Merge branch 'master' of inn.eb.local:/ebio/ag-neher/home/fzanini/phd/papers/synmut
[synmut.git] / synmut.tex
index c7582a0..850623f 100644 (file)
@@ -211,12 +211,13 @@ neutral -- only those mutations observed at high frequencies tend to be neutral.
 \label{fig:fixp1}}\\
 \subfloat{\includegraphics[width=0.9\linewidth]{Bunnik2008_fixmid_syn_ShankanonShanka}
 \label{fig:fixp2}}
-\caption{Left panel: time course of loss and fixation of synonymous mutations
- observed in a frequency interval $\nu_0$. The ultimate fraction of synonymous
- mutations that fix as a function of intermediate frequency $\nu_0$ is the
- fixation probability.  Right panel: fixation probability of derived synonymous
+\caption{(Panel A) Time course of loss and fixation of synonymous mutations
+observed in a frequency interval $\nu_0$. The ultimate fraction of synonymous
+mutations that fix as a function of intermediate frequency $\nu_0$ is the
+fixation probability. (Panel B) Fixation probability of derived synonymous
 alleles is strongly suppressed in C2-V5 versus other parts of the {\it env}
-gene, and of nonsynonymous ones. Data from
+gene. The horizontal error bars on the abscissa are bin sizes, the vertical ones
+the standard deviation after 100 patient bootstraps of the data. Data from
 Refs.~\cite{shankarappa_consistent_1999, bunnik_autologous_2008}.}
 \label{fig:fixp}
 \end{center}