improvements to jtree and regiongraph and started work on regiongraph unit tests

* Improved jtree.h/cpp:
  - changed JTree::construct( const std::vector<VarSet>&, bool ) into
    JTree::construct( const FactorGraph&, const std::vector<VarSet>&, bool )
  - changed JTree::GenerateJT( const std::vector<VarSet> & )
    into JTree::GenerateJT( const FactorGraph &, const std::vector<VarSet> & )
* Improved regiongraph.h/cpp:
  - Made (previously public) members RegionGraph::G, RegionGraph::ORs,
    RegionGraph::IRs and RegionGraph::fac2OR protected.
  - Removed partial constructor RegionGraph::RegionGraph( const FactorGraph& fg )
  - Added some error checking code

Improved clustergraph.h/cpp code and wrote unit tests

* Improved clustergraph.h/clustergraph.cpp:
  - Made (previously public) members G, vars and clusters private and added
    bipGraph(), vars() and clusters() methods which offer read-only access to
    these members.
  - Deprecated toVector()
  - Added nrVars() method
  - Renamed size() method into nrClusters()
  - Added var( size_t ) method
  - Added cluster( size_t ) method

Wrote exceptions, factorgraph unit tests and several other improvements

* Wrote exceptions.h/cpp unit tests
* Wrote factorgraph.h/cpp unit tests
* Improved bipgraph.h/cpp:
  - Added BipartiteGraph::operator==( const BipartiteGraph& )
  - Added BipartiteGraph( size_t nr1, size_t nr2 ) constructor
* Improved graph.h/cpp:
  - Added GraphAL::operator==( const GraphAL& )
* Improved smallset.h/cpp:
  - Added SmallSet& insert( const T& t )
* Improved factorgraph.h/factorgraph.cpp:
  - FactorGraph::clamped() now contains a delta factor for the clamped variable
  - Renamed FactorGraph::Cliques() into FactorGraph::maximalFactorDomains()
  - Added FactorGraph::MarkovGraph()
  - Fixed bug in FactorGraph::clone()
  - FactorGraph::findVars( const VarSet& ) now returns a SmallSet<size_t>
    and its argument now has a const-qualifier (which fixes a small bug)
  - Made previously public member G private and added the bipGraph() method,
    which offers read-only access to it

Improved prob.h/cpp code:

- Deprecated TProb::TProb( TIterator begin, TIterator end, size_t sizeHint=0 )
  constructor: the sizeHint argument no longer defaults to 0
- Deprecated TProb::accumulate( T init, binOp op1, unOp op2 );
  instead, TProb::accumulateSum( T init, unOp op ) and
  TProb::accumulateMax( T init, unOp op, bool minimize ) should be used.
- Deprecated TProb::NormType and TProb::DistType;
  ProbNormType and ProbDistType should be used instead.

Improved factor.h/cpp code and finished corresponding unit tests

- Fixed bug in min( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
- Fixed bug in max( const TFactor<T> &, const TFactor<T> & )
- Added TFactor<T>::takeAbs()
- Added TFactor<T>::takeExp()
- Added TFactor<T>::takeLog( bool )
- Added TFactor<T>::operator-() const
- Renamed TFactor<T>::states() into TFactor<T>::nrStates()

Improved MatLab build process and some smaller misc changes

- Added TFactor<T>::sumAbs() const
- Added TFactor<T>::operator=( const TFactor<T> &y )
- Added TProb<T>::resize(size_t, T)
- Improved Makefile (MatLab interface builds more reliably now)

Merge branch 'master' of git@git.tuebingen.mpg.de:libdai

Fixed some bugs and deprecated non-const operator[] of Prob,Factor

* Fixed some bugs in the MatLab interface build system
* Fixed a bug in utils/fginfo.cpp
* Added GraphEL::GraphEL( const GraphAL& G ) constructor
* Improved factor.h/cpp:
  - Added get(size_t) and set(size_t,T) operators; get() is
    equivalent to "operator[](size_t) const" and set() should
    be used instead of the non-const operator[], which has been deprecated
* Improved prob.h/cpp:
  - Added get(size_t) and set(size_t,T) operators; get() is
    equivalent to "operator[](size_t) const" and set() should
    be used instead of the non-const operator[], which has been deprecated

Started work on factor.h/cpp unit tests

Improved prob.h/cpp code and unit tests

  - TProb<T>::accumulate() now also applies op2 to init
  - Fixed bug by renaming TProb<T>::operator<=() to TProb<T>::operator<()
  - TProb<T>& operator/= (T x) now yields 0 when dividing by 0
  - Changed format of TProb<T> when streamed to an ostream

Added TProb<T>::operator==( const TProb<T> & ) and added some unit tests for prob.h/cpp

Added multifor::reset() and wrote index.h/cpp unit tests

Fixed bug in properties.cpp unit tests

Improved properties.h/cpp and added unit tests

* Improved properties.h/cpp:
  - Renamed PropertySet::Set() -> PropertySet::set()
  - Renamed PropertySet::Get() -> PropertySet::get()
  - Renamed PropertySet::GetAs<T>() -> PropertySet::getAs<T>()
  - Renamed PropertySet::ConvertTo<T>() -> PropertySet::convertTo<T>()
  - Added PropertySet::size()
  - Added PropertySet::clear()
  - Added PropertySet::erase()
  - Fixed bug in PropertySet::setAsString<T>()

Cleaned up enum and weightedgraph unit tests

Fixed a bug in the Kruskal part of MinSpanningTree

Improved util.h/cpp and added unit tests

  - Fixed a bug in rnd_seed()
  - Removed Real max( const std::vector<Real> &v )

Added unit tests for Enum

Improved WeightedGraph code and added unit tests

  - Renamed MaxSpanningTreePrims into MaxSpanningTree
  - Renamed MinSpanningTreePrims into MinSpanningTree
  - Added option to MaxSpanningTree and MinSpanningTree for
    choosing between Prim's algorithm and Kruskal's algorithm
  - More error checking in RootedTree constructor

Improved BipartiteGraph code, BipartiteGraph and Graph unit tests

- Added BipartiteGraph::hasEdge()
- Added BipartiteGraph::findNb1()
- Added BipartiteGraph::findNb2()
- BipartiteGraph::delta1() and BipartiteGraph::delta2() now
  return a SmallSet<size_t> instead of a vector<size_t>
- The sizeHint argument of the iterator constructor
    SmallSet::SmallSet( TIterator begin, TIterator end, size_t sizeHint=0 )
  no longer has a default value in order to avoid confusion with the
    SmallSet::SmallSet( const T &t1, const T &t2 )
  constructor.
- Improved BipartiteGraph unit test cases
- Improved Graph unit test cases

Added BipartiteGraph unit tests and fixed some bugs

  - Fixed bug in BipartiteGraph::eraseNode1()
  - Fixed bug in BipartiteGraph::eraseNode2()
  - Fixed bug in BipartiteGraph::isTree()
  - Fixed bug in GraphAL::eraseNode()

Working on BipGraph unit tests

Added GraphAL unit tests, fixed 6 bugs in GraphAL and added functionality:

  - Fixed bug in GraphAL::nrEdges()
  - Fixed bug in GraphAL::addEdge()
  - Fixed bug in GraphAL::isTree()
  - Fixed bug in GraphAL::printDot()
  - Fixed bug in createGraphGrid3D()
  - Fixed bug in createGraphRegular()
  - Added GraphAL::hasEdge(size_t,size_t)
  - Removed RandomDRegularGraph()

Added unit tests for VarSet

Compressed Makefile and added unit tests for SmallSet

Added unit tests for Var

Added unit testing framework

Added initialization of TRWBP weights by sampling spanning trees

Cleaned up MR code

Rewrote implementation of response propagation in MR

Fixed bug in BBPCostFunction::operator=() which prevented desired assignment from happening

[Stefano Pellegrini] Fixed bug in BP[logdomain=1,inference=MAXPROD]

Removed deprecated interfaces

Finished release 0.2.4