lifted remote external dependencies (should be self-contained now)
authorFabio Zanini <fabio.zanini@tuebingen.mpg.de>
Mon, 4 Feb 2013 18:12:56 +0000 (19:12 +0100)
committerFabio Zanini <fabio.zanini@tuebingen.mpg.de>
Mon, 4 Feb 2013 18:12:56 +0000 (19:12 +0100)
scripts/modules/alignment.py
scripts/modules/codon_usage.py
scripts/modules/helper.py
scripts/modules/parser_reference.py

index 3d3d8b5..fac2238 100644 (file)
@@ -8,8 +8,10 @@ content:    Tools for managing sequences and alignments of general nature.
 import os
 import glob
 import numpy as np
+
 from Bio import SeqIO, AlignIO
-import general.classes.alphabet as abc
+
+import alphabet as abc
 
 
 # Globals
index 10a5159..3ac680c 100644 (file)
@@ -6,9 +6,11 @@ content:    Read codon usage tables
 '''
 # Modules
 import re
-from longitudinal.classes.parser_generic import alpha
+
 from Bio.Seq import translate
 
+from parser_generic import alpha
+
 
 
 # Globals
index e329f2f..733af00 100644 (file)
@@ -7,9 +7,10 @@ content:    Helper functions for all parsers
 # Standard modules
 import numpy as np
 import matplotlib.pyplot as ppl
-import Bio.Seq
 import re
 
+import Bio.Seq
+
 
 # Functions
 def calculate_distance(smat0, smat1):
index 0f765cf..965f83d 100644 (file)
@@ -7,9 +7,10 @@ content:    Implement some globals used by many parsers that interact with a
 '''
 # Modules
 import numpy as np
-import Bio.AlignIO as AlignIO
 from itertools import permutations
 
+import Bio.AlignIO as AlignIO
+
 from helper import find_with_gaps
 from parser_generic import alpha