+ minor changes in the paths
[qpalma.git] / tools / run_specific_scripts / transcriptome_analysis / createExonInfoForGenefinding.py
index dba0b67..db3200c 100755 (executable)
@@ -69,6 +69,13 @@ def run(chunk_dir,outfile):
       starts   = [int(elem) + start_pos for elem in starts]
       ends     = [int(elem) + start_pos for elem in ends]
 
+      if strand == '+':
+         starts   = [e+1 for e in starts]
+         ends     = [e+1 for e in ends]
+      else:
+         starts   = [e-3001 for e in starts]
+         ends     = [e-3001 for e in ends]
+
       #out_fh.write("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n"%(chromo,strand,pp(starts),pp(ends),str(start_pos),pp(ids),pp(gaps)))
       out_fh.write("%d\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n"%(chromo,strand,pp(starts),pp(ends),pp(ids),pp(gaps)))