+ added some docu
[qpalma.git] / doc / qpalma.tex
index 55c96c5..f338fb8 100644 (file)
@@ -88,6 +88,18 @@ check\_dataset\_consistency.py script.
 Performs sanity checking of the configurations file(s). Initializes needed
 directories.
 
 Performs sanity checking of the configurations file(s). Initializes needed
 directories.
 
+\section{Training}
+
+QPalma needs some training examples
+For the training you need:
+
+\begin{itemize}
+\item Training examples i.e. correct alignments (you can artificially generate those see \ref)
+\item Splice site predictions
+\item Flat file of the genomic sequence
+\item VMatch 
+\end{itemize}
+
 
 \section{Data Standards}
 
 
 \section{Data Standards}