+ fixed issue with negative strand in lookup table
[qpalma.git] / tests / test_qpalma.py
index 41e30ba..e06c5d2 100644 (file)
@@ -335,9 +335,9 @@ def check_example(chromo,strand,b,e,seqInfo,lt1):
    dna,acc,don = seqInfo.get_seq_and_scores(1,strand,b,e)
 
    if lt1 != None:
-      _dna,_acc,_don= lt1.get_seq_and_scores(1,strand,b,e)
+      _dna,_acc,_don= lt1.get_seq_and_scores(chromo,strand,b,e)
    else:
-      _dna,_acc,_don = seqInfo.get_seq_and_scores(1,strand,b,e)
+      _dna,_acc,_don = seqInfo.get_seq_and_scores(chromo,strand,b,e)
 
    print 'Current interval: (%d,%d), current strand: %s'%(b,e,strand)
    print 'Results for dna,acc,don: %s %s %s'%(str(dna==_dna),str(acc==_acc),str(don==_don))
@@ -362,7 +362,8 @@ def simple_check(settings,seqInfo,lt1):
    chromo = 1
    total_size = seqInfo.getFragmentSize(chromo)
 
-   for strand in ['+','-']:
+   #for strand in ['+','-']:
+   for strand in ['-']:
       for (b,e) in [(206,874),(545,874),(999,1234),(1000,total_size-1000),(3,total_size-3),(0,total_size)]:
          check_example(chromo,strand,b,e,seqInfo,lt1)
 
@@ -392,7 +393,7 @@ def checks():
    lt1 = LookupTable(settings)
 
    print 'Checking with toy data...'
-   #simple_check(settings,seqInfo,lt1)
+   simple_check(settings,seqInfo,lt1)
 
    settings = {}
 
@@ -410,9 +411,9 @@ def checks():
    seqInfo = SeqSpliceInfo(accessWrapper,settings['allowed_fragments'])
 
    lt1 = None
-   #lt1 = LookupTable(settings)
+   lt1 = LookupTable(settings)
 
-   #print 'Checking with real data...'
+   print 'Checking with real data...'
    simple_check(settings,seqInfo,lt1)