small changes here and there
[synmut.git] / bib.bib
diff --git a/bib.bib b/bib.bib
index 7942b7f..2fe472a 100644 (file)
--- a/bib.bib
+++ b/bib.bib
        author = {Strelkowa, Natalja and Laessig, Michael},
        month = jul,
        year = {2012},
+},
+
+@article{mansky_lower_1995,
+       title = {Lower In Vivo Mutation Rate of Human Immunodeficiency Virus Type 1 than That Predicted from the Fidelity of Purified Reverse Transcriptase},
+       volume = {69},
+       url = {file:///home/fabio/university/evolution/references/J. Virol.-1995-Mansky-5087-94.pdf},
+       number = {8},
+       journal = {Journal of virology},
+       author = {Mansky, L M and Temin, H M},
+       year = {1995},
+       pages = {5087--5094},
+},
+
+@article{mcmichael_immune_2009,
+       title = {The immune response during acute {HIV-1} infection: clues for vaccine development},
+       volume = {10},
+       url = {http://www.nature.com/doifinder/10.1038/nri2674},
+       doi = {10.1038/nri2674},
+       number = {1},
+       journal = {Nature Reviews Immunology},
+       author = {{McMichael}, Andrew J. and Borrow, Persephone and Tomaras, Georgia D. and Goonetilleke, Nilu and Haynes, Barton F.},
+       month = dec,
+       year = {2009},
+       pages = {11--23},
+},
+
+@article{williamson_adaptation_2003,
+       title = {Adaptation in the env gene of {HIV-1} and evolutionary theories of disease progression.},
+       volume = {20},
+       url = {http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12777505},
+       doi = {10.1093/molbev/msg144},
+       number = {8},
+       journal = {Molecular biology and evolution},
+       author = {Williamson, Scott},
+       year = {2003},
+       pages = {1318--25},
+},
+
+@article{smith_hitch-hiking_1974,
+       title = {The hitch-hiking effect of a favourable gene},
+       volume = {23},
+       number = {1},
+       journal = {Genetical research},
+       author = {Smith, J M and Haigh, J},
+       month = feb,
+       year = {1974},
+       note = {{PMID:} 4407212},
+       pages = {23--35}
+},
+
+@article{josefsson_majority_2011,
+       title = {Majority of {CD4+} T cells from peripheral blood of {HIV-1–infected} individuals contain only one {HIV} {DNA} molecule},
+       volume = {108},
+       issn = {0027-8424, 1091-6490},
+       url = {http://www.pnas.org/content/108/27/11199},
+       doi = {10.1073/pnas.1107729108},
+       language = {en},
+       number = {27},
+       urldate = {2012-12-06},
+       journal = {Proceedings of the National Academy of Sciences},
+       author = {Josefsson, Lina and King, Martin S. and Makitalo, Barbro and Br\"annstr\"om, Johan and Shao, Wei and Maldarelli, Frank and Kearney, Mary F. and Hu, Wei-Shau and Chen, Jianbo and Gaines, Hans and Mellors, John W. and Albert, Jan and Coffin, John M. and Palmer, Sarah E.},
+       month = jul,
+       year = {2011},
+       pages = {11199--11204},
+},
+
+@article{bar_early_2012,
+       title = {Early Low-Titer Neutralizing Antibodies Impede {HIV-1} Replication and Select for Virus Escape},
+       volume = {8},
+       url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1002721},
+       doi = {10.1371/journal.ppat.1002721},
+       number = {5},
+       urldate = {2012-12-06},
+       journal = {{PLoS} Pathog},
+       author = {Bar, Katharine J. and Tsao, Chun-yen and Iyer, Shilpa S. and Decker, Julie M. and Yang, Yongping and Bonsignori, Mattia and Chen, Xi and Hwang, Kwan-Ki and Montefiori, David C. and Liao, Hua-Xin and Hraber, Peter and Fischer, William and Li, Hui and Wang, Shuyi and Sterrett, Sarah and Keele, Brandon F. and Ganusov, Vitaly V. and Perelson, Alan S. and Korber, Bette T. and Georgiev, Ivelin and {McLellan}, Jason S. and Pavlicek, Jeffrey W. and Gao, Feng and Haynes, Barton F. and Hahn, Beatrice H. and Kwong, Peter D. and Shaw, George M.},
+       month = may,
+       year = {2012},
+       pages = {e1002721}
+},
+
+@article{gillespie_genetic_2000,
+       title = {Genetic drift in an infinite population. The pseudohitchhiking model.},
+       volume = {155},
+       url = {http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1461093&tool=pmcentrez&rendertype=abstract},
+       number = {2},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Gillespie, J H},
+       month = jul,
+       year = {2000},
+       pages = {909--19},
+},
+
+@article{yang_statistical_2000,
+       title = {Statistical methods for detecting molecular adaptation},
+       volume = {15},
+       issn = {0169-5347},
+       url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169534700019947},
+       doi = {10.1016/S0169-5347(00)01994-7},
+       number = {12},
+       urldate = {2012-12-14},
+       journal = {Trends in Ecology \& Evolution},
+       author = {Yang, Ziheng and Bielawski, Joseph P.},
+       month = dec,
+       year = {2000},
+       pages = {496--503},
+},
+
+@article{neher_rate_2010,
+       title = {Rate of adaptation in large sexual populations},
+       volume = {184},
+       url = {http://www.genetics.org/cgi/content/abstract/184/2/467},
+       doi = {10.1534/genetics.109.109009},
+       number = {2},
+       journal = {Genetics},
+       author = {Neher, {R.A.} and Shraiman, {B.I.} and Fisher, {D.S.}},
+       year = {2010},
+       pages = {467},
+},
+
+@book{LANL2012,
+        title = {HIV Sequence Compendium 2012},
+       author = {Kuiken, Carla and Leitner, Thomas and Hahn, Beatrice and Mullins, James and Wolinsky, Steven and Foley, Brian and Apetrei, Cristian and Mizrachi, Ilene and Rambaut, Andrew and Korber, Bette},
+       year = {2012},
+       publisher = {Theoretical Biology and Biophysics Group T-6, Mail Stop K710 Los Alamos National Laboratory Los Alamos, New Mexico 87545 U.S.A.},
+},
+
+@article{edgar_muscle:_2004,
+       title = {{MUSCLE:} multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput},
+       volume = {32},
+       issn = {0305-1048, 1362-4962},
+       shorttitle = {{MUSCLE}},
+       url = {http://nar.oxfordjournals.org/content/32/5/1792},
+       doi = {10.1093/nar/gkh340},
+       language = {en},
+       number = {5},
+       urldate = {2012-12-20},
+       journal = {Nucleic Acids Research},
+       author = {Edgar, Robert C.},
+       month = mar,
+       year = {2004},
+       pages = {1792--1797},
+},
+
+@article{mueller_live_2010,
+       title = {Live attenuated influenza virus vaccines by computer-aided rational design},
+       volume = {28},
+       copyright = {© 2010 Nature Publishing Group},
+       issn = {1087-0156},
+       url = {http://www.nature.com/nbt/journal/v28/n7/abs/nbt.1636.html},
+       doi = {10.1038/nbt.1636},
+       language = {en},
+       number = {7},
+       urldate = {2012-10-08},
+       journal = {Nature Biotechnology},
+       author = {Mueller, Steffen and Coleman, J. Robert and Papamichail, Dimitris and Ward, Charles B. and Nimnual, Anjaruwee and Futcher, Bruce and Skiena, Steven and Wimmer, Eckard},
+       year = {2010},
+       pages = {723--726},
 }
+