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[qpalma.git] / QPalmaDP / qpalma_dp.h
index dbaf896..80173a7 100644 (file)
@@ -33,7 +33,7 @@ void fill_matrix (int nr_paths, Pre_score* matrices[], int len_est, int len_dna,
 
 int check_char(char base);
 
-bool result_align (Pre_score* matrices[], int matrixnr, int i,  int j, int* result_length_ptr, char* est, char* dna, int* s_align, int* e_align, int* m_param, double* alignmentscores, int* max_score_positions );
+bool result_align (Pre_score* matrices[], int matrixnr, int i,  int j, int* result_length_ptr, char* est, char* dna, double* prb, double* chastity,  int* s_align, int* e_align, int* m_param, double* alignmentscores, int* max_score_positions, penalty_struct* qparam);
 
 extern void print_align(Pre_score* matrix, int length_est,  int length_dna, Align_pair* vektor, int result_length, int print_matrix);
 
@@ -76,7 +76,13 @@ class Alignment {
       int mlen;
       int nr_paths;
 
-      struct penalty_struct* matching_plifs;
+      uint splice_align_size ;
+      uint est_align_size ;
+      uint mmatrix_param_size ;
+      uint alignmentscores_size ;
+      uint qScores_size ;
+
+      struct penalty_struct* qualityScoresAllPaths;
 
       INT len;
       REAL *limits;
@@ -103,9 +109,6 @@ class Alignment {
 
          if(alignmentscores != 0)
             delete[] alignmentscores;
-
-         if(qualityMatrix != 0)
-            delete[] qualityMatrix;
       }
 
       void myalign(int nr_paths_p, char* dna, int dna_len_p, char* est,
@@ -114,8 +117,6 @@ class Alignment {
       int a_len, struct penalty_struct* qualityScores, bool remove_duplicate_scores,
       bool print_matrix);
 
-      void setMatchPlifs(struct penalty_struct match_plifs,int idx);
-
       void penSetLength(int l) { len = l; }
       void penSetLimits(REAL* lts) { 
          limits = new REAL[len];
@@ -126,7 +127,7 @@ class Alignment {
       void setQualityMatrix(double* qMat, int length);
       void getDNAEST();
       void getAlignmentResults(int* s_align, int* e_align,
-      int* mmatrix_p, double* alignscores);
+      int* mmatrix_p, double* alignscores, penalty_struct* qScores);
 };
 
 #endif  // _QPALMA_DP_H_