+ fixed some index bugs in the evaluation
[qpalma.git] / dyn_prog / test_fill_matrix.cpp
index 2e08e96..b6d47ae 100644 (file)
@@ -2,6 +2,8 @@
 #include <stdlib.h>
 #include <fstream>
 #include <sstream>
+#include <ctime>
+#include <sys/timeb.h>  
 using namespace std;
 
 #include "qpalma_dp.h"
@@ -158,8 +160,19 @@ int main(int argc, char** argv){
    int* max_score_positions = new int[nr_paths*2];
    mode currentMode = USE_QUALITY_SCORES;
 
+   //time_t startTime;
+   //time_t endTime;
+
    printf("calling fill_matrix\n");
-   fill_matrix(nr_paths, matrices, est_len, dna_len, est, dna, prb, &functions, matchmatrix, qualityScores, donor, acceptor, remove_duplicate_scores, nr_donor_sites, donor_sites, max_score_positions);
+
+   //time(&startTime);
+
+   for(idx=0;idx<1;idx++)
+      fill_matrix(nr_paths, matrices, est_len, dna_len, est, dna, prb, &functions, matchmatrix, qualityScores, donor, acceptor, remove_duplicate_scores, nr_donor_sites, donor_sites, max_score_positions);
+
+   //time(&endTime);
+
+   //printf ("Scan time: %6.3f\n", difftime(endTime,startTime));
 
    printf("End of test_fm \n");
 }