+ added small program for intron-position comparison
[qpalma.git] / qpalma / Configuration.py
index cba6041..7a84d66 100644 (file)
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
 
-import numpy.matlib
 import os.path
+import cPickle
 
-fixedParamQ = numpy.matlib.mat(
-[[ 0.62870709], [ 0.7012026 ], [ 0.60236784],
-       [ 0.51316259], [ 0.20220814], [ 0.70324863], [ 0.37218684], [ 0.82178927],
-       [ 0.51316259], [ 0.20220814], [ 0.70324863], [ 0.37218684], [ 0.82178927],
-       [ 0.51316259], [ 0.20220814], [ 0.70324863], [ 0.37218684], [ 0.82178927],
-       [ 0.51316259], [ 0.20220814], [ 0.70324863], [ 0.37218684], [ 0.82178927],
-       [ 0.60394866], [ 0.70371272], [ 0.07548074], [ 0.63412803], [ 0.97442266],
-       [ 0.13216791], [ 0.71041168], [ 0.2093887 ], [ 0.35227344], [ 0.3405142 ],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
-       [ 0.60394866], [ 0.70371272], [ 0.07548074], [ 0.63412803], [ 0.97442266],
-       [ 0.13216791], [ 0.71041168], [ 0.2093887 ], [ 0.35227344], [ 0.3405142 ],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
-       [ 0.60394866], [ 0.70371272], [ 0.07548074], [ 0.63412803], [ 0.97442266],
-       [ 0.13216791], [ 0.71041168], [ 0.2093887 ], [ 0.35227344], [ 0.3405142 ],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
-       [ 0.60394866], [ 0.70371272], [ 0.07548074], [ 0.63412803], [ 0.97442266],
-       [ 0.13216791], [ 0.71041168], [ 0.2093887 ], [ 0.35227344], [ 0.3405142 ],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-       [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-       [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-       [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-       [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-       [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-       [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-       [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-       [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-       [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-       [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-       [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-       [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-       [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-       [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-       [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-       [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-       [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-       [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
-       [ 0.4177651 ], [ 0.01360547], [ 0.29069319]
-       ])
-
-fixedParam = numpy.matlib.mat([[ 0.62870709], [ 0.7012026 ], [ 0.60236784],
-  [ 0.51316259], [ 0.20220814], [ 0.70324863], [ 0.37218684], [ 0.82178927],
-  [ 0.60394866], [ 0.70371272], [ 0.07548074], [ 0.63412803], [ 0.97442266],
-  [ 0.13216791], [ 0.71041168], [ 0.2093887 ], [ 0.35227344], [ 0.3405142 ],
-  [ 0.69677236], [ 0.41673747], [ 0.564245  ], [ 0.37613432], [ 0.88805642],
-  [ 0.88691608], [ 0.69476752], [ 0.81659504], [ 0.17801859], [ 0.71048235],
-  [ 0.08188783], [ 0.54884803], [ 0.84039558], [ 0.6982093 ], [ 0.41686176],
-  [ 0.38568873], [ 0.29401347], [ 0.12704074], [ 0.30640858], [ 0.89578031],
-  [ 0.84621571], [ 0.11783439], [ 0.0944695 ], [ 0.34081575], [ 0.44157643],
-  [ 0.77847185], [ 0.04283567], [ 0.45107823], [ 0.89789891], [ 0.41045519],
-  [ 0.49073531], [ 0.29727627], [ 0.94711483], [ 0.24898204], [ 0.26181212],
-  [ 0.71760957], [ 0.60326883], [ 0.80887576], [ 0.09448718], [ 0.88064525],
-  [ 0.84317654], [ 0.48893703], [ 0.24847021], [ 0.84203596], [ 0.34104156],
-  [ 0.75604701], [ 0.91703057], [ 0.69325475], [ 0.61276969], [ 0.16335226],
-  [ 0.4684374 ], [ 0.16553371], [ 0.79594434], [ 0.6440283 ], [ 0.80922237],
-  [ 0.5349296 ], [ 0.31924316], [ 0.10960695], [ 0.40151062], [ 0.50473641],
-  [ 0.14812671], [ 0.73523169], [ 0.35141625], [ 0.80364238], [ 0.02128181],
-  [ 0.0061226 ], [ 0.34541924], [ 0.07694485], [ 0.05551339], [ 0.23087636],
-  [ 0.87016395], [ 0.31682377], [ 0.27375113], [ 0.72226332], [ 0.62914149],
-  [ 0.59236012], [ 0.2070238 ], [ 0.52390942], [ 0.11894098], [ 0.55725917],
-  [ 0.72706009], [ 0.087196  ], [ 0.04745082], [ 0.95636492], [ 0.31524576],
-  [ 0.79685218], [ 0.80386771], [ 0.70942604], [ 0.82869417], [ 0.26906569],
-  [ 0.51848039], [ 0.64169354], [ 0.07114973], [ 0.39249454], [ 0.07002803],
-  [ 0.94667567], [ 0.02252752], [ 0.01039039], [ 0.5721312 ], [ 0.06065969],
-  [ 0.69422476], [ 0.4310939 ], [ 0.03069099], [ 0.35969779], [ 0.18047331],
-  [ 0.4177651 ], [ 0.01360547], [ 0.29069319]])
-
-
-###########################################################
+#
+# choose a path where all results of the QPalma pipeline will be stored
+#
+
+result_dir = '/fml/ag-raetsch/home/fabio/tmp/newest_run'
+
+
+###############################################################################
+# Load a random but fixed initial parameter vector this makes debugging easier
+###############################################################################
+
+#fixedParamQ = cPickle.load(open('/fml/ag-raetsch/home/fabio/svn/projects/QPalma/scripts/randInitParam.pickle'))
+
+###############################################################################
 #
 # The parameters for the QPalma algorithm
 #
+#min_intron_len = 20
+#max_intron_len = 2000
+#
+#min_svm_score = 0.0 
+#max_svm_score = 1.0
 #
+#min_qual = -5
+#max_qual = 40
 
-C = 10.0
+numConstraintsPerRound = 50
 
+###############################################################################
+# 
+# CHOOSING THE MODE 
+# 
 # 'normal' means work like Palma 'using_quality_scores' means work like Palma
 # plus using sequencing quality scores
+#
+###############################################################################
 
 #mode = 'normal'
-
 mode = 'using_quality_scores'
 
+###############################################################################
+# 
 # When using quality scores our scoring function is defined as
 #
-# f: S_e x R x S -> R
-#
-# where S_e is {A,C,G,T,N} and S = {A,C,G,T,N,-}
+# f: S_e x R x S -> R, where S_e is {A,C,G,T,N} and S = {A,C,G,T,N,-}
 # 
 # as opposed to a usage without quality scores when we only have
 # 
@@ -332,7 +60,6 @@ mode = 'using_quality_scores'
 #  -------------------------  
 #  idx  |   0  1  2  3  4  5
 #   
-# 
 #              dna
 #
 #           -  a  c  g  t  n
@@ -343,19 +70,17 @@ mode = 'using_quality_scores'
 #        n
 #  
 # so the index can be calculated as (estnum-1)*6 + dnanum.
-#
-# At ests we do not have gaps with quality scores so we look up the matchmatrix
+# Ests do not have gaps with quality scores so we look up the matchmatrix
 # instead.
+###############################################################################
 
-numDonSuppPoints     = 30
-numAccSuppPoints     = 30
-numLengthSuppPoints  = 30 
-numQualSuppPoints    = 32
-
-min_qual = -1
-max_qual = 40
+read_size = 36
+extension = (250,500)
 
-USE_OPT = True
+numLengthSuppPoints  = 10
+numDonSuppPoints     = 10
+numAccSuppPoints     = 10
+numQualSuppPoints    = 10
 
 if mode == 'normal':
    sizeMatchmatrix   = (6,6)
@@ -370,10 +95,11 @@ elif mode == 'using_quality_scores':
 else:
    assert False, 'Wrong operation mode specified'
 
-totalQualSuppPoints = numQualPlifs*numQualSuppPoints
-
-numFeatures = numDonSuppPoints + numAccSuppPoints\
-+ numLengthSuppPoints + sizeMatchmatrix[0]*sizeMatchmatrix[1] + totalQualSuppPoints 
+###############################################################################
+#
+# GENERAL SETTINGS CONCERNING THE SOLVER
+#
+###############################################################################
 
 iter_steps = 40
 remove_duplicate_scores = False
@@ -381,26 +107,85 @@ print_matrix            = False
 anzpath                 = 2
 
 if mode == 'normal':
-   fixedParam = fixedParam[:numFeatures]
+   #fixedParam = fixedParamQ
+   fixedParam = None
 elif mode == 'using_quality_scores':
-   fixedParam = fixedParamQ[:numFeatures]
+   fixedParam = None
 else:
    assert False, 'Wrong operation mode specified'
 
+###############################################################################
 #
+# DATA SETTINGS CONCERNING THE SPLITS AND FILE LOCATIONS
 #
+###############################################################################
+training_begin    =  0
+training_end      =  10000
+
+prediction_begin  =  10000
+prediction_end    =  40000
+
+joinp = os.path.join
+
+tmp_dir              = '/fml/ag-raetsch/home/fabio/tmp/solexa_tmp'
+data_path            = '/fml/ag-raetsch/share/projects/qpalma/solexa'  
+
+original_path  = joinp(data_path,'original_solexa_data')
+annot_path     = joinp(data_path,'annotation_data')
+remapped_path  = joinp(data_path,'remapped_solexa_data')
+
+dna_flat_fn    =  '/fml/ag-raetsch/share/projects/genomes/A_thaliana_best/genome/'
+
+gff_fn         = joinp(annot_path,'TAIR7_GFF3_genes_Chr%s.gff_v1')
+
+###############################################################################
+#
+# SANITY CHECKS
+#
+###############################################################################
+#assert numQualPlifs       >= 0
+#assert numDonSuppPoints    > 1
+#assert numAccSuppPoints    > 1
+#assert numLengthSuppPoints > 1 
+#assert numQualSuppPoints   > 1
+assert os.path.exists(dna_flat_fn), 'DNA data does not exist!'
+
+extended_alphabet = ['-','a','c','g','t','n','[',']']
+alphabet          = ['-','a','c','g','t','n']
+
+###############################################################################
+#
+# Settings for the VMatch pipeline steps
+#
+###############################################################################
+
+reads_location = ''
+
+#
+# First VMatch step 
 #
-dna_filename         = '/fml/ag-raetsch/share/projects/qpalma/solexa/allGenes.pickle'
-est_filename         = '/fml/ag-raetsch/share/projects/qpalma/solexa/filteredReads_recent'
-tair7_seq_filename   = '/fml/ag-raetsch/share/projects/qpalma/solexa/tair7_seq.pickle'
-
-# Check for valid parameters
-assert numQualPlifs       >= 0
-assert numDonSuppPoints    > 1
-assert numAccSuppPoints    > 1
-assert numLengthSuppPoints > 1 
-assert numQualSuppPoints   > 1
-
-assert os.path.exists(dna_filename), 'DNA data does not exist!'
-assert os.path.exists(est_filename), 'EST/Reads data does not exist!'
-assert os.path.exists(tair7_seq_filename), 'Sequence data does not exist!'
+
+mismatches_1      = 2
+end_gap_1         = 0 
+repeat_mapping_1  = 1
+seedlength_1      = 9
+suffixtree_1      = '/media/oka_raid/nobackup/data/Vmatch/ATH/ATH1.v5.seed9.fa'
+
+#
+# Second VMatch step 
+#
+
+mismatches_2      = 1
+sub_mismatches_2  = 1
+min_short_end_2   = 14
+repeat_mapping_2  = 1
+seedlength_2      = 9
+suffixtree_2      = '/media/oka_raid/nobackup/data/Vmatch/ATH/ATH1.v5.seed9.fa'
+
+#
+#
+# do not modify anything below this line
+#
+#
+
+conf_object_path = os.path.join(result_dir,'config_object.pickle')