+ saving changes in the dataset generation
[qpalma.git] / tools / run_specific_scripts / transcriptome_analysis / compile_dataset.py
index ba68e47..89547df 100644 (file)
@@ -14,7 +14,7 @@ import qpalma.tools
 from qpalma.parsers import *
 from qpalma.sequence_utils import *
 
-import qpalma.Configuration as Conf
+import QPalmaConfiguration as Conf
 
 #
 # This script takes as input the map.vm map_2nd.vm files and generates QPalma
@@ -49,14 +49,14 @@ class DatasetGenerator:
 
    def __init__(self,map_file,map_2nd_file):
       assert os.path.exists(map_file), 'Error: Can not find map file'
+      print map_2nd_file
       assert os.path.exists(map_2nd_file), 'Error: Can not find map_2nd file'
       self.map_file = map_file
       self.map_2nd_file = map_2nd_file
 
       self.dataset = []
 
-      #self.read_size = 38
-      self.read_size = 36
+      self.read_size = Conf.read_size
 
 
    def saveAs(self,dataset_file):
@@ -170,7 +170,7 @@ class DatasetGenerator:
       # usually we have two files to parse:
       # the map file from the second run and a subset of the map file from the
       # first run
-      #dataset = self.parse_map_file(dataset,self.map_file,True)
+      dataset = self.parse_map_file(dataset,self.map_file,True)
       dataset = self.parse_map_file(dataset,self.map_2nd_file,False)
 
       self.dataset = dataset