+ changed interface array_function to array_class
[qpalma.git] / QPalmaDP / qpalma_dp.cpp
index 42ede4e..cb6cb8c 100644 (file)
@@ -113,16 +113,23 @@ void Alignment::myalign(int nr_paths_p, char* dna, int dna_len_p, char* est,
   /***************************************************************************/
   int result_length; //Eine Variable fuer alle Matrizen
 
+  printf("before init of splice_align and rest...\n");
+
   splice_align = new int[(dna_len-1)*nr_paths];
   est_align = new int[(est_len-1)*nr_paths];
   mmatrix_param = new int[(mlen*mlen)*nr_paths];
-  alignmentscores[nr_paths]; //alignment score for each path/matrix
+  alignmentscores = new double[nr_paths]; //alignment score for each path/matrix
+
+  printf("Lengths are %d %d %d...\n",dna_len,est_len,mlen);
+  printf("before memset...\n");
 
   memset((char*)splice_align, -1, (dna_len-1)*nr_paths*sizeof(int)); // fills splice_align with zeros
   memset((char*)est_align, -1, (est_len-1)*nr_paths*sizeof(int)); // fills est_align with zeros
   memset((char*)mmatrix_param, 0, mlen*mlen*nr_paths*sizeof(int)); //fills mmatrix_param with zeros
   memset(alignmentscores, -1, nr_paths*sizeof(double)); //fills alignmentscores with zeros
   
+  printf("after memset...\n");
+
   for (int z=0; z<nr_paths; z++) {      
     result_length = 0 ;
     
@@ -174,16 +181,6 @@ void Alignment::myalign(int nr_paths_p, char* dna, int dna_len_p, char* est,
     
   } //end of z
 
-  printf("Store return arguments...\n");
-
-   
-  // spliceAlign
-  // estAlign
-  // weightmatch
-  // alignmentScore
-  // dnaest
-
-
   printf("Leaving myalign...\n");
 }