+ changed output format of alignment file script to be compatible with est2gff
[qpalma.git] / scripts / qpalma_main.py
index d32a2e7..e71f623 100644 (file)
@@ -20,7 +20,7 @@ import pdb
 import re
 import os.path
 
-from qpalma.sequence_utils import getSpliceScores, get_seq_and_scores
+from qpalma.sequence_utils import *
 
 import numpy
 from numpy.matlib import mat,zeros,ones,inf
@@ -53,24 +53,6 @@ class SpliceSiteException:
    pass
 
 
-def unbracket_est(est):
-   new_est = ''
-   e = 0
-
-   while True:
-      if e >= len(est):
-         break
-
-      if est[e] == '[':
-         new_est += est[e+2]
-         e += 4
-      else:
-         new_est += est[e]
-         e += 1
-
-   return "".join(new_est).lower()
-
-
 def getData(training_set,exampleKey,run):
    currentSeqInfo,currentExons,original_est,currentQualities = training_set[exampleKey]
    id,chr,strand,up_cut,down_cut = currentSeqInfo
@@ -734,7 +716,7 @@ class QPalma:
       if '-' in est:
          self.plog('found gap\n')
          est = est.replace('-','')
-         assert len(est) == 36
+         assert len(est) == Conf.read_size
 
       dna_len = len(dna)
       est_len = len(est)