+ changed output format of alignment file script to be compatible with est2gff
[qpalma.git] / scripts / Utils.py
index df46f4b..74d83a4 100644 (file)
@@ -1,6 +1,8 @@
 #!/usr/bin/env python
 # -*- coding: utf-8 -*-
 
+import pdb
+
 from numpy.matlib import mat,zeros,ones,inf
 
 import palma.palma_utils as pu
@@ -144,7 +146,6 @@ def get_alignment(_newSpliceAlign,_newEstAlign, dna_array, est_array):
 
 ##########
 
-
 def split_file_join_results(filename,parts):
    all_intervals = []
 
@@ -153,6 +154,8 @@ def split_file_join_results(filename,parts):
    for line in open(filename,'r'):
       line_ctr += 1
 
+   print 'found %d lines' % line_ctr
+
    part = line_ctr / parts
    begin = 0
    end = 0
@@ -166,9 +169,12 @@ def split_file_join_results(filename,parts):
          end = begin+part
 
       params = (begin,end)
+      print begin,end
 
       all_intervals.append(params)
 
+   pdb.set_trace()
+
    infile = open(filename,'r')
 
    parts_fn = []
@@ -199,4 +205,5 @@ def split_file_join_results(filename,parts):
    out_fh.close()
 
 
-
+if __name__ == '__main__':
+   split_file_join_results('/fml/ag-raetsch/home/fabio/tmp/transcriptome_data/map.vm',10)