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authorFabio Zanini <fabio.zanini@tuebingen.mpg.de>
Fri, 17 May 2013 09:02:24 +0000 (11:02 +0200)
committerFabio Zanini <fabio.zanini@tuebingen.mpg.de>
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index c4d05b6..101967b 100644 (file)
@@ -442,8 +442,9 @@ within-epitope competition.
 The former hypothesis can be formulated as follows: if the immune system
 recognizes the escape mutant before its fixation, the mutant might cease to be
 beneficial and disappear soon, despite its quick initial rise in frequency. In
-support of this idea, \citet{richman_rapid_2003, bunnik_autologous_2008} report
-antibody responses to escape mutants. These responses are delayed by a few
+support of this idea, in \citet{richman_rapid_2003, bunnik_autologous_2008},
+antibody responses to escape mutants have been reported.
+These responses are delayed by a few
 months, roughly matching the average time needed by an escape mutant to rise
 from low to high frequency. To model this type of behavior, we assume that
 antibody responses against escape mutations arise with a rate proportional to
@@ -530,7 +531,7 @@ resistance evolution -- the linked region is of course much larger
 While classical population genetics assumes that the dominant stochastic force
 is genetic drift, i.e. non-heritable fluctuations in offspring number, our
 results show that stochasticity due to linked selection is much more important.
-Such fluctuations have been termed \emph{genetic draft} by
+Such fluctuations have been termed \emph{genetic draft} in
 \citet{gillespie_genetic_2000}. Genetic draft in facultatively sexual population
 such as HIV-1 has been characterized in \citep{neher_genetic_2011}. Importantly,
 large population sizes are compatible with low diversity and fast coalescence
@@ -629,7 +630,7 @@ the HIV-1 genome were downloaded from the journal website
 \citep{watts_architecture_2009}. Wherever possible, SHAPE reactivities were
 assigned to sites in the multiple sequence alignments for each patient through
 the alignment to the sequence of the NL4.3 virus used in
-ref.~\citep{watts_architecture_2009}. Problematic assignments in indel-rich
+\citep{watts_architecture_2009}. Problematic assignments in indel-rich
 regions were excluded from the analysis. The variable loops and flanking
 regions were identified manually starting from the annotated reference HXB2
 sequence from the LANL HIV database~\citep{LANL2012}.