+ update makefiles to fetch automatically valid Python includes and libs
[qpalma.git] / doc / qpalma-manual.tex
index 2bbbe87..1fd7255 100644 (file)
@@ -251,7 +251,6 @@ key = value
 \end{center}
 and ``\#'' for lines containing comments.
 
-
 \subsection{Read format and internal representation}
 
 The read input files for \QP contain the read sequences with their quality as
@@ -263,7 +262,7 @@ corresponds to one short read. Each line has six tab-separated entries, namely:
 \item unique read id
 \item chromosome/contig id
 \item position of match in chromosome/contig (0-based, relative to positive strand)
-\item strand 
+\item strand [D/P or +/-]
 \item read sequence (in strand specific direction)
 \item read quality (in strand specific direction)
 \end{enumerate}