+ got rid of some legacy code
[qpalma.git] / qpalma / computeSpliceAlignWithQuality.py
index f7d6dac..e498098 100644 (file)
@@ -1,12 +1,17 @@
-#!/usr/bin/env python
-# -*- coding: utf-8 -*-
+# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+# it under the terms of the GNU General Public License as published by
+# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+# (at your option) any later version.
+#
+# Written (W) 2008 Fabio De Bona
+# Copyright (C) 2008 Max-Planck-Society
 
 import numpy
 from numpy.matlib import mat,zeros,ones,inf
 import pdb
 from Plif import Plf,base_coord,linspace
 
-import Helpers
+import sequence_utils
 
 def  computeSpliceAlignWithQuality(dna, exons, est, original_est, quality, qualityPlifs, run):
    """
@@ -48,8 +53,15 @@ def  computeSpliceAlignWithQuality(dna, exons, est, original_est, quality, quali
 
    elif exons.shape == (2,1):
       exonSize = exons[1,0] - exons[0,0]
+
+      if exons[0,0] > 0:
+         SpliceAlign.extend([4]*(exons[0,0]))
+
       SpliceAlign.extend([0]*(exonSize))
 
+      if len(dna) > exons[1,0]:
+         SpliceAlign.extend([4]*(len(dna)-exons[1,0]))
+
    else:
       pass
 
@@ -91,10 +103,10 @@ def  computeSpliceAlignWithQuality(dna, exons, est, original_est, quality, quali
          orig_pos += 1
 
    for orig_char in dna_part:
-      assert orig_char in Helpers.alphabet, pdb.set_trace()
+      assert orig_char in sequence_utils.alphabet, pdb.set_trace()
 
    for orig_char in est_part:
-      assert orig_char in Helpers.alphabet, pdb.set_trace()
+      assert orig_char in sequence_utils.alphabet, pdb.set_trace()
 
    trueWeightMatch = zeros((run['matchmatrixRows']*run['matchmatrixCols'],1)) # Scorematrix fuer Wahrheit
 
@@ -246,7 +258,4 @@ def  computeSpliceAlignScoreWithQuality(original_est, quality, qualityPlifs, run
                dna_ptr+=1 
                est_ptr+=1
                
-           assert(dna_ptr<=len(dna))
-           assert(est_ptr<=len(est))
-
    return score