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[qpalma.git] / tests / test_qpalma.py
index 330af57..41e30ba 100644 (file)
@@ -340,17 +340,17 @@ def check_example(chromo,strand,b,e,seqInfo,lt1):
       _dna,_acc,_don = seqInfo.get_seq_and_scores(1,strand,b,e)
 
    print 'Current interval: (%d,%d), current strand: %s'%(b,e,strand)
-   print 'Results for dna,acc,don:'
-   print '%s %s %s'%(str(dna==_dna),str(acc==_acc),str(don==_don))
-   print 'size is %d' % len(dna)
+   print 'Results for dna,acc,don: %s %s %s'%(str(dna==_dna),str(acc==_acc),str(don==_don))
+
    if dna != _dna:
       print dna[:20]
       print _dna[:20]
 
-   print [p for p,e in enumerate(acc) if e != -inf][:10]
-   print [p for p,e in enumerate(_acc) if e != -inf][:10]
-   print [p for p,e in enumerate(don) if e != -inf][:10]
-   print [p for p,e in enumerate(_don) if e != -inf][:10]
+   if acc != _acc or don != _don:
+      print [p for p,e in enumerate(acc) if e != -inf][:10]
+      print [p for p,e in enumerate(_acc) if e != -inf][:10]
+      print [p for p,e in enumerate(don) if e != -inf][:10]
+      print [p for p,e in enumerate(_don) if e != -inf][:10]
 
 
 def simple_check(settings,seqInfo,lt1):
@@ -389,10 +389,10 @@ def checks():
    seqInfo = SeqSpliceInfo(accessWrapper,settings['allowed_fragments'])
 
    lt1 = None
-   #lt1 = LookupTable(settings)
+   lt1 = LookupTable(settings)
 
    print 'Checking with toy data...'
-   simple_check(settings,seqInfo,lt1)
+   #simple_check(settings,seqInfo,lt1)
 
    settings = {}
 
@@ -413,12 +413,7 @@ def checks():
    #lt1 = LookupTable(settings)
 
    #print 'Checking with real data...'
-   #simple_check(settings,seqInfo,lt1)
-
-   b = 30427463
-   e = 30427563
-   seq,acc,don = seqInfo.get_seq_and_scores(1,'-',b,e,only_seq=False,perform_checks=True)
-   print seq
+   simple_check(settings,seqInfo,lt1)
 
 
 def run():