+ added code for negative strand processing
[qpalma.git] / dyn_prog / qpalma_dp.cpp
index d52e0fe..a20af18 100644 (file)
@@ -105,7 +105,7 @@ void Alignment::myalign(int nr_paths_p, char* dna, int dna_len_p, char* est,
    //   printf("%d %f %f\n",h_idx,h.limits[h_idx],h.penalties[h_idx]);
   
   //printf("calling fill_matrix...\n");
-  fill_matrix(nr_paths, matrices, est_len, dna_len, est, dna, prb, &h, matchmatrix, qualityScores, donor, acceptor, remove_duplicate_scores, nr_donor_sites, donor_sites, max_score_positions,currentMode);
+  fill_matrix(nr_paths, matrices, est_len, dna_len, est, dna, prb, &h, matchmatrix, qualityScores, donor, acceptor, remove_duplicate_scores, nr_donor_sites, donor_sites, max_score_positions);
   //printf("after call to fill_matrix...\n");
 
   /***************************************************************************/