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authorRichard <richard@richard-neher-mb.local>
Sun, 23 Dec 2012 03:34:32 +0000 (04:34 +0100)
committerRichard <richard@richard-neher-mb.local>
Sun, 23 Dec 2012 03:34:32 +0000 (04:34 +0100)
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synmut.tex

diff --cc synmut.tex
  
  \begin{abstract}
  \noindent
 -
 -Intrapatient HIV evolution is goverened by selection on the protein level in
 -the arms race with the immune system (killer T-cells and antibodies).
 -Synonymous mutations do not have an immunity-related phenotype and are often
 -assumed to be neutral. In this paper, we show that synonymous changes in
 -epitope-rich regions are often deleterious but reach frequencies of order one
 -via genetic hitchhiking.  We analyze time series of viral sequences from the
 -V1-C5 part of {\it env}, the envelope gene, within individual hosts and observe
 -that synonymous derived alleles fix in the viral population much less
 -frequently than expected from neutral models. Instead, synonymous changes tend
 -to revert on a time scale of two years, suggesting a selection coefficient of the
 -order of $-1~$\textperthousand. Extensive computer simulations support these
 -findings quantitatively. We explore possible biological causes and detect a
 -negative correlation between fixation of an allele and its involvement in
 -secondary RNA stem-loop structures, indicating that such structures are
 -functionally relevant for HIV replication {\it in vivo}. This phenonenon is not
 -observed in other parts of the HIV genome, in which selective sweeps are less
 -dense and the genetic architecture less constrained.
 +Intrapatient HIV evolution is governed by selection on the protein level in the
 +arms race with the immune system (killer T-cells and antibodies). Synonymous
 +mutations do not have an immunity-related phenotype and are often assumed to be
 +neutral. In this paper, we show that synonymous changes in epitope-rich regions
 +are often deleterious but still reach high frequencies.  We analyze time
 +series of viral sequences from the \shankaregion~part of {\it env} within individual
 +hosts and observe that synonymous derived alleles rarely fix in the
 +viral population. Simulations suggest that such synonymous mutations
 +have a (Malthusian) selection coefficient of the order of $-0.001$, and that
 +they are brought up to high frequency by hitchhiking with neighboring beneficial
 +nonsynonymous alleles. We detect a negative correlation between fixation of an allele and
 +its involvement in RNA stem-loop structures.
 +Deleterious synonymous mutations are observed in other parts of the HIV genome, in which
 +selective sweeps are less dense and hitch-hiking not as strong.
 +\end{abstract}
  
+ \end{abstract}
  \maketitle
  
  \section{Introduction}