+ minor fixes
[qpalma.git] / qpalma / computeSpliceWeights.py
index 59520be..1bfb21e 100644 (file)
@@ -53,12 +53,13 @@ def computeSpliceWeights(d, a, h, SpliceAlign, don_supp, acc_supp,dec=False):
 
    # Picke die Positionen raus, an denen eine Donorstelle ist
    try:
-      if dec:
-         DonorScores = [elem for pos,elem in enumerate(don_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos] == 1]
-      else:
-         DonorScores = [elem for pos,elem in enumerate(don_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos-1] == 1]
+      #if dec:
+      DonorScores = [elem for pos,elem in enumerate(don_supp) if SpliceAlign[pos] == 1]
+      #else:
+      #   DonorScores = [elem for pos,elem in enumerate(don_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos-1] == 1]
       assert not ( -inf in DonorScores )
    except:
+      print 'Error'
       pdb.set_trace()
 
    #print 'donor'
@@ -70,12 +71,14 @@ def computeSpliceWeights(d, a, h, SpliceAlign, don_supp, acc_supp,dec=False):
 
    #Den Vektor Acceptorstellen durchgehen und die Gewichtsvektoren belasten:
    try:
-      if dec:
-         AcceptorScores = [elem for pos,elem in enumerate(acc_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos-1] == 2]
-      else:
-         AcceptorScores = [elem for pos,elem in enumerate(acc_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos] == 2]
+      #if dec:
+      #AcceptorScores = [elem for pos,elem in enumerate(acc_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos-1] == 2]
+      AcceptorScores = [elem for pos,elem in enumerate(acc_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos-1] == 2]
+      #else:
+      #   AcceptorScores = [elem for pos,elem in enumerate(acc_supp) if pos > 0 and SpliceAlign[pos] == 2]
       assert not ( -inf in AcceptorScores )
    except:
+      print 'Error'
       pdb.set_trace()
 
    #print 'acceptor'