major rearrangements, rewriting -> first draft from RAN, needs fleshing out, new...
authorRichard <richard@richard-neher-mb.local>
Thu, 6 Dec 2012 06:12:13 +0000 (07:12 +0100)
committerRichard <richard@richard-neher-mb.local>
Thu, 6 Dec 2012 06:12:13 +0000 (07:12 +0100)
1  2 
synmut.tex

diff --cc synmut.tex
@@@ -141,13 -151,10 +141,20 @@@ A neutral mutation segregating at frequ
  \begin{figure}
  \begin{center}
  \includegraphics[width=\linewidth]{Shankarappa_allele_freqs_trajectories_syn_nonsynp8}
++<<<<<<< HEAD
 +\includegraphics[width=\linewidth]{Shankarappa_fix_loss_dt_times}
 +\caption{Synonymous mutations rarely fix in \env, C2-V5: Panel A shows mutation 
 +frequency trajectories observed in patient ?? \cite{shankarappa_consistent_1999};  Nonsynonymous
 +and synonymous mutations are shown as solid and dashed lines, respectively. 
 +Colors indicate the position of the site along the C2-V5 region (red to blue) ADD COLORBAR. MAYBE MAKE FIGURE WITH SYNONYMOUS AND NONSYN SEPARATELY.
 +While non-synonymous mutations frequently fix, very few synonymous mutations do even though they are frequently observed at intermediate frequencies. Panel B quantifies time course of loss and fixation of synonymous mutations observed in a frequency interval $\nu_0$. The ultimate fraction of synonymous mutations that fix as a function of intermediate frequency $\nu_0$.
 +}
++=======
+ \caption{Allele frequency trajectories of typical patient, C2-V5, nonsynonymous
+ (solid) and synonymous mutations (dashed lines). Most synonymous mutations are
+ not fixed. Colors are set according to the position of the site along the C2-V5
+ region (red to blue). Data from Ref.~\cite{shankarappa_consistent_1999}.}
++>>>>>>> 97085191ea4bd8c24087214ccba38f274023169d
  \label{fig:aft}
  \end{center}
  \end{figure}