small changes here and there
[synmut.git] / bib.bib
diff --git a/bib.bib b/bib.bib
index 23991bd..2fe472a 100644 (file)
--- a/bib.bib
+++ b/bib.bib
@@ -1,4 +1,103 @@
 
+@article{batorsky_estimate_2011,
+       title = {Estimate of effective recombination rate and average selection coefficient for {HIV} in chronic infection.},
+       volume = {108},
+       url = {http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=3078368&tool=pmcentrez&rendertype=abstract},
+       doi = {10.1073/pnas.1102036108},
+       number = {14},
+       journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America},
+       author = {Batorsky, Rebecca and Kearney, Mary F and Palmer, Sarah E and Maldarelli, Frank and Rouzine, Igor M and Coffin, John M},
+       month = apr,
+       year = {2011},
+       pages = {5661--6},
+},
+
+@article{bunnik_autologous_2008,
+       title = {Autologous neutralizing humoral immunity and evolution of the viral envelope in the course of subtype B human immunodeficiency virus type 1 infection},
+       volume = {82},
+       issn = {3120566829},
+       url = {http://jvi.asm.org/cgi/content/abstract/82/16/7932},
+       doi = {10.1128/JVI.00757-08},
+       number = {16},
+       journal = {Journal of virology},
+       author = {Bunnik, {E.M.} and Pisas, Linaida and Van Nuenen, {A.C.} and Schuitemaker, Hanneke},
+       year = {2008},
+       pages = {7932},
+},
+
+@article{liu_selection_2006,
+       title = {Selection on the human immunodeficiency virus type 1 proteome following primary infection},
+       volume = {80},
+       url = {http://jvi.asm.org/cgi/content/abstract/80/19/9519},
+       doi = {10.1128/JVI.00575-06},
+       number = {19},
+       journal = {Journal of virology},
+       author = {Liu, Yi and {McNevin}, J. and Cao, Jianhong and Zhao, Hong and Genowati, Indira and Wong, Kim and {McLaughlin}, S. and {McSweyn}, {M.D.} and Diem, Kurt and Stevens, {C.E.} and others},
+       year = {2006},
+       pages = {9519},
+},
+
+@article{wilkinson_high-throughput_2008,
+       title = {High-Throughput {SHAPE} Analysis Reveals Structures in {HIV-1} Genomic {RNA} Strongly Conserved across Distinct Biological States},
+       volume = {6},
+       url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0060096},
+       doi = {10.1371/journal.pbio.0060096},
+       number = {4},
+       urldate = {2012-07-03},
+       journal = {{PLoS} Biol},
+       author = {Wilkinson, Kevin A and Gorelick, Robert J and Vasa, Suzy M and Guex, Nicolas and Rein, Alan and Mathews, David H and Giddings, Morgan C and Weeks, Kevin M},
+       month = apr,
+       year = {2008},
+       pages = {e96},
+},
+
+@article{neher_recombination_2010,
+       title = {Recombination rate and selection strength in {HIV} intra-patient evolution},
+       volume = {6},
+       url = {http://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1000660},
+       doi = {10.1371/journal.pcbi.1000660},
+       number = {1},
+       journal = {{PLoS} Comput Biol},
+       author = {Neher, {R.A.} and Leitner, Thomas},
+       month = jan,
+       year = {2010},
+       pages = {e1000660},
+},
+
+@article{neher_genetic_2011,
+       title = {Genetic Draft and Quasi-Neutrality in Large Facultatively Sexual Populations},
+       volume = {188},
+       url = {http://www.genetics.org/content/188/4/975.short},
+       number = {4},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Neher, Richard A and Shraiman, Boris},
+       year = {2011},
+       pages = {975--996},
+},
+
+@article{perelson_hiv-1_1996,
+       title = {HIV-1 dynamics in vivo: virion clearance rate, infected cell life-span, and viral generation time.},
+       volume = {271},
+       url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8599114},
+       number = {5255},
+       journal = {Science {(New York, N.Y.)}},
+       author = {Perelson, a S and Neumann, a U and Markowitz, M and Leonard, J M and Ho, D D},
+       month = mar,
+       year = {1996},
+       pages = {1582--6},
+},
+
+@article{shankarappa_consistent_1999,
+       title = {Consistent viral evolutionary changes associated with the progression of human immunodeficiency virus type 1 infection},
+       volume = {73},
+       url = {http://jvi.asm.org/cgi/content/abstract/73/12/10489},
+       number = {12},
+       journal = {Journal of Virology},
+       author = {Shankarappa, R. and Margolick, {J.B.} and Gange, {S.J.} and Rodrigo, {A.G.} and Upchurch, David and Farzadegan, Homayoon and Gupta, Phalguni and Rinaldo, {C.R.} and Learn, {G.H.} and He, X. and others},
+       year = {1999},
+       pages = {10489},
+},
+
 @article{watts_architecture_2009,
        title = {Architecture and secondary structure of an entire {HIV-1} {RNA} genome},
        volume = {460},
@@ -6,7 +105,6 @@
        issn = {0028-0836},
        url = {http://www.nature.com/nature/journal/v460/n7256/full/nature08237.html},
        doi = {10.1038/nature08237},
-       abstract = {Single-stranded {RNA} viruses encompass broad classes of infectious agents and cause the common cold, cancer, {AIDS} and other serious health threats. Viral replication is regulated at many levels, including the use of conserved genomic {RNA} structures. Most potential regulatory elements in viral {RNA} genomes are uncharacterized. Here we report the structure of an entire {HIV-1} genome at single nucleotide resolution using {SHAPE}, a high-throughput {RNA} analysis technology. The genome encodes protein structure at two levels. In addition to the correspondence between {RNA} and protein primary sequences, a correlation exists between high levels of {RNA} structure and sequences that encode inter-domain loops in {HIV} proteins. This correlation suggests that {RNA} structure modulates ribosome elongation to promote native protein folding. Some simple genome elements previously shown to be important, including the ribosomal gag-pol frameshift stem-loop, are components of larger {RNA} motifs. We also identify organizational principles for unstructured {RNA} regions, including splice site acceptors and hypervariable regions. These results emphasize that the {HIV-1} genome and, potentially, many coding {RNAs} are punctuated by previously unrecognized regulatory motifs and that extensive {RNA} structure constitutes an important component of the genetic code.},
        language = {en},
        number = {7256},
        urldate = {2012-07-01},
        author = {Watts, Joseph M. and Dang, Kristen K. and Gorelick, Robert J. and Leonard, Christopher W. and Jr, Julian W. Bess and Swanstrom, Ronald and Burch, Christina L. and Weeks, Kevin M.},
        month = aug,
        year = {2009},
-       keywords = {astronomy, astrophysics, biochemistry, bioinformatics, biology, biotechnology, cancer, cell cycle, cell signalling, climate change, computational biology, development, developmental biology, {DNA}, drug discovery, earth science, ecology, environmental science, Evolution, evolutionary biology, functional genomics, genetics, genomics, geophysics, Immunology, interdisciplinary science, life, marine biology, materials science, Medical research, medicine, metabolomics, molecular biology, molecular interactions, nanotechnology, Nature, neurobiology, neuroscience, palaeobiology, pharmacology, physics, proteomics, quantum physics, {RNA}, science, science news, science policy, signal transduction, structural biology, systems biology, transcriptomics},
        pages = {711--716},
-       file = {Full Text PDF:/home/fabio/university/papers/zotero/storage/T7UGN8ID/Watts et al. - 2009 - Architecture and secondary structure of an entire .pdf:application/pdf}
-}
\ No newline at end of file
+},
+
+@article{forsdyke_reciprocal_1995,
+       title = {Reciprocal relationship between stem-loop potential and substitution density in retroviral quasispecies under positive Darwinian selection},
+       volume = {41},
+       issn = {0022-2844, 1432-1432},
+       url = {http://www.springerlink.com/content/n7621n18505m418m/},
+       doi = {10.1007/BF00173184},
+       number = {6},
+       urldate = {2012-07-06},
+       journal = {Journal of Molecular Evolution},
+       author = {Forsdyke, {D.R.}},
+       month = dec,
+       year = {1995},
+},
+
+@article{sanjuan_interplay_2011,
+       title = {Interplay between RNA Structure and Protein Evolution in HIV-1},
+       volume = {28},
+       issn = {0737-4038, 1537-1719},
+       url = {http://mbe.oxfordjournals.org/content/28/4/1333},
+       doi = {10.1093/molbev/msq329},
+       language = {en},
+       number = {4},
+       urldate = {2012-08-14},
+       journal = {Molecular Biology and Evolution},
+       author = {Sanjuan, Rafael and Borderia, Antonio V.},
+       month = apr,
+       year = {2011},
+       pages = {1333--1338},
+},
+
+@article{fernandes_hiv-1_2012,
+       title = {The {HIV-1} rev response element: An {RNA} scaffold that directs the cooperative assembly of a homo-oligomeric ribonucleoprotein complex},
+       volume = {9},
+       issn = {1547-6286},
+       shorttitle = {The {HIV-1} rev response element},
+       url = {http://www.landesbioscience.com/journals/rnabiology/article/18178/?nocache=886329209},
+       doi = {10.4161/rna.9.1.18178},
+       number = {1},
+       urldate = {2012-09-03},
+       journal = {{RNA} Biology},
+       author = {Fernandes, Jason and Jayaraman, Bhargavi and Frankel, Alan},
+       month = jan,
+       year = {2012},
+       pages = {4--9},
+},
+
+@article{coleman_virus_2008,
+       title = {Virus Attenuation by Genome-Scale Changes in Codon Pair Bias},
+       volume = {320},
+       issn = {0036-8075, 1095-9203},
+       url = {http://www.sciencemag.org/content/320/5884/1784},
+       doi = {10.1126/science.1155761},
+       language = {en},
+       number = {5884},
+       urldate = {2012-10-08},
+       journal = {Science},
+       author = {Coleman, J. Robert and Papamichail, Dimitris and Skiena, Steven and Futcher, Bruce and Wimmer, Eckard and Mueller, Steffen},
+       month = jun,
+       year = {2008},
+       pages = {1784--1787},
+},
+
+@article{ngumbela_quantitative_2008,
+       title = {Quantitative Effect of Suboptimal Codon Usage on Translational Efficiency of {mRNA} Encoding {HIV-1} gag in Intact T Cells},
+       volume = {3},
+       url = {http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0002356},
+       doi = {10.1371/journal.pone.0002356},
+       number = {6},
+       urldate = {2012-10-08},
+       journal = {{PLoS} {ONE}},
+       author = {Ngumbela, Kholiswa C. and Ryan, Kieran P. and Sivamurthy, Rohini and Brockman, Mark A. and Gandhi, Rajesh T. and Bhardwaj, Nina and Kavanagh, Daniel G.},
+       month = jun,
+       year = {2008},
+       pages = {e2356},
+},
+
+@article{plotkin_codon_2003,
+       title = {Codon bias and frequency-dependent selection on the hemagglutinin epitopes of influenza A virus},
+       volume = {100},
+       issn = {0027-8424, 1091-6490},
+       url = {http://www.pnas.org/content/100/12/7152},
+       doi = {10.1073/pnas.1132114100},
+       language = {en},
+       number = {12},
+       urldate = {2012-10-17},
+       journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences},
+       author = {Plotkin, Joshua B. and Dushoff, Jonathan},
+       month = jun,
+       year = {2003},
+       pages = {7152--7157},
+},
+
+@article{jenkins_extent_2003,
+       title = {The extent of codon usage bias in human {RNA} viruses and its evolutionary origin},
+       volume = {92},
+       issn = {0168-1702},
+       url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016817020200309X},
+       doi = {10.1016/S0168-1702(02)00309-X},
+       number = {1},
+       urldate = {2012-10-19},
+       journal = {Virus Research},
+       author = {Jenkins, Gareth M and Holmes, Edward C},
+       month = mar,
+       year = {2003},
+       keywords = {Base composition, codon usage bias, Dinucleotide, Mutation pressure, Translational selection},
+       pages = {1--7},
+},
+
+@article{bronson_nucleotide_1994,
+       title = {Nucleotide composition as a driving force in the evolution of retroviruses},
+       volume = {38},
+       issn = {0022-2844, 1432-1432},
+       url = {http://www.springerlink.com/content/c7m6653t2751w071/},
+       doi = {10.1007/BF00178851},
+       number = {5},
+       urldate = {2012-10-22},
+       journal = {Journal of Molecular Evolution},
+       author = {Bronson, Edward C. and Anderson, John N.},
+       month = may,
+       year = {1994},
+       pages = {506--532},
+},
+
+@article{li_codon-usage-based_2012,
+       title = {Codon-usage-based inhibition of {HIV} protein synthesis by human schlafen 11},
+       copyright = {© 2012 Nature Publishing Group, a division of Macmillan Publishers Limited. All Rights Reserved.},
+       issn = {0028-0836},
+       url = {http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11433.html?WT.ec_id=NATURE-20120927},
+       doi = {10.1038/nature11433},
+       language = {en},
+       urldate = {2012-11-05},
+       journal = {Nature},
+       author = {Li, Manqing and Kao, Elaine and Gao, Xia and Sandig, Hilary and Limmer, Kirsten and Pavon-Eternod, Mariana and Jones, Thomas E. and Landry, Sebastien and Pan, Tao and Weitzman, Matthew D. and David, Michael},
+       year = {2012},
+},
+
+@article{boltz_ultrasensitive_2012,
+       title = {Ultrasensitive Allele-Specific {PCR} Reveals Rare Preexisting Drug-Resistant Variants and a Large Replicating Virus Population in Macaques Infected with a Simian Immunodeficiency Virus Containing Human Immunodeficiency Virus Reverse Transcriptase},
+       volume = {86},
+       issn = {0022-{538X}, 1098-5514},
+       url = {http://jvi.asm.org/content/86/23/12525},
+       doi = {10.1128/JVI.01963-12},
+       language = {en},
+       number = {23},
+       urldate = {2012-11-08},
+       journal = {Journal of Virology},
+       author = {Boltz, Valerie F. and Ambrose, Zandrea and Kearney, Mary F. and Shao, Wei and {KewalRamani}, Vineet N. and Maldarelli, Frank and Mellors, John W. and Coffin, John M.},
+       month = dec,
+       year = {2012},
+       pages = {12525--12530},
+},
+
+@article{kwong_hiv-1_2002,
+       title = {{HIV-1} evades antibody-mediated neutralization through conformational masking of receptor-binding sites},
+       volume = {420},
+       url = {http://www.nature.com/nature/journal/v420/n6916/abs/nature01188.html},
+       doi = {10.1038/nature01188},
+       number = {6916},
+       urldate = {2012-11-22},
+       journal = {Nature},
+       author = {Kwong, Peter D. and Doyle, Michael L. and Casper, David J. and Cicala, Claudia and Leavitt, Stephanie A. and Majeed, Shahzad and Steenbeke, Tavis D. and Venturi, Miro and Chaiken, Irwin and Fung, Michael and Katinger, Hermann and Parren, Paul W. I. H. and Robinson, James and Ryk, Donald Van and Wang, Liping and Burton, Dennis R. and Freire, Ernesto and Wyatt, Richard and Sodroski, Joseph and Hendrickson, Wayne A. and Arthos, James},
+       month = dec,
+       year = {2002},
+       pages = {678},
+},
+
+@article{pantaleo_immunopathogenesis_1996,
+       title = {Immunopathogenesis of Hiv Infection1},
+       volume = {50},
+       url = {http://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.micro.50.1.825},
+       doi = {10.1146/annurev.micro.50.1.825},
+       number = {1},
+       urldate = {2012-11-28},
+       journal = {Annual Review of Microbiology},
+       author = {Pantaleo, G. and Fauci, A. S.},
+       year = {1996},
+       note = {{PMID:} 8905100},
+       pages = {825--854},
+},
+
+@article{barat_interaction_1991,
+       title = {Interaction of {HIV-1} reverse transcriptase with a synthetic form of its replication primer, {tRNALys},3},
+       volume = {19},
+       issn = {0305-1048, 1362-4962},
+       url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/19/4/751},
+       doi = {10.1093/nar/19.4.751},
+       language = {en},
+       number = {4},
+       urldate = {2012-11-28},
+       journal = {Nucleic Acids Research},
+       author = {Barat, Corinne and Grice, Stuart F. J. Le and Daelix, Jean-Luc},
+       month = feb,
+       year = {1991},
+       pages = {751--757},
+},
+
+@article{barat_hiv-1_1989,
+       title = {{HIV-1} reverse transcriptase specifically interacts with the anticodon domain of its cognate primer {tRNA.}},
+       volume = {8},
+       issn = {0261-4189},
+       url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC401457/},
+       number = {11},
+       urldate = {2012-11-28},
+       journal = {The {EMBO} Journal},
+       author = {Barat, C and Lullien, V and Schatz, O and Keith, G and Nugeyre, M T and Grüninger-Leitch, F and Barré-Sinoussi, F and {LeGrice}, S F and Darlix, J L},
+       month = nov,
+       year = {1989},
+       note = {{PMID:} 2479543
+{PMCID:} {PMC401457}},
+       pages = {3279--3285},
+},
+
+@article{paillart_vitro_2002,
+       title = {In Vitro Evidence for a Long Range Pseudoknot in the 5′-Untranslated and Matrix Coding Regions of {HIV-1} Genomic {RNA}},
+       volume = {277},
+       issn = {0021-9258, 1083-{351X}},
+       url = {http://www.jbc.org/content/277/8/5995},
+       doi = {10.1074/jbc.M108972200},
+       language = {en},
+       number = {8},
+       urldate = {2012-11-28},
+       journal = {Journal of Biological Chemistry},
+       author = {Paillart, Jean-Christophe and Skripkin, Eugene and Ehresmann, Bernard and Ehresmann, Chantal and Marquet, Roland},
+       month = feb,
+       year = {2002},
+       pages = {5995--6004},
+},
+
+@book{ewens_mathematical_2004,
+       title = {Mathematical Population Genetics: I. Theoretical Introduction},
+       isbn = {9780387201917},
+       shorttitle = {Mathematical Population Genetics},
+       language = {en},
+       publisher = {Springer},
+       author = {Ewens, Warren J.},
+       month = jan,
+       year = {2004},
+},
+
+@article{zanini_ffpopsim:_2012,
+       title = {{FFPopSim:} An efficient forward simulation package for the evolution of large populations},
+       issn = {1367-4803, 1460-2059},
+       shorttitle = {{FFPopSim}},
+       url = {http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2012/10/24/bioinformatics.bts633},
+       doi = {10.1093/bioinformatics/bts633},
+       language = {en},
+       urldate = {2012-12-01},
+       journal = {Bioinformatics},
+       author = {Zanini, Fabio and Neher, Richard A.},
+       month = oct,
+       year = {2012},
+},
+
+@article{desai_beneficial_2007,
+       title = {Beneficial mutation selection balance and the effect of linkage on positive selection.},
+       volume = {176},
+       doi = {10.1534/genetics.106.067678},
+       number = {3},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Desai, Michael M and Fisher, Daniel S},
+       month = jul,
+       year = {2007},
+       pages = {1759--98},
+},
+
+@article{richman_rapid_2003,
+       title = {Rapid evolution of the neutralizing antibody response to {HIV} type 1 infection},
+       volume = {100},
+       issn = {0027-8424, 1091-6490},
+       url = {http://www.pnas.org/content/100/7/4144},
+       doi = {10.1073/pnas.0630530100},
+       number = {7},
+       urldate = {2012-11-22},
+       journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences},
+       author = {Richman, Douglas D. and Wrin, Terri and Little, Susan J. and Petropoulos, Christos J.},
+       month = apr,
+       year = {2003},
+       pages = {4144--4149},
+},
+
+@article{moore_limited_2009,
+       title = {Limited Neutralizing Antibody Specificities Drive Neutralization Escape in Early HIV-1 Subtype C Infection},
+       volume = {5},
+       url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1000598},
+       doi = {10.1371/journal.ppat.1000598},
+       number = {9},
+       urldate = {2012-08-17},
+       journal = {PLoS Pathog},
+       author = {Moore, Penny L. and Ranchobe, Nthabeleng and Lambson, Bronwen E. and Gray, Elin S. and Cave, Eleanor and Abrahams, Melissa-Rose and Bandawe, Gama and Mlisana, Koleka and Abdool Karim, Salim S. and Williamson, Carolyn and Morris, Lynn and the {CAPRISA} 002 study and the {NIAID} Center for {HIV/AIDS} Vaccine Immunology {(CHAVI)}},
+       month = sep,
+       year = {2009},
+       pages = {e1000598},
+},
+
+@article{brenner_high_2007,
+       title = {High Rates of Forward Transmission Events after Acute/Early HIV-1 Infection},
+       volume = {195},
+       issn = {0022-1899, 1537-6613},
+       url = {http://jid.oxfordjournals.org/content/195/7/951},
+       doi = {10.1086/512088},
+       language = {en},
+       number = {7},
+       urldate = {2012-12-02},
+       journal = {Journal of Infectious Diseases},
+       author = {Brenner, Bluma G. and Roger, Michel and Routy, Jean-Pierre and Moisi, Daniela and Ntemgwa, Michel and Matte, Claudine and Baril, Jean-Guy and Thomas, Rejean and Rouleau, Danielle and Bruneau, Julie and Leblanc, Roger and Legault, Mario and Tremblay, Cecile and Charest, Hugues and Wainberg, Mark A.},
+       month = apr,
+       year = {2007},
+       pages = {951--959},
+},
+
+@article{strelkowa_clonal_2012,
+       title = {Clonal Interference in the Evolution of Influenza},
+       issn = {0016-6731, 1943-2631},
+       url = {http://www.genetics.org/content/early/2012/07/20/genetics.112.143396},
+       doi = {10.1534/genetics.112.143396},
+       language = {en},
+       urldate = {2012-08-01},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Strelkowa, Natalja and Laessig, Michael},
+       month = jul,
+       year = {2012},
+},
+
+@article{mansky_lower_1995,
+       title = {Lower In Vivo Mutation Rate of Human Immunodeficiency Virus Type 1 than That Predicted from the Fidelity of Purified Reverse Transcriptase},
+       volume = {69},
+       url = {file:///home/fabio/university/evolution/references/J. Virol.-1995-Mansky-5087-94.pdf},
+       number = {8},
+       journal = {Journal of virology},
+       author = {Mansky, L M and Temin, H M},
+       year = {1995},
+       pages = {5087--5094},
+},
+
+@article{mcmichael_immune_2009,
+       title = {The immune response during acute {HIV-1} infection: clues for vaccine development},
+       volume = {10},
+       url = {http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nri2674},
+       doi = {10.1038/nri2674},
+       number = {1},
+       journal = {Nature Reviews Immunology},
+       author = {{McMichael}, Andrew J. and Borrow, Persephone and Tomaras, Georgia D. and Goonetilleke, Nilu and Haynes, Barton F.},
+       month = dec,
+       year = {2009},
+       pages = {11--23},
+},
+
+@article{williamson_adaptation_2003,
+       title = {Adaptation in the env gene of {HIV-1} and evolutionary theories of disease progression.},
+       volume = {20},
+       url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12777505},
+       doi = {10.1093/molbev/msg144},
+       number = {8},
+       journal = {Molecular biology and evolution},
+       author = {Williamson, Scott},
+       year = {2003},
+       pages = {1318--25},
+},
+
+@article{smith_hitch-hiking_1974,
+       title = {The hitch-hiking effect of a favourable gene},
+       volume = {23},
+       number = {1},
+       journal = {Genetical research},
+       author = {Smith, J M and Haigh, J},
+       month = feb,
+       year = {1974},
+       note = {{PMID:} 4407212},
+       pages = {23--35}
+},
+
+@article{josefsson_majority_2011,
+       title = {Majority of {CD4+} T cells from peripheral blood of {HIV-1–infected} individuals contain only one {HIV} {DNA} molecule},
+       volume = {108},
+       issn = {0027-8424, 1091-6490},
+       url = {http://www.pnas.org/content/108/27/11199},
+       doi = {10.1073/pnas.1107729108},
+       language = {en},
+       number = {27},
+       urldate = {2012-12-06},
+       journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences},
+       author = {Josefsson, Lina and King, Martin S. and Makitalo, Barbro and Br\"annstr\"om, Johan and Shao, Wei and Maldarelli, Frank and Kearney, Mary F. and Hu, Wei-Shau and Chen, Jianbo and Gaines, Hans and Mellors, John W. and Albert, Jan and Coffin, John M. and Palmer, Sarah E.},
+       month = jul,
+       year = {2011},
+       pages = {11199--11204},
+},
+
+@article{bar_early_2012,
+       title = {Early Low-Titer Neutralizing Antibodies Impede {HIV-1} Replication and Select for Virus Escape},
+       volume = {8},
+       url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1002721},
+       doi = {10.1371/journal.ppat.1002721},
+       number = {5},
+       urldate = {2012-12-06},
+       journal = {{PLoS} Pathog},
+       author = {Bar, Katharine J. and Tsao, Chun-yen and Iyer, Shilpa S. and Decker, Julie M. and Yang, Yongping and Bonsignori, Mattia and Chen, Xi and Hwang, Kwan-Ki and Montefiori, David C. and Liao, Hua-Xin and Hraber, Peter and Fischer, William and Li, Hui and Wang, Shuyi and Sterrett, Sarah and Keele, Brandon F. and Ganusov, Vitaly V. and Perelson, Alan S. and Korber, Bette T. and Georgiev, Ivelin and {McLellan}, Jason S. and Pavlicek, Jeffrey W. and Gao, Feng and Haynes, Barton F. and Hahn, Beatrice H. and Kwong, Peter D. and Shaw, George M.},
+       month = may,
+       year = {2012},
+       pages = {e1002721}
+},
+
+@article{gillespie_genetic_2000,
+       title = {Genetic drift in an infinite population. The pseudohitchhiking model.},
+       volume = {155},
+       url = {http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1461093&tool=pmcentrez&rendertype=abstract},
+       number = {2},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Gillespie, J H},
+       month = jul,
+       year = {2000},
+       pages = {909--19},
+},
+
+@article{yang_statistical_2000,
+       title = {Statistical methods for detecting molecular adaptation},
+       volume = {15},
+       issn = {0169-5347},
+       url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169534700019947},
+       doi = {10.1016/S0169-5347(00)01994-7},
+       number = {12},
+       urldate = {2012-12-14},
+       journal = {Trends in Ecology \& Evolution},
+       author = {Yang, Ziheng and Bielawski, Joseph P.},
+       month = dec,
+       year = {2000},
+       pages = {496--503},
+},
+
+@article{neher_rate_2010,
+       title = {Rate of adaptation in large sexual populations},
+       volume = {184},
+       url = {http://www.genetics.org/cgi/content/abstract/184/2/467},
+       doi = {10.1534/genetics.109.109009},
+       number = {2},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Neher, {R.A.} and Shraiman, {B.I.} and Fisher, {D.S.}},
+       year = {2010},
+       pages = {467},
+},
+
+@book{LANL2012,
+        title = {HIV Sequence Compendium 2012},
+       author = {Kuiken, Carla and Leitner, Thomas and Hahn, Beatrice and Mullins, James and Wolinsky, Steven and Foley, Brian and Apetrei, Cristian and Mizrachi, Ilene and Rambaut, Andrew and Korber, Bette},
+       year = {2012},
+       publisher = {Theoretical Biology and Biophysics Group T-6, Mail Stop K710 Los Alamos National Laboratory Los Alamos, New Mexico 87545 U.S.A.},
+},
+
+@article{edgar_muscle:_2004,
+       title = {{MUSCLE:} multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput},
+       volume = {32},
+       issn = {0305-1048, 1362-4962},
+       shorttitle = {{MUSCLE}},
+       url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/32/5/1792},
+       doi = {10.1093/nar/gkh340},
+       language = {en},
+       number = {5},
+       urldate = {2012-12-20},
+       journal = {Nucleic Acids Research},
+       author = {Edgar, Robert C.},
+       month = mar,
+       year = {2004},
+       pages = {1792--1797},
+},
+
+@article{mueller_live_2010,
+       title = {Live attenuated influenza virus vaccines by computer-aided rational design},
+       volume = {28},
+       copyright = {© 2010 Nature Publishing Group},
+       issn = {1087-0156},
+       url = {http://www.nature.com/nbt/journal/v28/n7/abs/nbt.1636.html},
+       doi = {10.1038/nbt.1636},
+       language = {en},
+       number = {7},
+       urldate = {2012-10-08},
+       journal = {Nature Biotechnology},
+       author = {Mueller, Steffen and Coleman, J. Robert and Papamichail, Dimitris and Ward, Charles B. and Nimnual, Anjaruwee and Futcher, Bruce and Skiena, Steven and Wimmer, Eckard},
+       year = {2010},
+       pages = {723--726},
+}
+