+ added small program for intron-position comparison
[qpalma.git] / qpalma / Configuration.py
index 44b9be5..7a84d66 100644 (file)
@@ -1,15 +1,21 @@
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
 
-import numpy.matlib
 import os.path
 import cPickle
 
+#
+# choose a path where all results of the QPalma pipeline will be stored
+#
+
+result_dir = '/fml/ag-raetsch/home/fabio/tmp/newest_run'
+
+
 ###############################################################################
 # Load a random but fixed initial parameter vector this makes debugging easier
 ###############################################################################
 
-fixedParamQ = cPickle.load(open('/fml/ag-raetsch/home/fabio/svn/projects/QPalma/scripts/randInitParam.pickle'))
+#fixedParamQ = cPickle.load(open('/fml/ag-raetsch/home/fabio/svn/projects/QPalma/scripts/randInitParam.pickle'))
 
 ###############################################################################
 #
@@ -24,7 +30,7 @@ fixedParamQ = cPickle.load(open('/fml/ag-raetsch/home/fabio/svn/projects/QPalma/
 #min_qual = -5
 #max_qual = 40
 
-numConstraintsPerRound = 5
+numConstraintsPerRound = 50
 
 ###############################################################################
 # 
@@ -101,9 +107,10 @@ print_matrix            = False
 anzpath                 = 2
 
 if mode == 'normal':
-   fixedParam = fixedParamQ
+   #fixedParam = fixedParamQ
+   fixedParam = None
 elif mode == 'using_quality_scores':
-   fixedParam = fixedParamQ
+   fixedParam = None
 else:
    assert False, 'Wrong operation mode specified'
 
@@ -113,10 +120,10 @@ else:
 #
 ###############################################################################
 training_begin    =  0
-training_end      =  50
+training_end      =  10000
 
-prediction_begin  =  50
-prediction_end    =  3000
+prediction_begin  =  10000
+prediction_end    =  40000
 
 joinp = os.path.join
 
@@ -145,3 +152,40 @@ assert os.path.exists(dna_flat_fn), 'DNA data does not exist!'
 
 extended_alphabet = ['-','a','c','g','t','n','[',']']
 alphabet          = ['-','a','c','g','t','n']
+
+###############################################################################
+#
+# Settings for the VMatch pipeline steps
+#
+###############################################################################
+
+reads_location = ''
+
+#
+# First VMatch step 
+#
+
+mismatches_1      = 2
+end_gap_1         = 0 
+repeat_mapping_1  = 1
+seedlength_1      = 9
+suffixtree_1      = '/media/oka_raid/nobackup/data/Vmatch/ATH/ATH1.v5.seed9.fa'
+
+#
+# Second VMatch step 
+#
+
+mismatches_2      = 1
+sub_mismatches_2  = 1
+min_short_end_2   = 14
+repeat_mapping_2  = 1
+seedlength_2      = 9
+suffixtree_2      = '/media/oka_raid/nobackup/data/Vmatch/ATH/ATH1.v5.seed9.fa'
+
+#
+#
+# do not modify anything below this line
+#
+#
+
+conf_object_path = os.path.join(result_dir,'config_object.pickle')