+ removed binaries
authorfabio <fabio@e1793c9e-67f9-0310-80fc-b846ff1f7b36>
Thu, 15 May 2008 10:32:45 +0000 (10:32 +0000)
committerfabio <fabio@e1793c9e-67f9-0310-80fc-b846ff1f7b36>
Thu, 15 May 2008 10:32:45 +0000 (10:32 +0000)
+ added input conversion for quality array

git-svn-id: http://svn.tuebingen.mpg.de/ag-raetsch/projects/QPalma@9020 e1793c9e-67f9-0310-80fc-b846ff1f7b36

cparser/ERR [deleted file]
cparser/build/lib.linux-x86_64-2.5/qparser.so [deleted file]
cparser/qparser.c
cparser/qparser.so [deleted file]

diff --git a/cparser/ERR b/cparser/ERR
deleted file mode 100644 (file)
index 4f64ea6..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,26 +0,0 @@
-Error while parsing line.: No such file or directory
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Error while parsing line.: Invalid argument
-Traceback (most recent call last):
-  File "test.py", line 16, in <module>
-    test_module()
-  File "test.py", line 13, in test_module
-    pdb.set_trace()
-NameError: global name 'pdb' is not defined
diff --git a/cparser/build/lib.linux-x86_64-2.5/qparser.so b/cparser/build/lib.linux-x86_64-2.5/qparser.so
deleted file mode 100755 (executable)
index e088c2c..0000000
Binary files a/cparser/build/lib.linux-x86_64-2.5/qparser.so and /dev/null differ
index 32d4665..8ef9a84 100644 (file)
@@ -47,20 +47,32 @@ static int set_item_from_line(PyObject *result_dict, const char* current_line) {
 
    PyObject *strand_py = PyString_FromString("--");
 
+
    if ( strand == 'D' )
       strand_py = PyString_FromString("+");
 
    if ( strand == 'P' )
       strand_py = PyString_FromString("-");
 
-
    status = status || PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("strand"),     strand_py );
    status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("seq"),        PyString_FromString(seq) );
    status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("splitpos"),   PyInt_FromLong(splitpos) );
    status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("size"),       PyInt_FromLong(size) );
-   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("prb"),        PyString_FromString(prb) );
-   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("cal_prb"),    PyString_FromString(cal_prb) );
-   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("chastity"),   PyString_FromString(chastity) );
+
+   PyObject* prb_list = PyList_New(size);
+   PyObject* cal_prb_list = PyList_New(size);
+   PyObject* chastity_list = PyList_New(size);
+
+   Py_ssize_t idx;
+   for(idx=0;idx<size;idx++) {
+      status = PyList_SetItem( prb_list, idx, PyInt_FromLong(prb[idx]-50) );
+      status = PyList_SetItem( cal_prb_list, idx, PyInt_FromLong(cal_prb[idx]-64) );
+      status = PyList_SetItem( chastity_list, idx, PyInt_FromLong(chastity[idx]+10) );
+   }
+
+   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("prb"),        prb_list );
+   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("cal_prb"),    cal_prb_list );
+   status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("chastity"),   chastity_list );
    //status = PyDict_SetItem(result_dict, FromString("gene_id"), id_py );
    status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("p_start"),    PyInt_FromLong(p_start) );
    status = PyDict_SetItem(result_dict, PyString_FromString("exon_stop"),  PyInt_FromLong(exon_stop) );
diff --git a/cparser/qparser.so b/cparser/qparser.so
deleted file mode 100755 (executable)
index e088c2c..0000000
Binary files a/cparser/qparser.so and /dev/null differ