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[qpalma.git] / QPalmaDP / qpalma_dp.h
index 2e5b394..80173a7 100644 (file)
@@ -76,6 +76,12 @@ class Alignment {
       int mlen;
       int nr_paths;
 
+      uint splice_align_size ;
+      uint est_align_size ;
+      uint mmatrix_param_size ;
+      uint alignmentscores_size ;
+      uint qScores_size ;
+
       struct penalty_struct* qualityScoresAllPaths;
 
       INT len;
@@ -103,9 +109,6 @@ class Alignment {
 
          if(alignmentscores != 0)
             delete[] alignmentscores;
-
-         if(qualityMatrix != 0)
-            delete[] qualityMatrix;
       }
 
       void myalign(int nr_paths_p, char* dna, int dna_len_p, char* est,
@@ -114,8 +117,6 @@ class Alignment {
       int a_len, struct penalty_struct* qualityScores, bool remove_duplicate_scores,
       bool print_matrix);
 
-      void setMatchPlifs(struct penalty_struct match_plifs,int idx);
-
       void penSetLength(int l) { len = l; }
       void penSetLimits(REAL* lts) { 
          limits = new REAL[len];