+ added feature calculation for the labels
[qpalma.git] / python / Configuration.py
index 187bc9e..8ccba2b 100644 (file)
@@ -30,3 +30,48 @@ fixedParam = numpy.matlib.mat([[ 0.62870709], [ 0.7012026 ], [ 0.60236784],
        [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
        [ 0.4177651 ], [ 0.01360547], [ 0.29069319]])
 
+###########################################################
+#
+# The parameters for the QPalma algorithm
+#
+#
+
+C = 1.0
+
+# 'normal' means work like Palma 'using_quality_scores' means work like Palma
+# plus using sequencing quality scores
+
+#mode = 'normal'
+mode = 'using_quality_scores'
+
+# Here we specify the total number of parameters.
+
+
+# When using quality scores our scoring function is defined as
+#
+# f: S x R x S -> R
+# 
+# as opposed to a usage without quality scores when we only have
+# 
+# f: S x S -> R 
+#
+numDonSuppPoints     = 30
+numAccSuppPoints     = 30
+numLengthSuppPoints  = 30 
+numQualSuppPoints    = 10
+
+if mode == 'normal':
+   sizeMMatrix          = 36
+   numQualPlifs = 0
+elif mode == 'using_quality_scores':
+   sizeMMatrix          = 36 
+   numQualPlifs = 5*5
+else:
+   assert False, 'Wrong operation mode specified'
+
+totalQualSuppPoints = numQualPlifs*numQualSuppPoints
+
+numFeatures = numDonSuppPoints + numAccSuppPoints\
++ numLengthSuppPoints + sizeMMatrix + totalQualSuppPoints 
+
+